Geri Dön

Identification of genes involved in hepatocellular carcinoma : Evaluation of hCdc4 and B-Raf genes

Hepatoselüler karsinomda R01 alan genlerinin tanımlanması: hCdc4 and B-Raf genlerinin değerlendirilmesi

  1. Tez No: 139272
  2. Yazar: BANU SÜRÜCÜ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CENGİZ YAKICIER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: HCC, hCdc4, B-Raf, oncogene, tumor suppressor gene, mutation. IV
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

ÖZET HEPATOSELÜLER KARSINOMDA ROL ALAN GENLERİN TANIMLANMASI: hCdc4 VE B-Raf GENLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ Banu SÜRÜCÜ Yüksek Lisans Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Cengiz YAKICffiR Eylül 2003, 56 sayfa Karaciğer kanserinin başlıca türü olan hepatoselüler karsinom (HCC) dünya çapında yaygın kanserlerden biridir. HCC'nin oluşması ve gelişimi çok basamaklı bir süreç olup onkogenlerin aktivasyonunu ve/veya tümör baskılayıcı genlerin inaktivasyonunu gerektirir. Her ne kadar p53, aksin gibi tümör baskılayıcı genlerin inhibisyonu ve 0- katenin gibi onkogenlerin aktivasyonu gösterildiyse de hepatoselüler karsinomun moleküler mekanizması belirgin değildir. Bu nedenle, hepatokarsinogenezde rolü olan genlerin tanımlanması sadece bu sürecin anlaşılmasında değil aynı zamanda koruma veya tedavi için yeni stratejiler geliştirilmesinde de önemli bir basamaktır. Bu çalışmanın amacı hCdc4 ve B-Raf genlerinin HCC'deki olası rollerini değerlendirmektir. Kromozom 4q üzerinde sık görülen delesyonlar nedeniyle bu bölgede bulunan gen ya da genlerin HCC 'de rol alabileceği düşünülmektedir. Yakın zamanda bu bölgede bulunan bir gen olan hCdc4 klonlanmış ve olası bir tümör baskılayıcı gen olarak gösterilmiştir. hCdc4 bir F-box proteini olup siklin E'nin ubikütinlenmesinde dolayısıyla da yıkımında rol aldığı gösterilmiştir. Yıkımındaki bir bozukluk dolayısıyla olabilecek siklin E ekspresyon seviyesindeki artış, HCC'nin de içinde bulunduğu çeşitli kanserlerde sık görülen bir olaydır. 15 HCC hücre hattında hCdc4 geninin ekspresyon ve mutasyon çalışmaları RT-PCR ve bunu takiben PCR ürünlerinin direkt DNA dizi analizi yöntemleri kullanılarak incelenmiştir. Test edilen HCC hücre hatlarında mutasyon veya anormal transkript gözlemlenmemiştir. Bu bulgular hCdc4 genindeki değişimlerin hepatokarsinogenezde sık rastlanan bir olay olmadığına işaret etmektedir.RAF proteininin insan isoformlanndan biri olan B-RAF onkogenik RAS tarafından aktive edilerek hücrelerin büyüme faktörlerine yanıt vermesinde işlev görür.. B-Raf mutasyonlan birçok kanser türünde gösterilmiştir. RAS mutasyonları insan hepatokarsinogenezinde sık görülen bir olay olmasa da HCC örneklerinde az sayıda rapor edilmiştir. Bu nedenle onkogenik MAP kinaz yolağının aktivasy onunun B-RAF gibi başka bir bileşeni tarafından aktive edilmesi olasıdır. B-Raf mutasyonları HCC hücre hatları ve tümörlerinde araştırılmıştır ve aktive edici B-Raf mutasyonlan HCC'lerin %3'ünde (2/72) tanımlanmıştır. Bu bulgular B-Raf geninin, dolayısıyla bu yolağın hepatokarsinogenezde rol alabileceğini ancak ne B-Raf ne de ras geninin hepatokarsinogenezde rol oynayan başlıca genler olmadığını göstermektedir. Bu nedenle MAP kinaz yolağının diğer üyelerinin HCC 'deki mutasyonları değerlendirilmelidir. vı

Özet (Çeviri)

