Cloning of the terminal oxidase from purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum
Mor kükürt bakterisi Allochramatium vinosum'un terminal oksidazının klonlanması
- Tez No: 142989
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BENAN DİNÇTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Allochromaüum vinosum (A. vinosum), hidrojen sülfür, elementer kükürt ve tiyosülfat gibi indirgenmiş kükürt bileşiklerini okside eden fotosentetik bir mor kükürt bakterisidir. A. vinosum oksijeni son elektron alıcısı olarak kullanarak mikroaerobik koşullarda da çoğalabilmektedir. Ancak, A. vinosum 'un terminal oksidaz geni şimdiye kadar tanımlanmamıştır. Bu çalışmada A. vinosum' un 1.5 kb büyüklüğünde, bir terminal oksidazı kodlayan geni klonlanmıştır. Genomda ardarda sıralandıkları belirlenen cydA ve cydB genlerinin kısmi nükleotid dizileri gösterilmiştir. Dizi birçok prokaryotun bd tipi oksidazma {ey d operonu) protein düzeyinde yüksek homoloji göstermektedir. cydA'nm kodladığı protein dizisi, Escherichia coli cydA proteinine %68, Azotobacter vinelandii cydA proteinine %65,cydB'nm kodladığı protein dizisi, Escherichia coli cydB proteinine %71, Azotobacter vinelandii cydB proteinine %66 özdeşlik göstermektedir. Hidropati eğrileri ve hem ligandlannm varlığının belirlenmesi, dizinin bd oxidaz olduğuna dair önemli kanıtlar sunmuştur. bd tip kinol oksidaz'm, nitrogenaz enzimini inhibe eden oksijene karşı koruyucu rolü ele alındığında, diazototrofik bir mikroaerob olan A. vinosum'âa bulunması olasıdır.
Özet (Çeviri)
Allochromatium vinosum (A. vinosum) is a photosynthetic purple sulfur bacterium which oxidizes reduced sulfur compounds hydrogen sulfide, elemental sulfur and thiosulfide. In the presence of low oxygen concentrations, A. vinosum can grow chemotrophically using oxygen as the terminal electron acceptor. No terminal oxidase gene of A. vinosum has been shown until now. In this study, 1.5 kb of a terminal oxidase coding region from A. vinosum is identified. The sequence shows high homology to cytochrome bd oxidases (cyd operon) from several other prokaryotes. We show the partial sequences for two contiguous open reading frames coding for cydA and cydB, respectively. The deduced amino acid sequence shows 68% identity to Escherichia coli and 65% identity to Azotobacter vinelandii cydA gene, while the second reading frame is 71% identical to the former and 66% to the latter one. Hydropathy plots and the conservation of the ligands for heme binding show further evidence that these open reading frames are coding for the two subunits of bd oxidase. Considering the role of bd type of quinol oxidases in the protection against the inhibitory effects of oxygen on nitrogenases, such an oxidase is a good candidate for the diazotroph microaerobic A. vinosum.
Benzer Tezler
- Functional characterization of alternative oxidase genes from Digitalis ferruginea and investigation of their association with secondary metabolite production
Digitalis ferruginea bitkiside alternatif oksidaz genlerinin fonksiyonel karakterizasyonun yapılması ve sekonder metabolit üretimi ile ilişkisinin incelenmes
ÖZGE KAYA
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM GÜREL
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- Yüksek bor toleransı gösteren bacıllus ve staphylococcus cinsine ait bazı izolatların genomlarının fragmentize edilerek kısmi klonlanması ve bor direnci ile ilgili genlerin araştırılması
Fragmentizaton and partial cloning of genomes of highly boron tolerant bacillus and staphylococcus isolates and investigation of boron tolerance genes
MERVE SEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL
- Difteri toksininin klonlanması ve toksinin endozomal süreçte aktinle ilişkisi
Cloning of diphtheria toxin and relationship between toxin and actin in endosomal process
EBRU HACIOSMANOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Biyofizikİstanbul ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET BEKTAŞ
- Sıçan elongasyon faktörü 2 (EF-2) geninin klonlanması ve E. coli'de ekspresyonu
Cloning of rat elongation factor 2 (EF-2) gene and its expression in E. coli
DİĞDEM AKTOPRAKLIGİL
- Expression and purification of the hepatitis c virus core protein in e.coli and testing of human sera with this core antigen
Hepatit C virüsü core proteininin e.colide expresyonu ve saflaştırması ve insan serumunun bu antigan ile test edilmesi
ÇAĞLA EROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ERGÜN PINARBAŞI