Genetic relationship analysis of bread wheat varieties by using simple sequence repeat markers
Basit dizilim tekrar DNA belirleyicileri kullanılarak ekmeklik buğdayların genetik ilişkilerinin saptanması
- Tez No: 116516
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA, PROF. DR. CİHAN ÖNER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: BDTD, DNA belirleyici, genetik ilişki, buğday, yulaf. vı, SSR, DNA marker, genetic relationship, wheat, oat. IV
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 160
Özet
öz BASİT DİZİLİM TEKRAR DNA BELİRLEYİCİLERİ KULLANILARAK EKMEKLİK BUĞDAYLARIN GENETİK İLİŞKİLERİNİN SAPTANMASI Büyükünal-Bal, Emel Banu Ph.D. Department of Biotechnology Tez yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur. S. Akkaya Ortak tez yöneticisi: Prof. Dr. Cihan Öner Ocak 2001, 143 sayfa Basit Dizilim Tekrar DNA' lan (BDTD) ya da mikrosatelitler Polimeraz Zincir Reaksiyonuna dayalı en güçlü DNA belirleyicilerinden biridir. Bununla birlikte BDTD primerlerinin dizaynı DNA dizisinin bilinmesini gerektirir. Bu ise çoğu zaman geleneksel yöntemler yardımıyla oluşturulan genomik DNA kütüphanelerinin oluşturulmasıyla sağlanabilir. Ancak son zamanlarda, BDTD' ler kütüphane oluşturulması öncesindeki zenginleştirme aşamalarıyla elde edilmektedir. Bu çalışmada, BDTD'ların bir Türk ekmeklik buğdayı olan 'Gerek-79''dan izolasyon çalışmaları hem geleneksel, hem de zenginleştirme metodları kullanılarak verilmiştir. Ancak yeni BDTD' lar elde edilememiştir. Bununla birlikte, Türkiye'de yetiştirilen 1 1 ekmeklik buğday arasındakigenetik ilişki saptanmıştır. Literatürde oldukça polimorfik olduğu belirtilen 19 buğday BDTD'sı kullanılarak, 11 ekmeklik buğday populasyonuna ait 65 genotip arasındaki ve içindeki çeşitlilik çalışılmıştır. BDTD verilerinden alel uzunluklarına, populasyonların alel frekanslarına ve genotiplere dayalı olarak üç farklı data matriksi hazırlanmıştır. Bu matriksler genetik ilişkileri temsil eden 'Nei 72' ve 'Euclidean' uzaklıklarına bağlı 'UPGMA' dendogramları ile 'Euclidean' uzaklığına bağlı standart koordinat analizi grafiklerinin oluşturulmasında kullanılmıştır. Bununla birlikte, yulaf BDTD' lerinin yulaf haritalama çalışmalarındaki uygunluğu saptanmıştır. Yulaf BDTD" lan önceden hazırlanan zenginleştirilmiş yulaf genom ik DNA kütüphanelerine ait BDTD klonlarından veya literatürden elde edilmiştir. Ellisekiz yulaf ve yirmi dokuz arpa BDTDMarı haritalama populasyonun ebeveynlerinde test edilmiştir. Son olarak, oldukça polimorfik iki arpa BDT belirleyicisinin, buğdayda parmakizi analizi amacına yönelik kullanılması test edilmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT GENETIC RELATIONSHIP ANALYSIS OF BREAD WHEAT VARIETIES BY USING SIMPLE SEQUENCE REPEAT MARKERS Büyükünai-Bal, Emel Banu Ph.D. Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Mahinur. S. Akkaya Co-supervisor: Prof. Dr. Cihan Öner January 2001, 143 pages Simple Sequence Repeats (SSRs) or microsatellites are one of the most powerful Polymerase Chain Reaction-based DNA markers. On the other hand, designing of SSR primers requires sequence information. Most of the time, this requirement can be achieved by generation of a genomic DNA library by the means of traditional methods. Recently, SSRs are obtained by including enrichment steps prior to library construction. In this study, attempts for development of SSRs markers from a Turkish bread wheat variety 'Gerek-79' by using both traditional and enrichment-based methods have been presented. Unfortunately, generation of new SSRs could not been achieved. Also, assessment of genetic relationship of bread wheat varieties well adapted to grow in Turkey mwas performed. Sixty-five genotypes from 1 1 bread wheat varieties were used for -intra and -inter polymorphism analysis with 19 highly polymorphic wheat SSRs available in the literature. Three different types of matrixes based on allele sizes, allelic frequencies for populations, and individual genotypes were prepared from SSR data. Later, these matrixes were utilized to construct 'Nei 72' and 'Euclidean' distances based UPGMA dendograms and 'Euclidean' distances based Principle Coordinate Analysis plots, which represent genetic relationship. Moreover, applicability of available oat SSRs for mapping was detected. Oat SSRs were either obtained from SSR containing clones from previously constructed genomic libraries or published earlier. Fifty-eight oat SSRs and 29 barley SSRs were tested in both parents of a segregating population. Finally, two highly polymorphic barley SSR primers were tested for fingerprinting applications in wheat.
Benzer Tezler
- Analysis of Triticum monococcum ssp. boeoticum accessions distributed over Turkey using AFLP markers and assessment of polymorphism levels of newly isolated SSR markers
Türkiye'de dağılım gösteren Triticum monococcum ssp. boeoticum alttürlerinin AFLP belirleyicisi kullanılarak genetik ilişkilendirilmesi ve yeni izole edilmiş SSR belirleyicilerinin polimorfizm seviyelerinin belirlenmesi
ELİF UZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MAHİNUR AKKAYA
PROF.DR. MERAL YÜCEL
- Buğdayda sarı pasa dayanıklılık genlerine ilişkin moleküler markörlerin araştırılması
Research on moleculer markers related to identified stripe rust resistance genes in wheat
M. ALP FURAN
- Orta anadolu kurak koşullarında ekmeklik buğday çeşitlerinin verim ve bazı agronomik özelliklerinde genetik ilerlemenin belirlenmesi
Genetic improvement in yield and some agronomic traits of bread wheat cultivars under central anatolian rainfed conditions
HANDE ÜLKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatAhi Evran ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAMAZAN AYRANCI
- Bazı buğday türlerinin (Aegilops L. ve Triticum L.) RAPD analizi ile genetik karakterizasyonu
Genetic charecterization of some wheat species (Aegilops L. ve Triticum L.) analysis
YASİN EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SÜLEYMAN CENKÇİ
- Değişik fenolojik özelliklere sahip buğday çeşitlerinde süne zararının verim ve kalite üzerine etkisi ve genetik farklılıkların belirlenmesi
Determınatıon of the ımpact on the yıeld and qualıty of sunn pest and genetıc dıfferences ın dıfferent phenologıcal wheat varıetıes
SEVAL AKYÜREK