Casette mutagenesis to identify the genes involved in guorum-sensing pathway and bacilysin biosynthesis in bacillus subtilis
Bacillus subtilis'te basilisin biyosentezi ile ilgili hücre yoğunluğu sinyali genlerinin kaset mutajenezi ile belirlenmesi
- Tez No: 119159
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ, DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: B. subtiîis, basilisin, hücre yoğunluğu algılama sinyali, sporulasyon, kompetans. vı, Bacillus subtilis, bacilysin, quorum sensing, sporulation, competence IV
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
öz BACILLUS SUBTILIS'TE BASİLİSİN BİYOSENTEZI İLE İLGİLİ HÜCRE YOĞUNLUĞU SİNYALİ GENLERİNİN KASET MUTAJENEZİ İLE BELİRLENMESİ ÇETİN, Seçil Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez yöneticisi: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Ortak tez yöneticisi: Doç. Dr. Zümrüt Ögel Eylül 2002, 100 sayfa Bacillus subtilis'te kompetans gelişimi, lipopeptid antibiyotik sürfaktin biyosentezi ve sporulasyonun indüklenmesi“quorum-sensing”(hücre yoğunluğunun algılanması) global regülasyon mekanizması ile kontrol edilmektedir. B. subtilis'in belirli suşları tarafından sentezlenen ve bir dipeptid antibiyotik olan basilisin biyo sentezinin de yine aynı mekanizmanın kontrolü altında gerçekleştiği kısa süre önce laboratuvarımız tarafından rapor edilmişti B. subtilis'tG iki hücre dışı sinyal peptidi, ComX feromonu ve CSF (Kompetans ve Sporulasyon Faktörü) ComA transkripsiyon faktörünü kontrolederek kompetans gelişimi ve sürfaktin biyosentezini sağlamaktadır. Önceki çalışmamızda phrC, com A ve opp genlerinin bloke edildiği mutantlar oluşturulmuş ve dipeptid antibiyotik basilisin biyosentezinin ComA, PhrC ve SpoOK (Opp) kontrolü altında gerçekleştiği gösterilmişti. Şimdiki çalışma, bahsedilen regülasyon mekanizmasında var olan diğer genetik belirleyicilerin basilisin biyosenteziyle olan muhtemel ilişkilerini aydınlatmayı amaçlamıştır. Bu amaç çerçevesinde, öncelikli olarak srfA operonu ve comP, comQ, abrB, spoOA, spoOH, comS ve srfB genlerinin insersiyonel inaktivasyonları (kaset mutaj enezleri) yapılmış, bunun için basilisin üreticisi suş B. subtilis PY79 ilgili genlerin bloke mutantlarının kromozomal DNA'larıyla transforme edilmiştir. Daha sonra seçilen transformantlarda basilisin üretimindeki değişiklikler“kağıt diski-agar difüzyon”metodu ile incelenmiştir. ComQ-ComX ve ComP'nin bacilysin biyosentezi için gerekli olduğu bulunmuştur. srfA operonunun inaktivasyonu basilisin üretme kabiliyetinin yok olmasına neden olmuş, bu da sürfaktin operonunun basilisin biyosentezinde doğrudan fonksiyonu olduğunu kanıtlamıştır. abrB geninin spoOA mutantlarında bloke edilmesi spoOA mutasyonunun neden olduğu basilisin- negatif fenotipi suprese etmiş, aynı genin basilisin üreticisi suş PY79'da bloke edilmesi ise basilisin üretimini yaklaşık iki kat arttırmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CASSETTE MUTAGENESIS TO IDENTIFY THE GENES INVOLVED IN QUORUM-SENSING PATHWAY AND BACILYSIN BIOSYNTHESIS IN BACILLUS SUBTILIS Çetin, Seçil M.Sc, Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Co-supervisor: Assoc. Prof. Dr. Zümrüt Ögel September, 2002, 100 pages In Bacillus subtilis, competence development, lipopeptide antibiotic surfactin biosynthesis and sporulation initiation are controlled by“quorum-sensing”(cell density signaling) global regulation mechanism. Biosynthesis of dipeptide antibiotic bacilysin produced by certain strains of B. subtilis was recently reported by our laboratory to be under the control of the same mechanism. In B. subtilis, two extracellular signaling peptides, ComX pheromone and CSF (Competence and Sporulation Factor) stimulate 111the development of genetic competence and surfactin biosynthesis in response to high cell density (quorum-sensing) by regulating the activity of transcription factor ComA In our previous study, we have shown that biosynthesis of dipeptide antibiotic bacilysin is linked to ComA and PhrC (CSF) in a SpoOK (Opp)-dependent manner by constructing phrC-, comA- and o/?p4-disrupted mutants of B. subtilis. The objective of the present research is to elucidate the possible relationships between the other genetic determinants involved in this control system and bacilysin biosynthesis. In view of this objective, insertional inactivations via cassette mutagenesis of certain genetic components of quorum-sensing global regulation, namely srfA operon, comP, comQ, abrB, spoOA, spoOH, comS and srfB genes were made by transforming bacilysin producer strain B. subtilis PY79 with chromosomal DNAs from the blocked mutants of corresponding genes. After blocking these genes, paper-disc agar diffusion assay was performed to determine as to whether bacilysin production is affected. ComQ-ComX and ComP were found to be essential for bacilysin biosynthesis. On the other hand, the disruption of srfA operon in the bacilysin producer resulted in a bacilysin-negative phenotype, thus our study verified that srfA operon functions directly in the production of bacilysin. The disruption of abrB gene in spoOA-deleted mutants suppressed the bacilysin-negative phenoptype whereas the disruption of the same gene in the wild type strain resulted in about a two-fold increase in the production of bacilysin.
Benzer Tezler
- Ekzopolifosfataz (ppx) ve polifosfatkinaz (ppk) genlerinden yoksun bacıllus thurıngıensıs subsp. ısraelensıs suşunda endotoksin biyosentezi.
Endotoxin biosynthesis in bacillus thuringiensis subsp. israelensis strain deficient in exopolyphosphatase (ppx) and polyphosphate kinase (ppk) genes .
AYBİKE YEDEKÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- Deletion mutation of GlnB and GlnK genes in rhodobacter capsulatus to enhance biohydrogen production
Rhodobacter capsulatus?da biyohidrojen üretiminin arttırılması amacıyla GlnB ve GlnK genlerinin etkisizleştirilmesi
GÜLŞAH PEKGÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
PROF. DR. İNCİ EROĞLU
- Establishment of Cas9 endonuclease technology in rye
Çavdarda Cas9 endonükleaz teknolojisinin kullanilmasi
MUHAMMAD ARSLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
ZiraatEge ÜniversitesiTohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR
DR. SAMEH SELİM
- Kayın mantarı (Pleurotus ostreatus) genomunda ABC proteinlerinden MDR alt ailesinin biyoinformatik analizi ve ifade profili
Bioinformatic and expression analysis of MDR subfamily of ABC proteins in oyster mushroom (Pleurotus ostreatus) genome
HATİCE KÜBRA DÜZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR
- Simulation for decision support in a video casette production plant
Bir video kaset fabrikasında karar destek amaçlı olarak benzetim tekniğinin kullanımı
GÖKALP YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SEMRA TUNALI