Identification of genes involved in hepatocellular carcinoma : Evaluation of hCdc4 and B-Raf genes
Hepatoselüler karsinomda R01 alan genlerinin tanımlanması: hCdc4 and B-Raf genlerinin değerlendirilmesi
- Tez No: 139272
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CENGİZ YAKICIER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: HCC, hCdc4, B-Raf, oncogene, tumor suppressor gene, mutation. IV
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
ÖZET HEPATOSELÜLER KARSINOMDA ROL ALAN GENLERİN TANIMLANMASI: hCdc4 VE B-Raf GENLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ Banu SÜRÜCÜ Yüksek Lisans Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Cengiz YAKICffiR Eylül 2003, 56 sayfa Karaciğer kanserinin başlıca türü olan hepatoselüler karsinom (HCC) dünya çapında yaygın kanserlerden biridir. HCC'nin oluşması ve gelişimi çok basamaklı bir süreç olup onkogenlerin aktivasyonunu ve/veya tümör baskılayıcı genlerin inaktivasyonunu gerektirir. Her ne kadar p53, aksin gibi tümör baskılayıcı genlerin inhibisyonu ve 0- katenin gibi onkogenlerin aktivasyonu gösterildiyse de hepatoselüler karsinomun moleküler mekanizması belirgin değildir. Bu nedenle, hepatokarsinogenezde rolü olan genlerin tanımlanması sadece bu sürecin anlaşılmasında değil aynı zamanda koruma veya tedavi için yeni stratejiler geliştirilmesinde de önemli bir basamaktır. Bu çalışmanın amacı hCdc4 ve B-Raf genlerinin HCC'deki olası rollerini değerlendirmektir. Kromozom 4q üzerinde sık görülen delesyonlar nedeniyle bu bölgede bulunan gen ya da genlerin HCC 'de rol alabileceği düşünülmektedir. Yakın zamanda bu bölgede bulunan bir gen olan hCdc4 klonlanmış ve olası bir tümör baskılayıcı gen olarak gösterilmiştir. hCdc4 bir F-box proteini olup siklin E'nin ubikütinlenmesinde dolayısıyla da yıkımında rol aldığı gösterilmiştir. Yıkımındaki bir bozukluk dolayısıyla olabilecek siklin E ekspresyon seviyesindeki artış, HCC'nin de içinde bulunduğu çeşitli kanserlerde sık görülen bir olaydır. 15 HCC hücre hattında hCdc4 geninin ekspresyon ve mutasyon çalışmaları RT-PCR ve bunu takiben PCR ürünlerinin direkt DNA dizi analizi yöntemleri kullanılarak incelenmiştir. Test edilen HCC hücre hatlarında mutasyon veya anormal transkript gözlemlenmemiştir. Bu bulgular hCdc4 genindeki değişimlerin hepatokarsinogenezde sık rastlanan bir olay olmadığına işaret etmektedir.RAF proteininin insan isoformlanndan biri olan B-RAF onkogenik RAS tarafından aktive edilerek hücrelerin büyüme faktörlerine yanıt vermesinde işlev görür.. B-Raf mutasyonlan birçok kanser türünde gösterilmiştir. RAS mutasyonları insan hepatokarsinogenezinde sık görülen bir olay olmasa da HCC örneklerinde az sayıda rapor edilmiştir. Bu nedenle onkogenik MAP kinaz yolağının aktivasy onunun B-RAF gibi başka bir bileşeni tarafından aktive edilmesi olasıdır. B-Raf mutasyonları HCC hücre hatları ve tümörlerinde araştırılmıştır ve aktive edici B-Raf mutasyonlan HCC'lerin %3'ünde (2/72) tanımlanmıştır. Bu bulgular B-Raf geninin, dolayısıyla bu yolağın hepatokarsinogenezde rol alabileceğini ancak ne B-Raf ne de ras geninin hepatokarsinogenezde rol oynayan başlıca genler olmadığını göstermektedir. Bu nedenle MAP kinaz yolağının diğer üyelerinin HCC 'deki mutasyonları değerlendirilmelidir. vı
Özet (Çeviri)
ABSTRACT IDENTIFICATION OF GENES INVOLVED IN HEPATOCELLULAR CARCINOMA; EVALUATION OF hCdc4 and B-Raf GENES Banu SÜRÜCÜ M.S. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Assist. Prof. Dr. Cengiz YAKICIER September 2003, 56 pages Hepatocellular carcinoma (HCC), the major type of primary liver cancer, is one of the most common cancers worldwide. Development and progression of HCC occur as a multistep process, requiring the activation of oncogenes and the inactivation of several tumor suppressor genes. Although, inactivation of tumor suppressor genes, including p53, Axin and activation of oncogene (3-catenin, have been shown to be involved in HCC development, the molecular mechanism of hepatocarcinogenesis is still unclear. The identification of additional genes that are involved in hepatocarcinogenesis