Cloning, expression and purification of the recombinant DNA polymerase I from the hyperthermophilic bacteria Geobacillus anatolicus
Hipertermofilik Geobacillus anatolicus bakterilerinde rekombinant DNA polimeraz I'in klonlanması, ekspresyonu ve saflaştırılması
- Tez No: 170895
- Danışmanlar: PROF. NEŞE BİLGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
VI ÖZET HIPERTERMOFILIK GEOBACILLUS ANATOLICUS BAKTERİLERİNDE REKOMBİNANT DNA POLİMERAZ I'İN KLONLANMASI, EKSPRESYONU ve SAFLAŞTIRILMASI Kısa süre önce tanımlanmış olan Geobacillus ailesine ait, bir hidrotermal kaynak çıkışından elde edilen Geobacillus anatolicus türü bakterinin DNA polimeraz I geni klonlanmış ve Escherichia coli içinde sentezlenmiştir. DNA polimeraz I geni, Geobacillus anatolicus ile yakınlığı olan organizmaların DNA polimeraz I genlerinin evrimsel süreçte korunmuş bölgeleri kullanılarak bu geni polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltabilecek oligonükleotit primerler oluşturuldu. Bu primerler kullanılarak PZR ile çoğaltılan DNA polimeraz I geninin nükleotit dizisi belirlendi. Geobacillus anatolicus DNA polimeraz I geninin 2637 bazdan oluşan uzun bir açık okunma çerçevesi olduğu ve 878 amino asit kodladığı saptandı. Bilinen diğer DNA polimeraz I genleri ile yapılan benzerlik analizi Geobacillus anatolicus DNA polimeraz I geninin bir 3 '-5' ekzonükleaz aktivitesine sahip olamıyacağım sezindirdi. DNA polimeraz I enzimlerinin 5 '-3' ekzonükleaz aktivitesini oluşturan evrimsel olarak korunmuş bölge Geobacillus anatolicus DNA polimeraz Fin amino asit dizisi içinde de gözlendi. DNA polimeraz geni, başlangıç kodonu dışarda bırakılarak pCR-T7/NT-TOPO ekspresyon vektörü içine klonlandı ve Eschericha coli JM109(DE3) içinde sentezlendi. N terminal HİSö kuyruk bölgesi içeren rekombinant Geobacillus anatolicus DNA polimeraz I füzyon proteini elde edildi. Rekombinant protein Ni-bağlama ve jel filtrasyon kromatografisi kullanılarak saflaştınldı.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CLONING, EXPRESSION AND PURIFICATION OF THE RECOMBINANT DNA POLYMERASE I FROM THE HYPERTHERMOPHILIC BACTERIA GEOBA CILL US ANA TOLICUS The DNA polymerase I gene of a recently described Geobacillus species, Geobacillus anatolicus from a terrestrial hydrothermal vent has been cloned and expressed in Escherichia coli. Evolutionarily conserved regions of DNA polymerase I genes from related organisms were used for designing oligonucleotide primers for the amplification of the unknown DNA polymerase I gene from Geobacillus anatolicus by polymerase chain reaction (PCR) and for its DNA sequencing. Geobacillus anatolicus DNA polymerase I gene contains a long open reading frame of 2637 bases that encodes 878 amino acid residues. Similarity analyses suggested that Geobacillus anatolicus DNA polymerase I may not contain a putative 3 '-5' exonuclease activity. However, the conserved regions related to 5 '-3' exonuclease activity were observed in the amino acid sequence of Geobacillus anatolicus DNA polymerase I. The entire DNA polymerase I gene excluding the start codon was cloned into pCR-T7/NT-TOPO expression vector and was expressed in Eschericha coli JM109(DE3) strain. The recombinant Geobacillus anatolicus DNA polymerase I fusion protein including an His6-tag at its N terminal part was obtained. The recombinant protein was purified using Ni-affinity and gel filtration chromatography.
Benzer Tezler
- Hepatit C virusunun 'core' proteinin prokaryotik hücrede ifade ettirilip saflaştırılması
The expression and purification of hepatitis C virus core protein in prokaryotic cells
ERTAN ÇAKMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. Y. HAKAN ABACIOĞLU
Y.DOÇ.DR. İ. MEHMET ALİ ÖKTEM
- Thermus aquaticus DNA polimeraz ı enziminin rekombinant DNA teknolojisi ile üretilmesi, saflaştırılması ve analizi
Purification and analysis of thermus aquaticus DNA polymerase i produced by recombinant DNA technologies
BURAK EKEN
- Cloning, heterologous expression and purification of PHI 29 DNA polymerase variants
PHI 29 DNA polimeraz türevlerinin klonlanması, heterolog ekspresyonu ve saflaştırılması
FATMA ARAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN DEVECİ AKSOY
- Expression, purification and characterization of high-fidelity DNA polymerase
Yüksek-duyarlı DNA polimeraz enziminin üretilmesi, saflaştırılması ve karakterizasyonu
KÜBRA TÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Vasküler endotel büyüme faktörü (VEGF)'nün rekombinant olarak üretilmesi, saflaştırılması ve biyolojik özelliklerinin araştırılması
Production of recombinant VEGF (vascular endothelial growth factor), purification and investigation of biological proporties
HÜLYA KUDUĞ
Doktora
Türkçe
2017
BiyomühendislikGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSA GÖKÇE