Türk otozomal resesif polikistik böbrek hastalığı ailelerinde DNA haplotip analizi
DNA haplotype analysis in Turkish autosomal recessive polycystic kidney disease families
- Tez No: 118847
- Danışmanlar: PROF.DR. MEMNUNE YÜKSEL APAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
VI. ÖZET Otozomal resesif polikistik böbrek hastalığı (ARPKD), en önemli kalıtsal böbrek hastalıklarından biridir. Böbrek ve karaciğeri etkileyen bu hastalık, genellikle perinatal ve neonatal dönemde görülür ve yüksek oranda bebek ölümlerine sebep olur. ARPKD'nin insidansı, 1:6,000 ve 1:55,000 arasında değişen değerler olarak rapor edilmektedir. PKHD1 (polycystic kidney and hepatic disease 1) geni kromozom 6p21.1-p12'ye lokalize edilmiş, fakat henüz klonlanamıştır. ARPKD'de, ultrasonografik inceleme ile prenatal tanı, özellikle erken gebelik döneminde güvenilir değildir. Prenatal tanı için, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tekniği kullanılarak yapılan haplotip analizi daha güvenilir ve uygun bir yöntemdir. Bu çalışmada, Türk toplumunda D6S465, D6S1024, D6S1714 ve D6S466 markör lokuslarında görülen aile! sıklıklarının belirlenmesi amacı ile, toplumdan rastgele seçilen ve aralarında akrabalık ilişkisi bulunmayan toplam 100 bireyin 200 kromozomu üzerinde çalışılmıştır. Sonuç olarak, D6S465, D6S1714, D6S1024 ve D6S466 lokuslarındaki allel sayısı sırası ile 7, 9, 5 ve 9; maksimum heterozigotluk 0.5900, 0.6800, 0,7300 ve 0.6900 olarak bulunmuştur. Çalışmamız hakkında bilgilendirilen ARPKD'li aile bireylerinden DNA elde edilmiş ve toplam 23 olguya sahip 20 ailede haplotip analiz yapılmıştır. 12 ailede ebeveynler arasında akrabalık ilişkisi bulunmaktadır. Haplotip analizi tamamlanan 3 ailede olgular perinatal ve 2 ailede neonatal dönemde hayatını kaybetmiştir; 15 ailede ise olgular halen yaşamlarını sürdürmektedir. Haplotip analizleri yapılan 20 aileden 8'i, daha önceden, Bonn Üniversitesi insan Genetiği Enstitüsü'nde analiz edilmiş ve çalışmamızda kontrol olarak kullanılmıştır. Kontrol aileler ile yaptığımız haplotip analiz sonuçları, daha önce rapor edilen sonuçlar ile uyumlu bulunmuştur. Analizleri tamamlanan toplam 20 aileden 19'unda her iki ebeveyn de en az bir markör için heterozigot 118bulunmuştur. Sadece 1 ailede, baba hiçbir markör için heterozigot değildir. Toplam 4 ailede D6S1024 ve D6S466 lokusları arasında rekombinasyon görülmüştür. Toplam 3 aile prenatal tanı için başvurmuştur. Bu ailelerden birinde (II-5) fetüsün anneden hastalık ile ilgili haplotipi gösteren allelieri aldığı belirlenmiştir. Baba hiçbir lokustaki allel için heterozigot olmadığından fetüsün ARPKD'den etkilenip etkilenmediğinin ayrımı genotipik olarak yapılamamıştır. Prenatal tanı için başvuran ikinci ailede (l-7), fetüsün anne ve babasından hastalık ile ilgili olmayan haplotipi gösteren allelieri aldığı belirlenmiştir. Fetüsün, maternal kromozomunda D6S1024 ve D6S466 lokusları arasında rekombinasyon olduğu belirlenmiştir. Prenatal tanı yapılan son ailede (II-4) fetüsün anne ve babadan hastalık ile ilgili haplotipi gösteren allelieri aldığı belirlenmişitir. 119
Özet (Çeviri)
