Deformation and finite size effects in cooperative molecular motors
Moleküler motorlarda deformasyon ve sonlu uzunluk etkileri
- Tez No: 129234
- Danışmanlar: PROF. DR. M. CEMAL YALABIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Moleküler Motorlar, Deformasyon, Sonlu Boyut Etkisi ıı
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Özet MOLEKÜLER MOTORLARDA DEFORMASYON VE SONLU UZUNLUK ETKİLERİ Sencer Taneri Fizik Doktora Tez Yöneticisi: Prof. Dr. M. Cemal Yalabık Temmuz 2002 Motor protein sistemleri son zamanlarda büyük ilgi toplamıştır. Bu çalışmalarda kas kasılması, protein parçacıklarından yapılmış omurga ve ray filamanlarının biribiri üzerinde kaymasıyla modellenmiştir. Analitik analizi kolaylaştırmak için bu fılamanların sonsuz uzunluk ve kütleden oluştukları kabul edilmektedir. Bu sabit hız ve sabit kuvvet üretimiyle hareket eden sistemin anlaşılmasını kolaylaştırmaktadır. Yalnız, uzunlukta ve kütledeki sonluluk hızın belli bir değer çevresinde değişmesine sebep olur ki bu geçişme sırasında bu değerin işaret değiştirmesine de sebep olur. Bu davranış şekline iyi bilinen Arrhenius Kanunu sayesinde bir zaman sabiti tanımlamak mümkündür. Meydana çıkan enerji bari yerinin büyüklüğünün filamanın uzunluğu ve protein parçacıklarının kütlelerinin büyüklüğüyle orantılı olduğu ortaya çıkmaktadır. Deformasyon fenomeni şimdiye değin kesitsel deformasyonlar olarak incelenmiş iç kuvvetlerin üretilmesiyle ortaya çıkar. Protein parçacıklarının omurgaya elastik bağlanması ayrıca kuvvet üretimi ile ilgilidir. Kesitseldeformasyonlara odaklanmak yerine, hesaplamaya elastik bağlılığı, hesaplamayı daha kolay kılmak için bir Ising benzeri potansiyeli katarak çalıştık. Deformasyon büyüklüğünü ölçen parametrelerin bazıları için düşük kayma hızlarına karşın daha fazla kuvvet üretilmesiyle daha iyi bir motor elde edildiğini saptadık.
Özet (Çeviri)
Abstract DEFORMATION AND FINITE SIZE EFFECTS IN COOPERATIVE MOLECULAR MOTORS Sencer Taneri Doctor of Philosophy in Physics Supervisor: Prof. Dr. M. Cemal Yalabık July 2002 Motor protein systems have been of considerable interest lately. In these studies muscle contraction is modeled as the sliding of two filaments made of protein particles over one another, that is the sliding of the backbone filament on the track filament. In order to make the analytical analysis easy these filaments are assumed to be of infinite length or mass. This enables the understanding of the sliding of motility assays with constant velocity and generation of constant force. However, finite size in length and mass brings fluctuations in velocity around certain values, and changes in direction through intermittent transitions. It is possible to associate time constants to this kind of behavior. It turns out that the magnitude of the time constant being created during the process is proportional to both the length of the filament and the mass of the protein particles. Deformation phenomenon stems from internally generated forces which so far has been examined as axonemal deformations. The elastic coupling of the protein particles to the backbone has been studied separately, which in factis also related to the generation of internal forces. Instead of focusing on the axonemal deformations, we implemented an Ising-like potential contribution to our computation to study the elastic coupling which makes the computation easier. We found out that for certain range of parameters that measures the deformation strength, one attains a better motor because of more intense force generation at the expanse of getting a lower sliding velocity.
Benzer Tezler
- Ev tipi bir fırının düşme testinin sonlu elemanlar yöntemi ile modellenmesi
Modeling the drop test of household oven with finite element method
TOLGA ASA
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ZEYNEP PARLAR
- Incremental forming of light weight sheet materials at elevated temperature: An investigation of formability, failure, and output quality of the process
Başlık çevirisi yok
HOSEIN KHALATBARI
Doktora
İngilizce
2021
Makine MühendisliğiKoç ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL LAZOĞLU
- Geogrid-donatılı kum zemine oturan temellerin taşıma kapasitesi
Bearing copacity of footings on geogrid-reinforced sand
TEMEL YETİMOĞLU
- Numerical and experimental investigation on the crushing behaviour of auxetic lattice cells produced with additive manufacturing techniques
Eklemeli imalat teknikleri ile üretilmiş ökzetik kafes yapıların ezilme davranışlarının nümerik ve deneysel olarak incelenmesi
KADİR GÜNAYDIN
Doktora
İngilizce
2020
Havacılık Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİT SÜLEYMAN TÜRKMEN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANTONIO MATTIA GRANDE
- Enhanced gradient crystalplasticity study of size effects in B.C.C. metal
Başlık çevirisi yok
MURAT DEMİRAL