P53 geni polimorfizminin çeşitli kanser tiplerinin olma sıklığı ile ilişkisinin araştırılması
P53 polymorphism in relation to the frequency of various cancer instances
- Tez No: 123879
- Danışmanlar: PROF.DR. AHMET ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: PCR, PZR, p53, DGE, SSCP, p53 mutasyonları, kanser, PCR, p53, DGE, SSCP, p53 mutations, cancer IV
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 883
Özet
P53 GENİ POLİMORFİZMİNİN ÇEŞİTLİ KANSER TİPLERİNİN OLMA SIKLIĞI İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI Menderes YIKILMAZ Yüksek Lisans Tezi Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimler Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Ahmet ARSLAIM Ocak -2002 ÖZET Kanser bugün için ölümcül olan çevre koşullarının ve alışkanlıkların da tetikleyici rol oynadığı sonradan edinilen çokgen kalıtımlı bir hastalıktır. Kanser ve tip-2 şeker hastalığı gibi çokgen kalıtımlı hastalıkların klinik olarak fenotipleri tanımlanabildiği, deneysel olarak istenilen kanser tipleri deney hayvanlarında geliştirilebildiği halde gelişmiş kanserli dokunun geriye döndürülmesi kansere yol açan gen(ler)in tanımlanması çözülemediğinden tekrar normal sağlıklı hücre ve dokulara dönüştürmek mümkün olamamaktadır. Bu çözüldüğünde kanserin tedavisi ve tedavi seyrinin etkili olarak takibi de mümkündür. P53 baskılayıcı geni 17 inci kromozomun kısa kolunda yer alan ve hastalığın son evrelerinde p53 geninde mutasyonlar artmakta neticede hastalık önüne geçilemez şekilde ilerlemektedir. Hastalığın ileri evrelerinde birincil sorumlu gendeki mutasyonla birlikte kanserin tipine göre p53 genindeki mutasyonlar da %50'lere kadar çıkabilmektedir. Bu çalışmada farklı evrelerde olan ilk kanser teşhisi almış hastalarda p53 geni üzerindeki mutasyonların sıklığının tayin edilmesi amaçlanmıştır. P53 mutasyonuna göre ilk aşamada kanserli hastaları mutasyon olumlu ve mutasyon olumsuz olarak sınıflandırma ve bu sınıflandırma çerçevesinde hastaların kanser biyolojisini tanımlamasına yönelik bir moleküler analiz yönteminin mümkün olup olmayacağını araştırmak üzere bu çalışma yapılmıştır. Kanser teşhisi konulan hastalardan alınan kan örneklerinden fenol kloroform yöntemiyle DNA örnekleri elde edildi. GC'ce zengin olan p53 geninde PZR reaksiyonlarıyla ekzonların çoğaltılması mümkünolamamıştır. Kloroform izoamilalkol (24:1) karışımıyla elde edilen DNA'lardan tekrar DNA eldesi yapıldı ve 12 DNA örneğinde PZR reaksiyonları başarılı olmuş bu örneklerden osteosarkomlu bir hastanın 6 inci ekzonunda mutasyona rastlanılmıştır. DNA elde yöntemi değiştirilerek kanser teşhisi konulan ikinci hasta grubundan temin edilen kan örneklerinden tuz çökeltme ve etanol yıkama yöntemiyle DNA örnekleri elde edilmiştir. Bu DNA örneklerinde 9 ekzon çalışılmış ve leymiyosarkomlu bir hastada 4 üncü ekzonda transversiyonel, metasitatik adenokarsinomlu bir hastada 8 inci ekzonda ekleme ve kötü huylu mezenşim kanserinde 8 inci ekzon da çıkarma tipi bir mutasyona rastlanılmıştır. İkinci hasta grubunda %16'lık p53 mutasyon sıklığına rastlanılmıştır. Bu oranın güvenirliğini bu çalışmada teyid etmek mümkün değildir. Yalnız bu çalışmalardan: a) tuz çökeltme yönteminde muhtemelen GC'ce zengin bölgelerde DNA ikincil yapı etkisi sebebiyle p53 mutasyonu düşük bulunmuş olabileceği, b) mutasyon taramasının kafi olmadığı, PZR ürünlerinin mutasyonia uyumlu restriksiyon enzim kesim düzeninin çalışılması ile teyid edilmesi gerektiği anlaşılmıştır. Mutasyon sıklığının tesbiti yanısıra mutasyonun hücrelerde birikiminin, p53 gen bölgesinde 17 inci kromozomun heterozigot ve/veya homozigot oluşunun, iki allelde mutasyon tipinin aynı veya farklı oluşunun ve herbir çekirdekteki kromozom 17 ve p53 geni kopya sayısının da tayin edilmesi ile p53 mutasyonunun hastalığın seyrindeki ilişkisinin ortaya konulmasında yararlı olacağı sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
P53 GENE POYMORPHISM IN RELATION TO THE FREQUENCY OF VARIOUS CANCER INSTANCES Menderes YIKILMAZ M. S Thesis Gaziantep University - Graduate School of Health Sciences, Department of Medical Biology Supervisor: Prof. Dr. Ahmet ARSLAN January - 2002 ABSTRACT Cancer development is a lethal polygenic trait acquired later in life due to environmental influences and habitual living style of the individuals. Cancer like diabetes mellitus type-2, polygenic disease phenotype is characterized clinically, progression of desired cancer type can be induced experimentally in a controlled manner, however, identifying gene(s) responsible for regression of cancer cells or tissue into normal healthy cells or tissue has not been elucidated yet. Once this is resolved, efficient follow-up and recurrence of disease can be assessed molecular vise more effectively. P53 