VII. SUMMARY Autosomal recessive polycystic kidney disease (ARPKD) is one of the most important inherited renal diseases that affects the kidney and the liver in the perinatal period and early childhood. ARPKD is associated with a high perinatal and immediate post-birth mortality rate. Its occurrence ranges from 1:6,000 to 1:55,000 births. The PKHD1 (polycystic kidney and hepatic disease 1) locus has been mapped to chromosome 6p21.1-p12. The gene associated with ARPKD has not yet been cloned. Prenatal ultrasonographic detection of ARPKD is of poor reliablility, especially in early pregnancy. Haplotype-based analysis using polymerase chain reaction (PCR) for the prenatal diagnosis is feasible and reliable in pregnancies at risk for ARPKD. To determine the frequencies of commonly used markers in Turkish population, we analyzed 200 unrelated chromosome of 100 normal individual. D6S465, D6S1714, D6S1024 and D6S466 have been identified to have 7, 9, 5 9 alleles with a maximum heterozygosity frequency of 0.5900, 0.6800, 0.7300 and 0.6900 respectively. Our study included 20 families with a total of 23 affected children and DNA was obtained from all families under informed consent. The spectrum of clinical manifestations among these families ranges from severe perinatally (3 families) and neonatally (2 families) diagnosed cases to those with onset in later childhood (15 families). Parental consanguinity were present in 12 families. 8 of 20 families have already been investigated by Institute for Human Genetics, University of Bonn and these were used as control in the framework of this thesis.. Haplotype-based analyses of control families studied in our laboratory were found to be consistent with the results of previously reports. All analyzed families were informative for at least one marker with the exception of the paternal haplotype of 1 family. The recombination events were detected between D6S1024 and D6S466 in 4 families. 120A total of 3 prenatal analyses have been performed. In the family 11-5, the maternal markers of the fetus and one affected sibling were identical, whereas the paternal haplotype was not informative, therefore the prenatal diagnosis by DNA analysis could not be offered in this family. In the family 1-7, the maternal and paternal markers of the fetus and one affected sibling were not identical. Although a recombination event was detected between D6S1024 and D6S466 which was inherited from the maternal haplotype, thefetus was predicted to be unaffected. In the family II-4 the maternal and the paternal markers of the fetus and one affected sibling were identical. Fetus was predicted to be affected. 121
Benzer Tezler
- Nonsendromik işitme kayıplarında hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyolojinin belirlenmesi
Identification of genetic etiology in nonsyndromic hearing loss using targeted next generation sequencing technology
TAHİR ATİK
Doktora
Türkçe
2016
GenetikEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
- İşitme kaybına neden olan bazı genlerin moleküler düzeyde araştırılması
Investigation of some genes causing hearing loss at the molecular level
ZEKİYE BAKKALOĞLU
- Türkiye'de işitme kaybı segregasyonu gösteren ailelerde moleküler genetik çalışmalar
Molecular genetic studies in Turkish families segregating hearing loss
NEVRAH NAL
Doktora
Türkçe
2005
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÜVEN LÜLECİ
- Non-sendromik otozomal resesif işitme kaybının görüldüğü Türk ailelerinde Myo7A, Myo15, SLC26A4 ve TMPRSS3 genlerine bağlantının araştırılması
In non-syndromic autosomal recessive hearing impaired Turkish families search linkage to Myo7A, Myo15, SLC26A4 and TMPRSS3 genes
NİLÜFER ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2002
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AHMET KARAGÜZEL
- Otozomal resesif retinitis pigmentoza ve glokomun (PCG) moleküler patolojisi
Molecular pathology of autosomal recessive retinitis pigmentosa and glaucoma (PCG)
ŞEFAYET BAGİYEVA
Doktora
Türkçe
2007
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AY ÖĞÜŞ