INSR/IGF1R hibrit reseptörünü inhibe edecek ilaçların moleküler dinamik simülasyon yöntemiyle incelenmesi
Assessment of drugs that inhibit INSR/IGF1R hybrid receptors via molecular dynamic simulations
- Tez No: 905285
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALPER YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Kanser ve hipertansiyon, dünya genelinde yüksek morbidite ve mortalite oranlarına sahip iki yaygın ve ciddi hastalıktır. Her iki hastalığın da karmaşık patofizyolojik mekanizmaları bulunmaktadır. Son yıllarda, biyoinformatik ve sistem biyolojisi yaklaşımları kullanılarak bu hastalıkların moleküler yolakları daha derinlemesine incelenmektedir. Kanser ve hipertansiyonun ortak yolaklarının belirlenmesi, bu hastalıklar arasındaki moleküler bağlantıların anlaşılmasına ve potansiyel tedavi hedeflerinin ortaya çıkarılmasına yardımcı olabilir. Bu çalışmanın amacı, kanser ve hipertansiyon ile ilişkili gen ve proteinlerin ağ analizlerini gerçekleştirerek, her iki hastalığın patogenezinde rol oynayan ortak yolakları ve bu yolaklardaki önemli dügümleri (hub) belirlemektir. Kanser ve hipertansiyon hastalıklarının ilerleyişinde benzer semptomlar görülmesi, iki hastalıgın yolaklarında da benzer mekanizma olabileceği bilgisinin literatürde yer alması dikkat çeken bir durum olarak nitelendirilebilir. p53 sinyal yolu ve Wnt Pathway'lerin kanser mekanizmalarında sorumlu oldugu bilinmektedir. Bazı çalışmalar kanser ve hipertansiyonun moleküler mekanizmasının anlaşılması için p53 sinyal yolu ve Wnt Pathway'lerin aktivitesinin anlaşılması gerektigini vurgulamaktadır. Bazı KEGG analizlerine göre kanser sinyal yolları PAH'ın kanser benzeri patobiyoloji gösterdigini bildirmektedir. P53 aktivitesindeki değişimin bazı kanser türlerinde damarlarda malformasyon yaratarak vasküler dilatasyon fonksiyon bozukluğuna, hipertansiyona sebebiyet verdiğinin altıda çizilmektedir. Bu durum iki hastalıgın ortak moleküler mekanizmasına dair hipotezlerinin oluşmasına imkan tanımaktadır. Bu sebeplerle çalışmanın amacı kanser ve hipertansiyonun ortak metabolik yolunu in silico yöntemlerle saptayabilmektir. Çalışma sonucunda kanser ve hipertansiyon arasındaki ortak genlerin, sinyal yolaklarının, metabolitlerin ve metabolik yolakların keşfi beklenmektedir. Yüksek verimli mikrodizi ve dizileme teknolojisinin gelişmesiyle birlikte biyoinformatik analiz hastalıkların etiyolojisinin araştırılmasına yardımcı olurken gen mikroarray teknolojisi hipertansiyon ve kanserin patogenezini keşfetmeye imkan sağlıyor. Bu çalışmada kullanılan veri setleri çevrimiçi PDB veritabanında mevcut olmakla beraber kanser ve hipertansiyonla ilişkilidir. Sonuç olarak, veri setleri tezin amacı dogrultusunda -metabolik yolakların ortak noktalarını ortaya çıkaracak şekilde- seçilmiştir. Ayrıca tercih edilen kanser alt tipleri güncel literatürde hipertansiyonun çalışıldığı in silico yöntemli makalelere bakılarak tercih edilmiştir. Bu hedefe ulaştıktan sonra amaç kısmında bahsedilen keşifleri sağlayacak basamak moleküler simülasyon analizi kullanılarak tahmin edilmesidir. Bu analizlerle hipertansiyon tipleri ve kanser alt tipleri arasındaki ortak yolağın ve sinyal yollarının yorumlanması ise son basamaktır. Sonuç olarak bu çalışma, kanser ve hipertansiyon komorbiditesi için genetik etiyoloji, biyolojik işlev haritaları, ortak biyobelirteçleri, ortak terapötik hedefleri ve kombinasyon tedavi stratejileri keşfedilmesine zemin hazırlayabilir. Bununla beraber ağ analizleriyle belirlenen önemli düğümlerin ve ortak yolakların deneysel çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir. Ayrıca protein ve metabolitler, endofenotipi temsil eden yapılar olması sebebiyle bu analizleri yapmak önemlidir. Bu analizler yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesine de katkı saglayabilir.
