Geri Dön

Computer sımulation of replication potential of cells via MAPK pathway

MAPK yolu vasıtası ile hücre üreme potansiyelinin bilgisayar simulasyonu

  1. Tez No: 152436
  2. Yazar: İZZET ÖNEY
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. LEVENT KURNAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Sinyal yolu, Bilgisayar simülasyonu, GEPASI, Hücre döngüsü, AP-1, Signaling Pathway, Computer simulation, GEPASI, Cell cycle, AP-1
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyo-Medikal Mühendislik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 100

Özet

MAPK YOLU İLE HÜCRE ÜREME POTENSIYELININ BİLGİSAYAR SİMULASYONU ÖZET Canlı organizmaların tanımlayıcı özelliği, genetik malzemelerini kopyalayarak üremeleridir. Bakteri gibi tek hücreli organizmalarda, organizmanın üremesi besin alımıyla yakından ilgilidir. Çok hücreli organizmalar için, tek tek hücrelerin çoğalması, organizmanın genel ihtiyaçlarıyla bütünleşmeli ve böylece bir tür koordinasyonla gerçekleşmelidir. Bu, tek tek hücrelerin davranışlarını, diğer hücrelerden çıkan sinyallerin kontrolüne maruz bırakarak elde edilir. Olası bir senaryo, hücre döngüsünün Gl fazına durgun hücrelerin transferiyle sonuçlanacak mitojenle aktive edilen protein kinaz (mitogen activated protein kinase - MAPK) vasıtasıyla haricî sinyalin alınmasıdır. Sinyal yolu, büyüme faktörünün, hücre yüzeyinde reseptöre bağlanmasıyla başlar ve hücre çekirdeğinde aktivasyon protein transkripsiyon faktörü (API) üretimiyle biter. Hücre kopyalama potansiyelini simüle etmek için biyokimyasal kinetik simülasyon yazılım paketi GEPASI 3.3 kullanılmıştır. Sinyal yolu reaksiyon basamakları açısından tanımlanmış ve bunun için hem oran denklemi hem de oran sabitleri belirtilmiştir. Yazılım paketi, türlerin konsantrasyonlarındaki değişiklikleri hesaplamak için yolun sinyallenmesi sırasında üretilen verileri kullanır. Simülasyonda sitoplazmik hacmin hücre hacmine oranı (Vc/Vn) ve ERKPP, c-fosRNA, c-junRNA ve c-jun proteinin translokasyon oranılarının AP- 1 konsantrasyonuna etkisi incelenmiştir. Bu simülasyonun sonucunda, Vc/Vn oranının yükseltilmesi, ERKPP ve c-fosRNA'nm translokasyon oranının artması AP-l'in konsantrasyonunu yükselmiştir ancak diğer taraftan c-junRNA ve c-jun proteininin translokasyon oranının AP-1 konsantrasyonu üzerinde, bu metabolitlerin AP-1 tarafından otoregülasyonu nedeniyle olumsuz etkisi olmuştur.

Özet (Çeviri)

IV COMPUTER SIMULATION OF CELL REPLICATION POTENTIAL VIA MAPK PATHWAY ABSTRACT The defining feature of living organisms is the ability to multiply its genetic material by replication. In the case of single-celled organisms such as bacterium, multiplication of the organism is closely linked to nutrient availability. For multi-celled organisms, proliferation of the individual cell must be integrated with overall needs of the organism and therefore subject to some form of coordination. This is achieved by subjecting the behaviour of individual cells to be controlled by signals emanating from other cells. One possible scenario is the down flow of the external signal through mitogen-activated protein kinase (MAPK) to result in the transfer of quiescent cells into Gl phase of the cell cycle. Signalling pathway starts with binding of growth factor to receptor at the cell surface and finishes with production of activation protein transcription factor (API) in the nucleus. To simulate cell replication potential, biochemical kinetics simulation software package GEPASI 3.3 has been used. The pathway has been defined in terms of reaction steps and for which both rate equation and rate constants are specified. The software package utilises these data to calculate the change in concentrations of species that produced during signalling pathway. The effect of rate of cytoplasmic to nuclear volume (V(/Vn), and translocation rates of ERKPP, c-fosRNA, c-junRNA and c-jun protein on simulation have been examined. The result of this simulation has demonstrated that by increasing Vc/Vn, translocation rate of ERKPP and c-fosRN A, concentration of AP- 1 has been increased, but on the other hand translocation rate of c-junRNA and c-jun protein has negative effect on AP-1 concentration because of autoregulation of these metabolites by AP-1.

Benzer Tezler

  1. Ulusal şebekeye bağlı güneş pili sistemlerinin modellenmesi ve gerçeklenmesi

    Başlık çevirisi yok

    SEZGİN PARMAKSIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. METİN GÖKAŞAN

  2. Hemodynamic characterization of heart and venous valves based on multi-phase blood flow and FSI modelling

    Çok fazlı kan akışı ve FSI modellemesine dayalı kalp ve venöz kapakçıkların hemodinamik karakterizasyonu

    REZA DARYANI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA SERDAR ÇELEBİ

  3. Hareket başlatma ve derin beyin uyarımına ilişkin bir bazal çekirdek devresi hesaplamalı modeli

    A computational model of basal ganglia for action initiation and deep brain stimulation

    MUSTAFA YASİR ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. NESLİHAN SERAP ŞENGÖR

  4. 'Yapay zeka uygulamalı askeri proje değerlendirme sistem tasarımı'

    The Design of a military project evaluation system as an application of artificial intelligence technology

    YAHYA KEMAL KIRAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM SOĞUKPINAR

  5. Control Methodologies in Hexahedral Mesh Generation

    Yapısal olmayan düzgün altıyüzlü çözüm ağları için kontrol metodolojileri

    ÖZGÜR UĞRAŞ BARAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Makine MühendisliğiVrije Universiteit Brussel

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CHARLES HIRSCH