AEBP1/ACLP'nin protein etkileşimlerinin belirlenmesi
Identification of protein interactions of AEBP1/ACLP
- Tez No: 1023493
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇETİN KOCAEFE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İskelet kasında fibrozis; kronik hasar, kas distrofileri, yaşlanma ve sistemik hastalıklarla gelişebilen, hücre dışı matriksin (ECM) geri dönüşümsüz birikimiyle karakterize patolojik bir süreçtir. Fibrotik ECM yalnızca hastalık progresyonunun sonucu değil, aynı zamanda gen ve hücre tedavilerinin etkinliğini sınırlayan aktif bir bariyerdir. Bu nedenle ECM olgunlaşmasını ve TGF-β aracılı fibrotik yanıtları düzenleyen hedeflerin tanımlanması, patogenezin anlaşılması ve antifibrotik stratejilerin geliştirilmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada, Aebp1 geninin (Adipocyte Enhencer Binding Protein 1) Aortic Carboxypeptidase-Like Protein (ACLP) izoformunun iskelet kası ECM'sindeki rolü; izoform biyolojisi, enzimatik aktivite, yakın komşuluk proteomiği, yapısal modelleme ve egzersizle ilişkili sistemik ECM yanıtları üzerinden değerlendirilmiştir. Bu amaçla Aebp1-201 ve Aebp1-202 izoformları hücresel lokalizasyon, protein düzeyi ve RNA-seq temelli transkript desteği açısından karşılaştırılmış; Aebp1-202'nin genomik lokustan stabil bir protein izoformu olarak sentezlenmediği gösterilmiştir. Substrat temelli analizlerde ACLP'nin karboksipeptidaz aktivitesini destekleyen bulgu elde edilmemiştir. ACLP'nin protein partnerlerini tanımlamak amacıyla HRP temelli proximity proteomics yaklaşımı kullanılmıştır. Bu analizlerde FN1, LGALS3, THBS1, HTRA1 ve TGM2 gibi ECM organizasyonu, TGF-β biyoyararlanımı, proteolitik yeniden yapılanma, çapraz bağlanma ve fibrotik matriks olgunlaşmasıyla ilişkili adaylar ACLP komşuluk ağında öne çıkmıştır. AlphaPulldown analizleri, özellikle ACLP-THBS1 arasında stabil bir etkileşim arayüzü olabileceğini göstermiştir. THBS1'in latent TGF-β aktivasyonundaki rolü, ACLP'nin fibrotik ECM mikroçevresinde TGF-β sinyal iletimini düzenleyebileceğini düşündürmektedir. Tez kapsamında elit atlet serum proteomiği verileri, fibrozise ilerlemeyen mekanik yüklenme koşullarında ECM/TGF-β ilişkili dolaşımdaki proteinlerin düzenlenmesini gösteren destekleyici insan modeli olarak değerlendirilmiştir. FN1, LGALS3BP, GPLD1, ECM1, VWF, APOA4 ve LRG1 proteinlerindeki modaliteye özgü değişiklikler, patolojik fibrozis ile fizyolojik ECM adaptasyonu arasındaki ayrımı anlamak için çerçeve sunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması, AEBP1/ACLP'nin iskelet kası ECM'sinde klasik karboksipeptidaz aktivitesinden çok, TGF-β ilişkili ECM protein ağını organize eden sekretuvar bir matriks düzenleyicisi olarak işlev gördüğünü desteklemektedir. Bulgular, ACLP-TGF-β ilişkisi çerçevesinde -ECM-egzersiz aksının iskelet kasında fibrozisinin anlaşılması, biyobelirteç keşfi ve yeni tedavi hedeflerin belirlenmesi açısından önemli bir alan sunduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Fibrosis in skeletal muscle is a pathological process marked by irreversible ECM accumulation, arising from chronic injury-repair in dystrophies, aging, or systemic diseases. Fibrotic ECM is not merely a consequence of disease progression but an active barrier limiting gene and cell therapies. Thus, identifying molecular targets that control ECM maturation and TGF-β-driven fibrotic responses is essential for understanding pathogenesis and developing antifibrotic strategies. This thesis study questioned the role of the Aebp1-encoded Aortic Carboxypeptidase-Like Protein (ACLP) isoform in skeletal muscle ECM through isoform biology, enzymatic activity, proximity proteomics, structural modeling, and exercise-related systemic ECM responses. For this purpose, Aebp1-201 and Aebp1-202 were compared for cellular localization, protein abundance, and RNA-seq transcript support; Aebp1-202 was not detected as a stable protein isoform from the genomic locus. Substrate-based assays did not support ACLP carboxypeptidase activity. HRP-based proximity proteomics was used to identify ACLP partners. FN1, LGALS3, THBS1, HTRA1, and TGM2, linked to ECM organization, TGF-β bioavailability, proteolytic remodeling, crosslinking, and fibrotic matrix maturation, emerged within the ACLP proximity network. AlphaPulldown analyses further suggested a stable ACLP-THBS1 interaction interface. Given THBS1's role in latent TGF-β activation, this finding indicates that ACLP may regulate TGF-β signaling in the fibrotic ECM microenvironment. Elite athlete serum proteomics data were also used as a supportive human model of circulating ECM/TGF-β-related protein regulation under long-term mechanical loading without fibrosis. Modality-specific changes in FN1, LGALS3BP, GPLD1, ECM1, VWF, APOA4, and LRG1 provided an integrative framework for distinguishing pathological fibrosis from physiological ECM adaptation. Overall, this thesis supports AEBP1/ACLP as a secretory matrix regulator organizing the TGF-β-associated ECM protein network, rather than a classical carboxypeptidase. These findings highlight the ACLP-TGF-β interplay in the context of -ECM and exercise modalities as a promising research area for understanding skeletal muscle fibrosis and identifying potential biomarkers or intervention targets for novel therapies.
Benzer Tezler
- AEBP1/ACLP'nin protein etkileşim ağının proteomik ve biyoinformatik yöntemlerle araştırılması
Investigating the protein interaction network of AEBP1/ACLP using proteomics and bioinformatics tools
HASAN BASRİ KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE
- Adipocyte enhancer binding protein 1 (AEBP1) gen ifadesini düzenleyen faktörlerin araştırılması
Exploring factors that regulate adipocyte enhancer binding protein 1 (AEBP1) gene expression
DUYGU SEVİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE
- Kas dokusu tamirinde çözünebilir faktörlerin gen ifadesinin incelenmesi
Gene expression analysis of soluble factors on the course of regenerating muscle tissue
CANSU ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE
- Propolisin gürültüye bağlı işitme kaybına odyolojik ve histopatolojik etkisi
Audiological and histopathological effects of propolis on noise-induced hearing loss
TUĞÇE SILA BAYTOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kulak Burun ve Boğazİstanbul Aydın ÜniversitesiOdyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE ÖZLEM KONUKSEVEN
- Genetic design and synthesis of bi-functional protein for bio-nanotechnology
Biyonanoteknoloji için çift işlevli proteinin genetik tasarımı ve sentezi
BANU TAKTAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
PROF. DR. MEHMET SARIKAYA