Geri Dön

Casette mutagenesis to identify the genes involved in guorum-sensing pathway and bacilysin biosynthesis in bacillus subtilis

Bacillus subtilis'te basilisin biyosentezi ile ilgili hücre yoğunluğu sinyali genlerinin kaset mutajenezi ile belirlenmesi

  1. Tez No: 119159
  2. Yazar: SEÇİL ÇETİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ, DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: B. subtiîis, basilisin, hücre yoğunluğu algılama sinyali, sporulasyon, kompetans. vı, Bacillus subtilis, bacilysin, quorum sensing, sporulation, competence IV
  7. Yıl: 2002
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 116

Özet

öz BACILLUS SUBTILIS'TE BASİLİSİN BİYOSENTEZI İLE İLGİLİ HÜCRE YOĞUNLUĞU SİNYALİ GENLERİNİN KASET MUTAJENEZİ İLE BELİRLENMESİ ÇETİN, Seçil Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez yöneticisi: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Ortak tez yöneticisi: Doç. Dr. Zümrüt Ögel Eylül 2002, 100 sayfa Bacillus subtilis'te kompetans gelişimi, lipopeptid antibiyotik sürfaktin biyosentezi ve sporulasyonun indüklenmesi“quorum-sensing”(hücre yoğunluğunun algılanması) global regülasyon mekanizması ile kontrol edilmektedir. B. subtilis'in belirli suşları tarafından sentezlenen ve bir dipeptid antibiyotik olan basilisin biyo sentezinin de yine aynı mekanizmanın kontrolü altında gerçekleştiği kısa süre önce laboratuvarımız tarafından rapor edilmişti B. subtilis'tG iki hücre dışı sinyal peptidi, ComX feromonu ve CSF (Kompetans ve Sporulasyon Faktörü) ComA transkripsiyon faktörünü kontrolederek kompetans gelişimi ve sürfaktin biyosentezini sağlamaktadır. Önceki çalışmamızda phrC, com A ve opp genlerinin bloke edildiği mutantlar oluşturulmuş ve dipeptid antibiyotik basilisin biyosentezinin ComA, PhrC ve SpoOK (Opp) kontrolü altında gerçekleştiği gösterilmişti. Şimdiki çalışma, bahsedilen regülasyon mekanizmasında var olan diğer genetik belirleyicilerin basilisin biyosenteziyle olan muhtemel ilişkilerini aydınlatmayı amaçlamıştır. Bu amaç çerçevesinde, öncelikli olarak srfA operonu ve comP, comQ, abrB, spoOA, spoOH, comS ve srfB genlerinin insersiyonel inaktivasyonları (kaset mutaj enezleri) yapılmış, bunun için basilisin üreticisi suş B. subtilis PY79 ilgili genlerin bloke mutantlarının kromozomal DNA'larıyla transforme edilmiştir. Daha sonra seçilen transformantlarda basilisin üretimindeki değişiklikler“kağıt diski-agar difüzyon”metodu ile incelenmiştir. ComQ-ComX ve ComP'nin bacilysin biyosentezi için gerekli olduğu bulunmuştur. srfA operonunun inaktivasyonu basilisin üretme kabiliyetinin yok olmasına neden olmuş, bu da sürfaktin operonunun basilisin biyosentezinde doğrudan fonksiyonu olduğunu kanıtlamıştır. abrB geninin spoOA mutantlarında bloke edilmesi spoOA mutasyonunun neden olduğu basilisin- negatif fenotipi suprese etmiş, aynı genin basilisin üreticisi suş PY79'da bloke edilmesi ise basilisin üretimini yaklaşık iki kat arttırmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT CASSETTE MUTAGENESIS TO IDENTIFY THE GENES INVOLVED IN QUORUM-SENSING PATHWAY AND BACILYSIN BIOSYNTHESIS IN BACILLUS SUBTILIS Çetin, Seçil M.Sc, Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Co-supervisor: Assoc. Prof. Dr. Zümrüt Ögel September, 2002, 100 pages In Bacillus subtilis, competence development, lipopeptide antibiotic surfactin biosynthesis and sporulation initiation are controlled by“quorum-sensing”(cell density signaling) global regulation mechanism. Biosynthesis of dipeptide antibiotic bacilysin produced by certain strains of B. subtilis was recently reported by our laboratory to be under the control of the same mechanism. In B. subtilis, two extracellular signaling peptides, ComX pheromone and CSF (Competence and Sporulation Factor) stimulate 111the development of genetic competence and surfactin biosynthesis in response to high cell density (quorum-sensing) by regulating the activity of transcription factor ComA In our previous study, we have shown that biosynthesis of dipeptide antibiotic bacilysin is linked to ComA and PhrC (CSF) in a SpoOK (Opp)-dependent manner by constructing phrC-, comA- and o/?p4-disrupted mutants of B. subtilis. The objective of the present research is to elucidate the possible relationships between the other genetic determinants involved in this control system and bacilysin biosynthesis. In view of this objective, insertional inactivations via cassette mutagenesis of certain genetic components of quorum-sensing global regulation, namely srfA operon, comP, comQ, abrB, spoOA, spoOH, comS and srfB genes were made by transforming bacilysin producer strain B. subtilis PY79 with chromosomal DNAs from the blocked mutants of corresponding genes. After blocking these genes, paper-disc agar diffusion assay was performed to determine as to whether bacilysin production is affected. ComQ-ComX and ComP were found to be essential for bacilysin biosynthesis. On the other hand, the disruption of srfA operon in the bacilysin producer resulted in a bacilysin-negative phenotype, thus our study verified that srfA operon functions directly in the production of bacilysin. The disruption of abrB gene in spoOA-deleted mutants suppressed the bacilysin-negative phenoptype whereas the disruption of the same gene in the wild type strain resulted in about a two-fold increase in the production of bacilysin.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    315076

    Ekzopolifosfataz (ppx) ve polifosfatkinaz (ppk) genlerinden yoksun bacıllus thurıngıensıs subsp. ısraelensıs suşunda endotoksin biyosentezi.

    Endotoxin biosynthesis in bacillus thuringiensis subsp. israelensis strain deficient in exopolyphosphatase (ppx) and polyphosphate kinase (ppk) genes .

    AYBİKE YEDEKÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDEF TUNCA GEDİK

  2. Tez No

    269090

    Deletion mutation of GlnB and GlnK genes in rhodobacter capsulatus to enhance biohydrogen production

    Rhodobacter capsulatus?da biyohidrojen üretiminin arttırılması amacıyla GlnB ve GlnK genlerinin etkisizleştirilmesi

    GÜLŞAH PEKGÖZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Bölümü

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

    PROF. DR. İNCİ EROĞLU

  3. Tez No

    743252

    Establishment of Cas9 endonuclease technology in rye

    Çavdarda Cas9 endonükleaz teknolojisinin kullanilmasi

    MUHAMMAD ARSLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    ZiraatEge Üniversitesi

    Tohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR

    DR. SAMEH SELİM

  4. Tez No

    560777

    Kayın mantarı (Pleurotus ostreatus) genomunda ABC proteinlerinden MDR alt ailesinin biyoinformatik analizi ve ifade profili

    Bioinformatic and expression analysis of MDR subfamily of ABC proteins in oyster mushroom (Pleurotus ostreatus) genome

    HATİCE KÜBRA DÜZEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR

  5. Tez No

    65521

    Simulation for decision support in a video casette production plant

    Bir video kaset fabrikasında karar destek amaçlı olarak benzetim tekniğinin kullanımı

    GÖKALP YILDIZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1997

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. SEMRA TUNALI

Geri Dön