Identification of the genes involved in 'Phyotsiderophore' synthesis and metal ion uptake in wheat using RT-PCR
Buğdayda 'Fitosiderofor' sentezinde ve metal iyon alımında görev alan genlerin RT-PCR ile tanımlanması
- Tez No: 143396
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Wheat, phytosiderophores, iron deficiency, zinc deficiency, RT-PCR, SAM-synthetase, IDI-1
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Tarımsal alanların çoğunda topraklar, çinko ve demir elementlerinin düşük çözünürlüğü ve ulaşılabilirliği ile sonuçlanan yüksek pH'a sahiptir. Bu tip topraklarda yetişen bitkiler çinko ve demir eksikliği ile karşılaşırlar. Bu tip topraklarda normal gelişimlerine devam edebilen dayanıklı bitkilerin toprakta düşük çözünürlükte bulunan demiri alabilmek için çeşitli stratejiler geliştirdikleri tespit edilmiştir. Demir eksikliğine dayanıklı monokotlar, demir stresine cevap olarak topraktaki düşük çözünürlüklü demiri bağlayan mugineik asit ailesine bağlı fîtosideroforlan salgılarlar. Bir çok araştırıcı fitosidoroforlann graminelerin çinko beslenmesinde ve çinko eksikliğine dayanıklılık mekanizmasında da rol oynadıklarını öne sürmüşler. Fitosiderofor sentezinde rol aldığı düşünülen veya demir eksikliği sırasında uyarılan bir çok gen bazı organizmada gösterilmiş ancak henüz bu genler buğdayda araştırılmamıştır. Bu çalışmada, dayanıklı bir arpa kültüvan olan Tokak-157, dayanıklı buğday kültüvan Kıraç-66 ve daha az dayanıklı bir buğday kültüvan olan BDMM-19 bitkileri normal büyüme koşullannda 1 hafta yetiştirildikten sonra çinko içermeyen, demir içermeyen ve hem çinko hem de demir içermeyen olmak üzere 3 farklı solüsyona aktanlıp yetiştirilmeye devam edilmiştir. 1 hafta sonunda hem çinko hemde demir yönünden eksik ortamda yetiştirilen bitkiler tekrar normal büyüme koşullanna transfer edilmiştir. Daha önce buğday dışındaki diğer bitkilerde fitosiderofor sentezinde rol aldığı bulunmuş genlerin ortak ve korunmuş bölgeleri için dejenere primerler dizayn edilmiş ve bu primerler kullanılarak RT-PCR (ters transkriptaz zincir reaksiyonu) yapılmıştır. Sonuçta; buğday IDI-1 geni ve buğday SAM-synthetase gen fragmanı bulunmuştur. Anahtar kelimeler : Buğday, fitosidorofor, demir eksikliği, çinko eksikliği, ters transkriptaz zincir reaksiyonu, SAM-synthetase, IDI-1
Özet (Çeviri)
Soils in many agricultural areas have high pH, resulting in low availability of zinc and iron. Plants grown on such soils suffer from either Zn or Fe deficiency or both. The efficient plant genotypes grown normally in calcerous soils were found to evolve some strategies to acquire the iron which is in insoluble form. Iron efficient graminaceous monocots release iron chelating substances, mugineic acid family p hytosiderophores (MAs), in response to iron deficiency stress. Several researchers have suggested that phytosiderophores also can play role in grass Zn nutrition and thus it may be possible that it is the uptake mechanism for Zn efficiency. Several possible genes that take role in phytosiderophore synthesis or found to be induced under iron deficient conditions were identified in several organisms but not on wheat. In this study, the efficient barley cultivar Tokak-157, efficient wheat cultivar Kıraç -66 and relatively less efficient wheat cultivar BDMM-19 were grown in normal growth conditions for 1 week and transfered to zinc deficient, iron deficient and both zinc and iron deficient nutrient solutions. After growing 1 week on these conditions, plants grown on both zinc and iron deficient nutrient solutions were retransfered to zinc and iron sufficient conditions. Degenerate primers were designed for the conserved regions of previously identified genes that take role in phytosiderophore synthesis or induced under iron deficient conditions and RT-PCRs were performed. The complete open reading frame of IDI-l(Iron deficiency induced-1) gene and the putative gene fragment for SAM-s (S-adenosylmethionine synthetase) were identified.
Benzer Tezler
- Identification of novel genes involved in the etiology of benign neonatal/infantile epilepsy syndromes and genetic epilepsy with febrile seizures plus (GEFS+)
Selim yenidoğan/bebeklik epilepsi sendromları ve ateşli nöbetli genetik epilepsi etiyolojisinde yer alan yeni genlerin belirlenmesi
SUNAY USLUER
Doktora
İngilizce
2015
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Trogoderma granarium'da (Coleoptera: Dermestidae) glukoneogenez ve glikoliz yolaklarında görev alan genlerin tanımlanması ve diyapoz süreçlerindeki gen ifade düzeylerinin belirlenmesi
Identification of genes involved in gluconeogenesis and glycolysis pathways in Trogoderma granarium (Coleoptera: Dermestidae) and determination of gene expression levels during diapause processes
EMİNE KOÇAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI DAĞERİ
- Determination of genes involved in yellow rust disease of wheat
Buğday sarı pas hastalığında rol alan genlerin saptanması
OSMAN BOZKURT
Doktora
İngilizce
2007
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Sialik asit biyosentezinde rol oynayan NANS ve CMAS genlerinin sialiltransferaz gen ailesi ile ilişkisinin karaciğer hepatoselüler karsinom primer tümör örneklerinde biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of the relationship between NANS / CMAS genes involved in sialic acid biosynthesis and the sialyltransferase gene family in liver hepatocellular carcinoma primary tumor samples by bioinformatic tools
FATMA SELEN AKAR
- Çevreyi korumak ve bakterileri biyoremediasyon olarak çalışmaya adapte etmek için polietilen tereftalatı parçalayabilen ruminantlardaki bakterilerin izolasyonu ve tanımlanması
Isolation and identification of bacteria in ruminants that can degrade polyethylene terephthalate to protect the environment and adapt bacteria to work as bioremediation
RAWAA MOHAMMED HASAN WITWIT
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZCAN ÖZKAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASNAİAN KHALEEL IBRAHİM SHAREEF