is, not only, an important task to understand this process, but also for development of novel strategies for prevention or therapy. The aim of this study was to elucidate a possible function of hCdc4 and B-Raf genes in HCCs. A gene or genes on chromosome 4q have been implicated in hepatocarcinogenesis by the observation of frequent deletions of this region in HCCs. More recently, hCdc4, a gene in this region has been proposed as a candidate tumor suppressor gene. hCdc4 is an F-box protein which is shown to be involved in ubiquitination of cyclin E, thus targeting it for destruction. Cyclin E overexpression, is reported to be a frequent event in different cancers including HCC suggesting a problem in its destruction. 15 HCC cell lines were analysed for expression and mutation of hCdc4 gene by RT-PCR and direct sequencing of PCR products. No abnormal transcript and mutation observed in HCC cell lines tested. Our findings suggest that alteration of this gene is not a frequent event in hepatocarcinogenesis. inB-Raf, which is one of the human isoforms of RAF, is activated by oncogenic Ras (leading to cooperative effects in cells responding to growth factor signals). B-Raf mutations are found in a wide range of cancers. Eventhough, mutational activation of Ras is not a frequent event in human hepatocarcinogenesis, few Ras mutations were reported in HCC cases. Thus activation of oncogenic MAP kinase pathway by another component of this pathway such as BRAF is worth to analyze. HCC cell lines and tumours were searched for B-Raf mutations. Activating BRAF missense mutations were identified in 2/72 HCCs (3%). Our results suggest that B-Raf may be occasionally involved in hepatocarcinogenesis. Thus MAP kinase pathway might be involved in hepatocarcinogenesis but neither B-Raf nor Ras are the major players of this pathway in this event. For this reason, other members of this pathway should be evaluated for mutations in HCC.
Benzer Tezler
- Sialik asit biyosentezinde rol oynayan NANS ve CMAS genlerinin sialiltransferaz gen ailesi ile ilişkisinin karaciğer hepatoselüler karsinom primer tümör örneklerinde biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of the relationship between NANS / CMAS genes involved in sialic acid biosynthesis and the sialyltransferase gene family in liver hepatocellular carcinoma primary tumor samples by bioinformatic tools
FATMA SELEN AKAR
- Identification of cellular stress related biomolecules for eventual use in targeted therapies of hepatocellular carcinoma
Hepatosellüler karsinom hedefli tedavilerinde kullanılmak üzere hücresel stres kaynaklı biyomoleküllerin belirlenmesi
DAMLA GÖZEN
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiTıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
PROF. DR. RENGÜL ATALAY
- Defining novel cancer genes, SAGE tags and co-regulated regions of the human genome evolving from the search and identification of novel Wnt/TCF/beta-catenin targets
Wnt/TCF/beta-catenin yolağında hedef taramalarından başlayarak yeni kanser genlerinin ve insan genomu üzerinde birlikte hareket eden bölgelerin tanımlanması
ERŞEN KAVAK
Doktora
İngilizce
2009
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AHMET KOMAN
- Rhodobacter capsulatus bakterisinde Sitokrom C oksidaz biyogenesiz'inde rol alan genlerin belirlenmesi ve fonksiyonlarının tanımlanması
Identification of genes involved in biogenesis of Cytochrome C oxidase from rhodobacter capsulatus and determination of their functions
SEMRA AYGÜN SUNAR
Doktora
Türkçe
2006
BiyokimyaUludağ ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVNUR MANDACI
PROF. DR. RAHMİ BİLALOĞLU
- Trogoderma granarium'da (Coleoptera: Dermestidae) glukoneogenez ve glikoliz yolaklarında görev alan genlerin tanımlanması ve diyapoz süreçlerindeki gen ifade düzeylerinin belirlenmesi
Identification of genes involved in gluconeogenesis and glycolysis pathways in Trogoderma granarium (Coleoptera: Dermestidae) and determination of gene expression levels during diapause processes
EMİNE KOÇAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI DAĞERİ