Geri Dön

Escherichia coli o157: H7 tespiti için döngü aracılı izotermal amplifikasyon tabanlı bir yöntem geliştirilmesi

Development of a loop-mediated isothermal amplification based method for the detection of escherichia coli o157: H7

  1. Tez No: 1025415
  2. Yazar: DOĞA İLKE DÖNMEZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT, DR. ESİN AKÇAEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, LAMP, Escherichia coli, LAMP
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Escherichia coli O157:H7 gıda ve su kaynaklı enfeksiyonların önemli bir nedeni olup insan sağlığı için ciddi bir tehdit oluşturan bir patojendir. Canlı sağlığı ve güvenliği açısından hızlı tanı ve tespit büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Escherichia coli O157:H7 suşunu saha ve su örneklerinde hızlı, hassas ve özgül bir şekilde tespit edebilmek için, bakteriye özgü korunmuş ilgili bölgeyi tespit ederek spesifik tanı sağlayacak bir“Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (LAMP)”yöntemi geliştirilmesi hedeflenmektedir. Çalışma kapsamında, E. coli O157:H7 suşu hedeflenerek ilgili spesifik gen bölgesine özgü primer setlerinin tasarımı biyoinformatik analizlerle doğrulanarak gerçekleştirilmiştir. Kit geliştirmek üzere çalışmalara başlanırken, öncelikle dış primerler konvansiyonel PZR ile test edilmiştir. PZR ürünleri agaroz jel elektroforezi ile analiz edildikten ve primerlerin hedefe uygunluğu teyit edildikten sonra iç ve döngü primerleri devreye alınmıştır. Daha sonra; sıcaklık, primer, magnezyum sülfat ve deoksiribonükleotid konsantrasyonları ve farklı enzim stokları ile optimizasyonlar yapılmıştır. Analitik özgüllüğü artırmak için, Touchdown-LAMP olarak adlandırılan termal bir protokol yönteme uyarlanmıştır. Optimizasyon süreci sonrasında E. coli O157:H7 tespiti için geliştirilmiş olan LAMP yönteminin E. coli O157:H7'ye karşı özgünlüğü, suda bulunabilecek diğer mikroorganizmalarla karşılaştırılarak test edilmiş ve kit performans parametreleri belirlenmiştir. Çalışma sonunda elde edilen bulgular, hedef E. coli suşunu nispeten hızlı ve eş zamanlı olarak tespit edebilen Touchdown-LAMP yönteminin geliştirildiğini ve etkinliğinin değerlendirildiğini göstermektedir. Bu yöntem, gıda güvenliği, halk sağlığı ve rutin mikrobiyolojik analizlerde hızlı ve pratik bir alternatif olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Geliştirilen LAMP protokolünün, özellikle sınırlı donanıma sahip laboratuvarlar ve saha koşulları için etkili bir tanı aracı olabileceği öngörülmektedir.

Özet (Çeviri)

Escherichia coli O157:H7 is a significant cause of food- and waterborne infections and represents a serious threat to human health. Rapid and reliable detection of this pathogen is crucial for food safety and public health surveillance. This study aimed to develop a rapid, sensitive, and specific Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method for on-site detection of E. coli O157:H7 in water samples by targeting a conserved, strain-specific genomic region. Primer sets specific to the selected gene region of E. coli O157:H7 were designed and validated through bioinformatic analyses and subsequently synthesized. During the initial phase of kit development, outer primers were first evaluated using conventional PCR. Following confirmation of primer specificity by agarose gel electrophoresis, inner and loop primers were incorporated into the LAMP assay. Optimization studies were performed by adjusting reaction temperature, primer concentrations, magnesium sulfate concentration, deoxyribonucleotide concentrations, and enzyme stock concentration. To improve analytical specificity, a modified thermal protocol, referred to as Touchdown-LAMP, was adapted for the assay. After optimization, the developed LAMP method was evaluated for specificity against E. coli O157:H7 and compared with other microorganisms potentially present in water samples, and the performance parameters of the assay were determined. The results demonstrate that a Touchdown-LAMP-based method that enables relatively rapid, simultaneous detection of the target E. coli strain was successfully developed and evaluated. The proposed method shows strong potential as a practical and rapid alternative for routine microbiological analysis, food safety monitoring, and public health applications. Moreover, the developed protocol is considered suitable for laboratories with limited infrastructure and for field-based applications.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    558718

    Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for E. Coli detection

    E. Coli tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanlı yatay akış testinin geliştirilmesi

    DOĞA BİNGÖL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

    DOÇ. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ

  2. Tez No

    736935

    Climate change and food safety: Assessment of the temperature impact on the attachment of Escherichia coli pathogroups on cress leaf

    İklim değişikliği ve gıda güvenliği: Escherichia coli patogruplarının tere yaprağına tutunmasında sıcaklık etkisinin değerlendirilmesi

    HİLAL SAMUT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

  3. Tez No

    360645

    Detection of shiga toxin genes (stx1 and stx2) in escherichia coli o157:h7 isolated from meat products

    Et ürünlerinden izole edilen escherıchıa colı o157:h7'lerdeki shıga toxın 1 ve shıga toxın 2 (stx 1 and stx 2) genlerinin tespiti

    SOWAYLA MİKAEEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyomühendislikKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Biyoteknoloji Bölümü

    PROF. DR. ÖZLEM TURGAY

  4. Tez No

    461671

    Development of an electrochemical immunosensor for the detection of E. coli O157:H7

    E. coli O157:H7 tespiti için elektrokimyasal immünosensör geliştirilmesi

    AHMET GÜNER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LOKMAN ALPSOY

    DOÇ. DR. MEHMET ŞENEL

  5. Tez No

    309562

    Çanakkale'de (Türkiye) tüketilen bazı kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipinin araştırılması

    The investigation of Escherichia coli O157:H7 serotype in some cream pastries consumed in Çanakkale (Turkey)

    EBRU AYVERDİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BAŞARAN DÜLGER

Geri Dön