ABSTRACT IDENTIFICATION OF GENES INVOLVED IN HEPATOCELLULAR CARCINOMA; EVALUATION OF hCdc4 and B-Raf GENES Banu SÜRÜCÜ M.S. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Assist. Prof. Dr. Cengiz YAKICIER September 2003, 56 pages Hepatocellular carcinoma (HCC), the major type of primary liver cancer, is one of the most common cancers worldwide. Development and progression of HCC occur as a multistep process, requiring the activation of oncogenes and the inactivation of several tumor suppressor genes. Although, inactivation of tumor suppressor genes, including p53, Axin and activation of oncogene (3-catenin, have been shown to be involved in HCC development, the molecular mechanism of hepatocarcinogenesis is still unclear. The identification of additional genes that are involved in hepatocarcinogenesis is, not only, an important task to understand this process, but also for development of novel strategies for prevention or therapy. The aim of this study was to elucidate a possible function of hCdc4 and B-Raf genes in HCCs. A gene or genes on chromosome 4q have been implicated in hepatocarcinogenesis by the observation of frequent deletions of this region in HCCs. More recently, hCdc4, a gene in this region has been proposed as a candidate tumor suppressor gene. hCdc4 is an F-box protein which is shown to be involved in ubiquitination of cyclin E, thus targeting it for destruction. Cyclin E overexpression, is reported to be a frequent event in different cancers including HCC suggesting a problem in its destruction. 15 HCC cell lines were analysed for expression and mutation of hCdc4 gene by RT-PCR and direct sequencing of PCR products. No abnormal transcript and mutation observed in HCC cell lines tested. Our findings suggest that alteration of this gene is not a frequent event in hepatocarcinogenesis. inB-Raf, which is one of the human isoforms of RAF, is activated by oncogenic Ras (leading to cooperative effects in cells responding to growth factor signals). B-Raf mutations are found in a wide range of cancers. Eventhough, mutational activation of Ras is not a frequent event in human hepatocarcinogenesis, few Ras mutations were reported in HCC cases. Thus activation of oncogenic MAP kinase pathway by another component of this pathway such as BRAF is worth to analyze. HCC cell lines and tumours were searched for B-Raf mutations. Activating BRAF missense mutations were identified in 2/72 HCCs (3%). Our results suggest that B-Raf may be occasionally involved in hepatocarcinogenesis. Thus MAP kinase pathway might be involved in hepatocarcinogenesis but neither B-Raf nor Ras are the major players of this pathway in this event. For this reason, other members of this pathway should be evaluated for mutations in HCC.

Benzer Tezler

  1. Sialik asit biyosentezinde rol oynayan NANS ve CMAS genlerinin sialiltransferaz gen ailesi ile ilişkisinin karaciğer hepatoselüler karsinom primer tümör örneklerinde biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

    Determination of the relationship between NANS / CMAS genes involved in sialic acid biosynthesis and the sialyltransferase gene family in liver hepatocellular carcinoma primary tumor samples by bioinformatic tools

    FATMA SELEN AKAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİYE DEVECİ

  2. Identification of cellular stress related biomolecules for eventual use in targeted therapies of hepatocellular carcinoma

    Hepatosellüler karsinom hedefli tedavilerinde kullanılmak üzere hücresel stres kaynaklı biyomoleküllerin belirlenmesi

    DAMLA GÖZEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON

    PROF. DR. RENGÜL ATALAY

  3. Defining novel cancer genes, SAGE tags and co-regulated regions of the human genome evolving from the search and identification of novel Wnt/TCF/beta-catenin targets

    Wnt/TCF/beta-catenin yolağında hedef taramalarından başlayarak yeni kanser genlerinin ve insan genomu üzerinde birlikte hareket eden bölgelerin tanımlanması

    ERŞEN KAVAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. AHMET KOMAN

  4. Rhodobacter capsulatus bakterisinde Sitokrom C oksidaz biyogenesiz'inde rol alan genlerin belirlenmesi ve fonksiyonlarının tanımlanması

    Identification of genes involved in biogenesis of Cytochrome C oxidase from rhodobacter capsulatus and determination of their functions

    SEMRA AYGÜN SUNAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyokimyaUludağ Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEVNUR MANDACI

    PROF. DR. RAHMİ BİLALOĞLU

  5. Trogoderma granarium'da (Coleoptera: Dermestidae) glukoneogenez ve glikoliz yolaklarında görev alan genlerin tanımlanması ve diyapoz süreçlerindeki gen ifade düzeylerinin belirlenmesi

    Identification of genes involved in gluconeogenesis and glycolysis pathways in Trogoderma granarium (Coleoptera: Dermestidae) and determination of gene expression levels during diapause processes

    EMİNE KOÇAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI DAĞERİ