Geri Dön

Methods for signaling pathway analysis using microarray data

Sinyal iletim yolaklarının mikrodizi verisine dayalı analizi

  1. Tez No: 139295
  2. Yazar: ÖZGÜN BABUR
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Biyo-enformatik, sinyal iletim yolakları, mikrodizi veri çözümlemesi, yolak etkinlik tahmini, Bioinformatics, signal transduction pathways, high throughput tech niques, microarray data analysis, pathway activity inference
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

ÖZET SİNYAL İLETİM YOLAKLARININ MİKRODİZİ VERİSİNE DAYALI ÇÖZÜMLEME YÖNTEMLERİ Özgün Babur Bilgisayar Mühendisliği, Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Uğur Doğrusöz Eylül, 2003 Mikrodizi, bilim adamlarına ilk kez hücre çapında gen ifadesi verisi sağlayan, yüksek üretimli bir moleküler biyoloji tekniğidir. Mikrodizi deneyleri ile veri üretilmesi görece kolay olmasına rağmen bu verilerin düzeltilmesi ve çözümlenmesi oldukça güçtür. Görünen odur ki, bu verilerin çözümlenmesi ancak sistem tabanlı bir yaklaşımla olasıdır. Bu tezde bilinen sinyal ileti yolakları için bir mikrodizi veri çözümleme yöntemi önerilmektedir. Sinyal yolakları hücrenin metabolizma, bölünme, apoptoz gibi işleyiş ve davranışlarını yöneten düzeneklerdir. Bir sinyal olayının etkinliği düzenekte yer alan moleküllerin derişimleri ile belirlenir. Bu moleküllerden bir kısmı ise mRNA lardır. Mikrodizi deneyi işte bu mRNA ların derişimlerinin, kontrol ile test arasında ne kadar farklılık gösterdiğini ölçer. Eğer değişiklik istatistiksel olarak belirgin ise, bu moleküllerin etkinliğinin değiştiği söylenebilir. Ancak mikrodizi verisi deneysel hatalardan dolayı tüm RNA ların temsil edildiğini garantileyemez. Daha da önemlisi, sonuçların güvenilirliği alışıldık moleküler biyoloji tekniklerine göre düşüktür. Son olarak mikrodizi deneyleri bize proteinlerin hallerini ve etkinliklerini doğrudan söyleyemez. Temsil edilmeyen ya da belirgin olmayan moleküllerin hal ve etkinliklerinin tahmin edilmesini sağlayan yeni bir çözümleme yöntemi geliştirilmiş ve PATİKA isimli tümleşik yolak ortamına uygulanmıştır. Bu sistem ayrıca tahmin edilen yeni bilginin kul lanılmasına yönelik sorgu ve görselleme araçları da içermektedir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT METHODS FOR SIGNALING PATHWAY ANALYSIS USING MICROARRAY DATA Özgün Babur M.S.in Computer Engineering Supervisor: Assist. Prof. Dr. Uğur Doğrusöz September, 2003 Microaxray is a new high throughput molecular biology technique which pro vided scientists with cell scale expression data for the first time. Although col lecting microaxray data is relatively easy, filtering, normalizing and analyzing its results are notoriously difficult. It is becoming clear that in order to able to analyze such data we need a system-oriented methodology. In this thesis a new analysis method for known signal transduction pathways in the cell using microarray data is proposed. Signaling pathways are the mechanisms that control cellular machinery and behavior such as metabolic events or decisions about the cell fate. The activity of a signaling event is determined by the concentration of actor molecules. Mi croarray data give the concentration fold change of RNA of genes between the control state and the experimented state of the cell line. In the case of signaling proteins, this significant fold change data can be converted to the status data (i.e., being effectively present or absent). However microarray data only partially signify the levels of RNA in the cell; not all genes are guaranteed to be represented. Also the precision and fidelity of expression data is quite low, thus even for represented genes, changes might not be statistically significant enough to understand the status of the genes. Moreover signaling paths contain non-RNA actors with a greater ratio and these are not represented on the microarray data. So it provides relatively less amount of useful data compared to the size of the array. Finally microarray data only implicitly indicates which protein states are active or inactive. In this thesis a new approach (and algorithm) for inferring possible temporal iiiIV status of non-represented or non-significant signaling molecules is proposed. This new analysis method is implemented as part of a microarray data analysis com ponent within PATİKA (Pathway Analysis Tool for Integration and Knowledge Acquisition), which is a software environment for pathway storage, integration and analysis. This component also includes facilities that help users make use of the new inferred data by operations such as highlighting upstream, downstream, up-regulation and down-regulation relations between entities.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    180609

    In vivo and in vitro analyses of mrna expression of robo2 in zebrafish in the context of pi3k/akt/tor pathway

    Zebrabalığında robo2'nin pi3k/akt/tor yoluyla ilişkili olarak ın vıvo ve ın vıtro ıfade analizi

    ERTUĞRUL DALKIÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU

  2. Tez No

    905285

    INSR/IGF1R hibrit reseptörünü inhibe edecek ilaçların moleküler dinamik simülasyon yöntemiyle incelenmesi

    Assessment of drugs that inhibit INSR/IGF1R hybrid receptors via molecular dynamic simulations

    FATMA TOSUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALPER YILMAZ

  3. Tez No

    242619

    Oküler yüzey epitelinde bulunan prekursör hücrelerde ifade bulan genler

    The Genes of the Precursor Cells for the Ocular Epithelia

    M. A. MURAT AKINCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HATİCE ILGIN RUHİ

    PROF. DR. J. MARİO WOLOSIN

  4. Tez No

    737560

    Comparative whole genome sequencing and bioinformatic analysis of afreeze-thaw stress-resistant, industrial Saccharomyces cerevisiae strain

    Donma-erime stresine dirençli bir endüstriyel Saccharomyces cerevisiae suşunun karşılaştırmalı tüm genom dizileme ve biyoinformatik analizi

    BURCU TUĞBA ŞİMŞEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  5. Tez No

    397770

    Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi

    Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods

    MURAT KEMAL AVCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN KARATAŞ

Geri Dön