Geri Dön

Cloning of the terminal oxidase from purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum

Mor kükürt bakterisi Allochramatium vinosum'un terminal oksidazının klonlanması

  1. Tez No: 142989
  2. Yazar: TUTKU AYKANAT
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BENAN DİNÇTÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Allochromaüum vinosum (A. vinosum), hidrojen sülfür, elementer kükürt ve tiyosülfat gibi indirgenmiş kükürt bileşiklerini okside eden fotosentetik bir mor kükürt bakterisidir. A. vinosum oksijeni son elektron alıcısı olarak kullanarak mikroaerobik koşullarda da çoğalabilmektedir. Ancak, A. vinosum 'un terminal oksidaz geni şimdiye kadar tanımlanmamıştır. Bu çalışmada A. vinosum' un 1.5 kb büyüklüğünde, bir terminal oksidazı kodlayan geni klonlanmıştır. Genomda ardarda sıralandıkları belirlenen cydA ve cydB genlerinin kısmi nükleotid dizileri gösterilmiştir. Dizi birçok prokaryotun bd tipi oksidazma {ey d operonu) protein düzeyinde yüksek homoloji göstermektedir. cydA'nm kodladığı protein dizisi, Escherichia coli cydA proteinine %68, Azotobacter vinelandii cydA proteinine %65,cydB'nm kodladığı protein dizisi, Escherichia coli cydB proteinine %71, Azotobacter vinelandii cydB proteinine %66 özdeşlik göstermektedir. Hidropati eğrileri ve hem ligandlannm varlığının belirlenmesi, dizinin bd oxidaz olduğuna dair önemli kanıtlar sunmuştur. bd tip kinol oksidaz'm, nitrogenaz enzimini inhibe eden oksijene karşı koruyucu rolü ele alındığında, diazototrofik bir mikroaerob olan A. vinosum'âa bulunması olasıdır.

Özet (Çeviri)

Allochromatium vinosum (A. vinosum) is a photosynthetic purple sulfur bacterium which oxidizes reduced sulfur compounds hydrogen sulfide, elemental sulfur and thiosulfide. In the presence of low oxygen concentrations, A. vinosum can grow chemotrophically using oxygen as the terminal electron acceptor. No terminal oxidase gene of A. vinosum has been shown until now. In this study, 1.5 kb of a terminal oxidase coding region from A. vinosum is identified. The sequence shows high homology to cytochrome bd oxidases (cyd operon) from several other prokaryotes. We show the partial sequences for two contiguous open reading frames coding for cydA and cydB, respectively. The deduced amino acid sequence shows 68% identity to Escherichia coli and 65% identity to Azotobacter vinelandii cydA gene, while the second reading frame is 71% identical to the former and 66% to the latter one. Hydropathy plots and the conservation of the ligands for heme binding show further evidence that these open reading frames are coding for the two subunits of bd oxidase. Considering the role of bd type of quinol oxidases in the protection against the inhibitory effects of oxygen on nitrogenases, such an oxidase is a good candidate for the diazotroph microaerobic A. vinosum.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    719026

    Functional characterization of alternative oxidase genes from Digitalis ferruginea and investigation of their association with secondary metabolite production

    Digitalis ferruginea bitkiside alternatif oksidaz genlerinin fonksiyonel karakterizasyonun yapılması ve sekonder metabolit üretimi ile ilişkisinin incelenmes

    ÖZGE KAYA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EKREM GÜREL

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ

  2. Tez No

    337892

    Yüksek bor toleransı gösteren bacıllus ve staphylococcus cinsine ait bazı izolatların genomlarının fragmentize edilerek kısmi klonlanması ve bor direnci ile ilgili genlerin araştırılması

    Fragmentizaton and partial cloning of genomes of highly boron tolerant bacillus and staphylococcus isolates and investigation of boron tolerance genes

    MERVE SEZER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

  3. Tez No

    170895

    Cloning, expression and purification of the recombinant DNA polymerase I from the hyperthermophilic bacteria Geobacillus anatolicus

    Hipertermofilik Geobacillus anatolicus bakterilerinde rekombinant DNA polimeraz I'in klonlanması, ekspresyonu ve saflaştırılması

    MELİKE ÇAĞLAYAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Tıbbi BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. NEŞE BİLGİN

  4. Tez No

    862974

    Functional characterization of Snurportin-1 C-terminal domain in the context of a novel muscular dystrophy

    Yeni bir musküler distrofi bağlamında Snurportin-1 C-terminal bölgesinin işlevsel karakterizasyonu

    BURAK SARIBAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Moleküler TıpKoç Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NATHALIE SONIA ESCANDE BEILLARD

  5. Tez No

    531406

    Kemikli balıklarda RNA'ya bağlanan LARP6 proteinlerinin n-terminal alanının karakterizasyonu

    Characterization of the n-terminal domain of the RNA-binding LARP6 proteins from teleost fish

    HATİCE KÜLKÖYLÜOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARİF GÖNÜLOL

    YRD. DOÇ. DR. KAREN ADELL LEWIS

Geri Dön