Cloning of alpha and beta subunit genes of 20 S proteasome from thermoplasma volcanium
Thermoplasma volcanium'un 20 S proteazom alfa ve beta altünite genlerinin klonlanması
- Tez No: 119126
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK, DOÇ. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: 20 S proteazom, proteaz, klonlama, Thermoplasma volcanium, Arkea vı, 20S proteasome, protease, cloning, Thermoplasma volcanium, Archaea
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
oz THERMOPLASMA VOLCANIUIW UN 20 S PROTEAZOM a VE p ALTÜNÎTE GENLERİNİN KLONLANMASI Seyit, Gönül Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Ortak Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur Akkaya Eylül 2002, 104 Sayfa 20 S proteazom, özel bölmeler halinde organize olmuş bir multi katalitik proteaz kompleksidir. Bu özgün proteazlar ökaryotlar, Aktinomisetler ve Arkealardan izole edilmiştir, ökaryotik proteazomlar 15-20 farklı alt üniteden oluşurken, Arkea proteazomları a ve p olmak üzere, sadece iki farklı alt üniteden oluşmaktadır. 20 S proteazom, termoasidofilik bir Arkea bakteri olan Thermoplasma volcanium'da da tespit edilmiştir. Çeşitli Arkea bakteri türlerinin karakterize edilmiş ve olası 20 S proteazomlarının amino asit dizi eşleştirmeleri sonucunda, yüksek oranda korunmuş bölgeler olduğu görülmüştür. Bu bölgeler dikkate alınarak, 366 bp büyüklüğündeki bir a- altünite gen dizisini çoğaltmak üzere, ileri ve geri PCR primerleri tasarlanmıştır. PCR ile çoğaltılan 366 bp'lik a-altünite gen parçası pUC 18 klonlama vektörü kullanılarak E. coli TG1 suşunda klonlanmıştır. Bu gen fragmentleri Tp. volcanium DNA' sında a-alt ünite geninin spesifik olarak belirlenmesi için prob olarak başarı ile kullanılmıştır.Tp. volcanium' un genom verilerine dayanarak olası 20S proteazom genlerinin nukleik asit dizileri dikkate alınıp tasarlanan primerler, 1043 bp' lik bir proteazom a-altünite ve 892 bp'lik p-altünite genlerinin PCR ile çoğaltılmasında kullanılmıştır. PCR ile çoğaltılan genler, pUC 18 vektörünün Bam HI ve Pst I kesim bölgelerine bağlanarak E. coli ' de klonlanmıştır. Çeşitli Arkea proteazomlarının alt ünitelerinin amino asit dizi eşleştirilmesi, en yüksek homolojinin (a-alt üniteleri için % 94 ve p-alt üniteleri için % 95) Tp. acidophilum ve Tp. volcanium proteazomları arasında olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CLONING OF a AND p SUBUNIT GENES OF 20S PROTEASOME FROM THERMOPLASMA VOLCANIUM Seyit, Gönül M.Sc, Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Co-Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Mahinur Akkaya September 2002, 104 Pages The 20 S proteasome is a self-compartmentalized, multicatalytic protease complex. These unique proteases have been purified from Eucaryotes, Gram -positive Actinomycetes, and Archaea. While Eucaryotic proteasomes contain 15-20 different subunits, the Archaeal proteasomes comprise only two different subunits, a- and p-types. The 20 S proteasome is also found in thermo-acidophilic Archaeon Thermoplasma volcanium. Amino acid sequence alignments of characterized and putative 20 S proteasomes from various Archaeal species revealed highly conserved regions. Considering these regions, forward and reverse PCR primers were designed to amplify a 366 bp region of a-subunit gene. PCR amplified 366 bp a-fragment was cloned using pUC 18 cloning vector in E. coli TG1 strain. This internal gene fragment has been used successfully for detection of a-subunit gene in the genomic DNA of Tp. volcanium. PCR amplification of a 1043 bp a-subunit and 892 bp p-subunit genes mof Tp. volcanium proteasome was achieved using the primers designed according to predicted nucleotide sequences of 20S proteasome genes based on Tp. volcanium genome data. PCR amplified genes were ligated into the Bam HI and Pst I sites of pUC 18 vector and directionally cloned in E. coli. The highest homology (94% for a-subunits and 95 % for p-subunits) was found between the Tp. acidophilum and Tp. volcanium proteasomes, when the amino acid sequences of putative proteasomal subunits of various Archaea were aligned.
Benzer Tezler
- Cloning and expression of beta subunit (AGB1) of heterotrimeric G-protein complex from a.thaliana
A.thaliana heterotrimerik G proteini beta alt birimi(AGB1)nin klonlanmasi ve ekspres edilmesi
ELİF MOLLAMEHMETOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- A. thaliana G protein y-subunit gene : Cloning, characterization and expression
A. thaliana G proteini y-alt birimi geni: Klonlama, karakterizasyon ve ekspresyonu
ÇAĞDAŞ SEÇKİN
- Expression and purification of Arabidopsis thaliana heterotrimeric G protein alpha subunit (GPA1) using bacteria and yeast systems
A.Thaliana G-proteini alfa altbirimi (GPA1)' ın bakteri ve maya sistemlerinde ekspresyonu ve saflaştırılması
HAZAL BÜŞRA KÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyofizikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- Development of recombinant antibiotics against Enterococcus faecium
Enterococcus faecium'a karşı rekombinant antibiyotik geliştirilmesi
HANİFE SALİH DOĞAN
Doktora
İngilizce
2024
BiyoteknolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT BOZDOĞAN
- Bacillus mojavensis TH309 tipII I-asparajinaz geninin klonlaması ve heterolog ifadesi
Cloning and heterolog expression of the bacillus mojavensis TH309 type II I-asparaginase gene
RAGHD BAHAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ OSMAN ADIGÜZEL