Genetic design and synthesis of bi-functional protein for bio-nanotechnology
Biyonanoteknoloji için çift işlevli proteinin genetik tasarımı ve sentezi
- Tez No: 251840
- Danışmanlar: PROF. DR. CANDAN TAMERLER, PROF. DR. MEHMET SARIKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
GEPI diye adlandırılan genetik olarak üretilmiş peptidler tek başlarına kullanılabileceği gibi fonsiyonel proteinlerin füzyon kısmı olarak da kullanılabilinir. Bu sebeple, GEPI'yi rekombinant DNA teknolojisi ile üretmek ve farklı proreinlerle birleştirildiğinde anorganik bağlama işlevinin kontrolünü yapmak için gerekli olan yöntemler çok önemlidir. Bu çalışmada, GEPI'nin maltoz bağlayan proteinde (MBP) füzyon kısım olarak davranacağı bir rekombinant üretim yöntemi geliştirmeyi amaçladık. Bu çalışmadaki iki ana hedef, ileri sürülen yöntemin uygulanabilirliğini göstermek için MBP-GEPI çift işlevli proteinin genetik mühendisliği ve saflaştırlmasıdır. Bunu göstermek için füzyon kısım olarak kullanacağımız altına bağlanan peptid diye adlandırılan AuBP1 ve silikaya bağlanan peptid olarak bilinen QBP2 peptidleri seçildi. Aynı zamanda füzyon yapılarin çift işlevli aktivitelerinde herhangi bir peptid bağlayıcının etkinliğini kontrol etmek için MBP ve GEPI arasına S(G)3 ve (PG)3 gibi iki farklı peptid bağlayıcı yerleştirildi. Proteinlerin üretilmesinde ise pMAL ekspresyon ve saflaştırma sisteminden yaralanıldı. pMALc2X vektörleri oluşturulup Luria Bertani besiyerinde ilgili proteinler üretilerek amiloz ilgi kromatografisi ile saflaştırıldı. Çift işlevli proteinlerin saflaştırılması optimize edildikten sonra proteinlerin moleküler ağırlıkları kütle spektrometresiyle doğrulandı. Bu yapıların, protein-metal ve protein-metal oksit biyoduyarga ve biyoanalizlerin oluşumunda yeni alternatiflere öncü olacaklarına inanılmaktadır. Dahası genetik olarak tasarlanmış çift işlevli proteinler biyomedikal alanda ve nanoelektronikte, altına ve kuvartza bağlanma özelliklerinden dolayı farklı malzemelerin yapımında da kullanılabileceklerdir.
Özet (Çeviri)
Genetically engineered peptides for inorganics called GEPI can be used alone or as a fusion partner in functional proteins. Therefore, the methods to produce them via recombinant DNA technology and to check their inorganic binding functionality once they are inserted into different protein domains, are crucial. We aim to develop a recombinant production method for GEPI as a fusion partner in maltose binding protein (MBP). Two main objectives of this study are genetic engineering and purification of MBP-GEPI bi-functional protein in order to demonstrate applicability of the proposed method. To demonstrate this, we selected two GEPIs to produce as fusion partners, namely gold binding peptide (AuBP1) and quartz binding peptide (QBP2). We also used two different peptide linkers as S(G)3 and (PG)3 between MBP and GEPI in the expression to test the effect of linkers in bi-functional activities of the fusion constructs. For the expression of the proteins, pMAL expression and purification system was used. The vectors, pMALc2X, were constructed, and bi-functional proteins were expressed in Luria Bertani medium and purified by amylose affinity chromatography. Purification of the bi-functional protein has been then optimized and the mass of resulting protein has been confirmed by mass spectrometry. We believe these constructs will lead to new facile alternatives in the formation of protein-metal and protein-metal oxide biosensors and bioassays. Moreover, the genetically designed bi-functional proteins can be used to create different material architectures in biomedical fields and nano-electronics due to gold and quartz binding peptide features.
Benzer Tezler
- An efficient design optimization framework for rf and optical applications
Başlık çevirisi yok
ORKUN KARABAŞOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Mekatronik MühendisliğiSabancı ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GULLU KIZILTAS
- Design and synthesis of a novel calixpyrrole-based anion sensor
Yeni kalikspirol bazlı anyon moleküler algılayıcının tasarımı ve sentezi
ŞÖLEN KINAYYİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN U. AKKAYA
- Analysis and synthesis of reflectarray antenna
Yansıtıcı dizi anten analiz ve sentezi
SELAHATTİN NESİL
Doktora
İngilizce
2014
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİLİZ GÜNEŞ
PROF. DR. BAHATTİN TÜRETKEN
- İlaç taşıyıcı sistemlerde kullanılmak üzere kansere hedeflendirilmiş poli(2-etil-2-oksazolin) temelli nanopartiküllerin sentezleri ve karakterizasyonları
Synthesis and characterizations of cancer-targeted poly(2-ethyl-2-oxazoline) based nanoparticles for use in drug delivery systems
SEVGİ GÜLYÜZ
Doktora
Türkçe
2021
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Antenlerin hızlı ve doğru tasarımı için esnek hesaplamaya dayalı sayısal karma yöntemler
Numerical hybrid methods based on soft computing for fast and accurate design of antennas
MAHMUD ESAD YİĞİT
Doktora
Türkçe
2023
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT TAYFUN GÜNEL