Lactarius cinsi üyelerinin konaklık ettiği mikovirüslerin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of mycoviruses infecting inhabiting the members of the genus lactari̇us
- Tez No: 1023787
- Danışmanlar: PROF. DR. ILGAZ AKATA, DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Filogeni, Lactarius, Makromantarlar, RNA, RNA bağlayıcı proteinler, RNA virüsleri, Virüsler, Phylogeny, Lactarius, Macrofungi, RNA, RNA binding proteins, RNA viruses, Viruses
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmanın amacı, Türkiye'de yayılış gösteren Lactarius cinsi üyelerini enfekte eden mikovirüslerin tanımlanması ve tüm genom dizilerinin yeni nesil dizileme ile ortaya koyularak tüm genom verisi üzerinden moleküler nitelemeleri ve filogenetik analizlerinin yapılmasıdır. Moleküler ve konvansiyonel tür teşhisi yapılan örneklere Viral Çift İplikçikli RNA (dsRNA) taraması yapılmıştır. Arazi çalışmaları sonucunda elde edilen Lactarius cinsi üyeleri'nin geleneksel ve moleküler yöntemler kullanılarak teşhisleri yapılmıştır. Lactarius örneklerinden genomik DNA izolasyonu CTAB yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Ribozomal RNA gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmış ve dizilenmiştir. Amplikonlar, BLASTn analizleri kullanılarak incelenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. dsRNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiş ve S1 nükleaz kullanılarak dsRNA'lar muamele edilip analiz edilmiştir. dsRNA'lardan elde edilen cDNA'lar rPCR ile çoğaltılmış, saflaştırılmış ve yeni nesil dizileme ile analiz edilmiştir. Terminal bölgelerin çoğaltılması için RACE PCR ve Sanger dideoksi yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen viral genom dizileri biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilmiştir. Bu çalışmada, Lactarius cinsi üyelerini enfekte eden bir mikovirüs tanımlanmıştır.“ Lactarius mediterraneensis partitivirüs 1 (LmPV1)”olarak adlandırılan partitivirüsün tam genomu elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to identify the mycoviruses infecting members of the genus Lactarius distributed in Turkey and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis of their whole genome sequences by next generation sequencing. Viral double-stranded RNA (dsRNA) screening was performed on the molecular and conventional specimens. Members of the genus Lactarius obtained as a result of field studies were identified using conventional and molecular methods. Genomic DNA isolation from Lactarius samples was carried out by CTAB method. Ribosomal RNA gene regions were amplified by PCR. Amplicons were examined using BLASTn analyses and phylogenetic trees were constructed. dsRNA extraction was performed and dsRNAs were treated and analyzed using S1 nuclease. dsRNAs were amplified by rPCR, purified and analyzed by next generation sequencing. RACE PCR and Sanger dideoxy method were used for amplification of terminal regions. The viral genome sequences obtained were analyzed bioinformatically and phylogenetically. In this study, a mycovirus infecting members of the genus Lactarius was identified. The complete genome of the partitivirus, named“Lactarius mediterraneensis partitivirus 1 (LmPV1)”, was obtained.
Benzer Tezler
- Bazı Lactarius türlerinin morfolojik, anatomik özellikleri ve protein bantlarının karşılaştırılması
Morphological, anatomical properties and comparison of protein profiles of some Lactarius species
MURAT SERT
- Samsun ve çevresinde yetişen yenilebilen doğal mantarların bileşimi üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
TAMAY ŞEKER
Yüksek Lisans
Türkçe
1992
Gıda MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiGıda Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMET ŞAHİN
- Indentificati̇on of Lactarius speci̇es wi̇th morphologi̇cal and molecular methods gathered from Aydın, Turkey region.
Aydın yöresinden toplanan Lactarius cinsine ait türlerin morfolojik ve moleküler tanısı
KAZIM ŞAHİN KARASÜLEYMANOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HACI HALİL BIYIK
PROF. DR. MUSTAFA IŞILOĞLU
- Samanlı dağları (Sakarya-Kocaeli-Bursa-Yalova) makrofungus çeşitliliği
Macrofungal diversity of samanli mountain (Sakarya-Kocaeli-Bursa-Yalova)
ÖYKÜM ÖZTÜRK
- Kazdağı Milli Parkı makrofunguslarının belirlenmesi
Determination of the macrofungi of Kazdağı National Park
DENİZ ALTUNTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAKAN ALLI