Özet (Çeviri)
Cancer and hypertension are two common and serious diseases with high morbidity and mortality rates worldwide. Both diseases have complex pathophysiological mechanisms. In recent years, the molecular pathways of these diseases have been examined in more depth using bioinformatics and systems biology approaches. Determining the common pathways of cancer and hypertension may help understand the molecular connections between these diseases and reveal potential treatment targets. The aim of this study is to determine the common pathways that play a role in the pathogenesis of both diseases and the important nodes (hubs) in these pathways by performing network analyses of genes and proteins associated with cancer and hypertension. The fact that similar symptoms are observed in the progression of cancer and hypertension and that there may be similar mechanisms in the pathways of both diseases can be considered as a remarkable situation in the literature. It is known that the p53 signaling pathway and Wnt Pathways are responsible for cancer mechanisms. Some studies emphasize that the activity of the p53 signaling pathway and Wnt Pathways should be understood in order to understand the molecular mechanism of cancer and hypertension. According to some KEGG analyses, cancer signaling pathways report that PAH exhibits cancer-like pathobiology. It xv is underlined that changes in p53 activity cause malformation in the vessels in some types of cancer, leading to vascular dilatation dysfunction and hypertension. This situation allows the formation of hypotheses regarding the common molecular mechanism of the two diseases. For these reasons, the aim of the study is to determine the common metabolic pathway of cancer and hypertension with in silico methods. As a result of the study, it is expected that common genes, signaling pathways, metabolites and metabolic pathways between cancer and hypertension will be discovered. With the development of high-throughput microarray and sequencing technology, bioinformatic analysis helps us to investigate the etiology of diseases, while gene microarray technology allows us to discover the pathogenesis of hypertension and cancer. The data sets used in this study are available in the online PDB database and are associated with cancer and hypertension. As a result, the data sets were selected in line with the purpose of the thesis - to reveal the common points of metabolic pathways. In addition, the preferred cancer subtypes were selected by looking at the in silico method articles in the current literature where hypertension was studied. After reaching this goal, the step that will provide the discoveries mentioned in the purpose section is to predict using molecular simulation analysis. The final step is to interpret the common pathway and signaling pathways between hypertension types and cancer subtypes with these analyses. As a result, this study may pave the way for the discovery of genetic etiology, biological function maps, common biomarkers, common therapeutic targets and combination treatment strategies for cancer and hypertension comorbidity. However, the important nodes and common pathways determined by network analyses need to be confirmed with experimental studies. In addition, it is important to perform these analyses because proteins and metabolites are structures that represent the endophenotype. These analyses may also contribute to the identification of new drug targets.
Benzer Tezler
- Gender differences in the gene expression profile of adipose tissue in an insulin resistant mouse model (irs2-/-)
Başlık çevirisi yok
DEMET INCİ
- Dockıng tabanlı ters sanal tarama ve moleküler dinamik simülasyon ile karvakrol'un potansiyel anti-diyabetik özelliğinin insan hedef proteinlerine etkisinin araştırılması
Investigation of the efficacy of the potential antidiabetic properties of carvacrol on human target proteins by docking-based inverse virtual screening and molecular dynamic simulation
NAİL BEŞLİ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKAN KILIÇ
- Deneysel Alzheimer modelinde insensol asetatın insülin sinyal yolağı üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of incensole acetate on insulin signaling pathway in the experimental Alzheimer's model
RABİA KALKAN ÇAKMAK
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKAN KILIÇ
- Kinoanın (chenopodium quinoa willd.) kafeterya diyetiyle beslenen ratlarda glikoz homeostazına etkisi
The effect of quinoa (chenopodium quinoa willd.) on glucose homeostasis in rats fed A cafeteria diet
HATİCE ÖZÇALIŞKAN İLKAY
Doktora
Türkçe
2020
Beslenme ve DiyetetikHacettepe ÜniversitesiDiyetetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI AKYOL MUTLU
- Döndürerek kaplama yöntemi ile Sr, Gd, Co, Zr ve Mn elementleri katkılanmış BaTiO3 filmlerin dielektrik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of dielectric properties of BaTiO3 films doped with Sr, Gd, Co, Zr and Mn elements with spin coating method
PINAR ÇÖLKESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Metalurji MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL MUTLU