gene is the major tumor suppressor gene located on the short arm of chromosome 17 and deletions and mutations have been frequently observed in progression of various tumors with deleterious consequences. Nevertheless, p53 gene mutation appears at later stage of carcinogenesis along with the primary responsible gene mutation. Mutations in p53 gene can be as much as 50% in various cancer cases and could indicate poor prognosis and chemoresistance of patients. In this work we aimedto determine the frequency of p53 mutations among the cancer patients at various stage at diagnosis before treatment and during remission and recurrence at follow-up. Consequently, it might be possible to classify the cancer patients according to p53 mutation positive and negative. If this is conceivable then it will enable us genetically to develop molecular profiling method which will assess the medical treatment according to molecular profiling, able to predict mortality, metastatic stage depending on good genetic pattern or bad genetic patternwithin the p53 mutation classes. Initially, DNA samples were isolated using standard phenol-chloroform procedure from the patients bloods. Amplification by PCR reactions was difficult due to GC rich nature of p53 gene. Unsuccessful PCR reactions were attributed to phenol film on the crevices of DNA preventing denaturation of GC rich regions. In order to elucidate this, available DNAs were reextracted with chloroform :isoamyl alcohol (24:1) mixture and ethanol precipitation. Twelve DNAs obtained in this way showed successful PCR reactions and one mutation at 6 th exon in a osteosarcom patient was found. But inconsistancy of the PCR reactions in different exons forced us to terminate the study totally. DNAs were obtained from the second group of cancer patients using high salt precipitation and ethanol wash procedure. The consistency of the PCR reactions throughout the 9 exons thus achieved. SSCP and denaturing gel electrophoresis of PCR products revealed transversional mutation at 4 th exon of leimiosarcom patient, insertional type at 8 th exon in metastatic adenocarsinoma patient, and deletion type mutation at 8 th exon in another patient with malignant mesenchymal tumor. In the second group of patients the frequency of p53 mutation was 16%. The reliability of this result was not confirmed due to time constrains. However, from these studies it can be deduced that the result of mutation rate can be lower than expected due to secondary structure effects of DNA even isolated by the salt precipitation due to incomplete denaturation of GC rich DNA regions. Secondly, mutation screening by itself may not be sufficient for the assessment of the clinical stage of the patient. Thirdly, the mutation should be confirmed by the mutation specific restriction enzyme analysis. In conclusion mutation screening by itself is insufficient approach for cancer patients. Mutation screening and polymorphism should be supported further by determination p53 accumulation in cancer tissue and nearby healthy tissue in cancer patients, unbalanced copy number of mutated and healthy allel of 17 th chromosome for p53 gene locus, heterozygous or homozygousness of accumulated p53 mutations, loss of heterozygosity 17 th chromosome in p53 gene locus in the nucleus during carcinogenesis in order to asses better for the outcome of patient survival.
Benzer Tezler
- Akciğer kanserinde metabolik (CYP2E1) polimorfizmin ilaç rezistansındaki rolü
Metabolic (CYP2E1) polymorphism role of drug resistance in lung cancer
VOLKAN KARACAOĞLAN
Doktora
Türkçe
2012
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜMTAZ İŞCAN
- PALB2 gen varyasyonlarının meme kanseri yatkınlığına etkilerinin araştırılması
Investigation of effects of PALB2 genetic variations on breast cancer predisposition
MÜGE YÜKSEL BİLEN
- Göğüs kanseri ve hiperlipidemili kadınlarda P53 gen polimorfizminin moleküler ve biyokimyasal çalışması
Molecular and biochemical study of P53 gene polymorphism i̇n women with breast cancer and hyperlipidemia
HADEEL ALI SHAMKHI AL-HUSSEINAWI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
- Mesane kanserinde TP53 mutasyon ve polimorfizmleri
TP53 mutations and polymorphismsinbladdercancer
SEVİLAY ŞAHOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyolojiHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NAGEHAN ERSOY TUNALI
- Rahim ağzı, yumurtalık ve rahim kanserli olgularda p53 72. kodon ve MTHFR C677T polimorfizminin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) analizi ile araştırılması
An investigation with polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis p53 codon 72 and MTHFR C677T polymorphisms in cervix, over and endometrium carcinomas
YETER CEREN ÇİMEN