Geri Dön

Cloning and characterization of industrially important alpha-galactosidase genes from the human pathogen aspergillus fumigatus

Alfa-galatosidaz genlerinin insan patojeni aspergillus fumigatusdan klonlaması ve karakterizasyonu

  1. Tez No: 153474
  2. Yazar: BETÜL SÖYLER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. UFUK BAKIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: a-galaktosidaz, gen klonlama, Aspergillus fumigatus, enzim biyoteknolojisi vıı, a-galactosidase, cloning, Aspergillus fumigatus, enzyme biotechnology
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 126

Özet

öz ALFA-GALAKTOSİDAZ GENLERİNİN İNSAN PATOJENİ ASPERGILLUS FUMÎGATUSDAN KLONLANMASI VE KARAKTERİZASYONU Söyler, U.Betül Yüksek Lisans, Gıda Mühendisliği Bölümü Tez Danışmanı: Prof. Dr. Zümrüt Begüm ögel Yardımcı Tez Danışmam: Prof. Dr. Ufuk Bakır Haziran 2004, 110 sayfa Bu çalışmada, Aspergillus fumigatus JML 385708 a-galaktosidaz genlerinin moleküler klonlaması gerçekleştirilmiştir. İnsan patojeni A. fumigatus, özellikle bağışıklık sistemi zayıf düşmüş hastalan etkileyen fırsatçı ve saprofit bir küf türüdür. Bu organizma sıcaklığa dayanıklı olup a-galaktosidaz erıziminin iyi bir üreticisidir. Klonlama için iki ayrı deneysel strateji izlenmiştir. Önceki çalışmalarda oluşturulmuş olan A. fumigatus cDNA kütüphanesi, üç ayrı prob ile taranmış, fakat net bir sonuç elde edilememiştir. Bununla birlikte, kullanılan DNA problannm Trichoderma reesei a-galaktosidaz genine (agll) homolog olduğu bulunmuştur. A. fumigatus genom projesi tamamlandıktan sonra, daha önceki çalışmalarda saflaştınlmış ve karakterize edilmiş bir a-galaktosidazm amino asit dizilimine homoloji gösteren bölgeler A. fumigatus genomunda araştırılmıştır. Bu bölgelere özgül primerler tasarlanarak, polimeraz zincir reaksiyon klonlama çalışmaları VIyürütülmüştür. Bu şekilde, iki farklı a-galaktosidaz geni, aglA ve aglB, özgül primerlerle çoğaltılmış, dizilim analizi gerçekleştirilmiş, pUC19 vekörüne bağlanmış ve E. coliXLl Blue MRF'de klonlanmıştır. aglB geni 1684 baz çiftinden oluşup, altı introna sahiptir. Gen, 22 amino asittik sinyal sekansma ve olası dört N-glikolizasyon bölgesine sahip, 447 amino asittik bir proteini kodlamaktadır. aglA geni 1599 baz çiftinden oluşmuş olup, intron içermemektedir. Gen, 21 amino asittik kısmı sinyal sekansı olmak üzere 532 amino asittik bir proteini kodlamaktadır ve olası dört N- glikolizasyon bölgesine sahiptir. a-Galaktosidaz genlerinin klonlanması, enzimin GRAS bir mikroorganizmada yüksek düzeyde ekspresyonunu sağlamak yönünde atılmış bir ilk adımı teşkil etmektedir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT. CLONING AND CHARACTERIZATION OF INDUSTRIALLY IMPORTANT ALPHA-GALACTOSIDASE GENES FROM THE HUMAN PATHOGEN ASPERGILLUS FUMJGATUS Söyler, U.Betiil M.S., Department of Food Engineering Supervisor: Prof. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Co-Supervisor: Prof. Dr. Ufuk Bakır June 2004, 110 pages In this study, molecular cloning studies were performed on the a- galactosidase genes of Aspergillus fumigatus Dvfl 385708. This organism is an opportunistic saprophytic fungus and a human pathogen, mainly affecting immunocompromised patients. A. fumigatus is a thermotolerant fungus and can efficiently produce thermostable a-gaJactosidase. Two different cloning strategies were undertaken in this study. A. fumigatus cDNA library, prepared previously, was screened with three different probes. No net results were obtained from these screenings. However, the DNA probes used were shown to be homologous to the a- galactosidase gene (agll) of Trichoderma reesei. After the completion of the genome project of A. fumigatus, regions with homology to a-galactosidase genes IVwere searched on the genome of A. fumigatus. PCR-based cloning studies were performed by designing specific primers for these regions. Two a-galactosidase genes, namely aglA and agIB were amplified with these specific primers, sequenced, and ligated to vector pUC19. The recombinant plasmid was then used to transform E. coli XL1 Blue MRF cells. agIB gene consists of an open reading frame of 1684 bp containing six introns. The gene encodes a protein of 447 amino acids with a signal sequence of 22 amino acids and four N-glycosylation sites. aglA gene has an open reading frame of 1599 bp without introns. The gene encodes a protein of 532 amino acids with a putative signal sequence of 21 amino acids and four putative N-glycosylation sites. Cloning of a-galactosidase genes represents a first step towards the high level expression of these enzymes in a GRAS host.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    346341

    Yerel Bacillus izolatlarından alfa amilazların klonlanması ve rekombinant amy28 alfa amilazının enzim özelliklerinin belirlenmesi

    Cloning of amylases from local Bacillus isolates and determination of enzyme characteristics of recombinant amy28 alpha amylase

    MERVE TUZLAKOĞLU ÖZTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiGebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SALİHA İŞSEVER ÖZTÜRK

  2. Tez No

    856741

    Anoxybacillus gonensis oligo-1,4-1,6-alfa-glukosidaz (sukraz-maltaz-izomaltaz) genin klonlanması, gen ürününün saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu

    Cloning, purification and biochemical characterization of oligo-1,4-1,6-alpha-glucosidase (sucrase-maltase-isomaltase) from Anoxybacillus gonensis

    ZEYNEP DENGİZ BALTA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN KARAOĞLU

  3. Tez No

    377363

    Bacillus subtilis ATCC 6051'den α-amilazın klonlanması ve karakterizasyonu

    Cloning and characterization of α-amilaz from Bacillus subtilis ATCC 6051

    BESİ SERİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiDicle Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİKRET UYAR

    YRD. DOÇ. DR. CEM ÖZİÇ

  4. Tez No

    318633

    Cloning and characterization of a gene cluster encoding toluene monooxygenase from Bradyrhizobium sp. BTAi1

    Bradyrhizobium sp. BTAi1 suşundan toluen monooksijenaz genlerinin klonlanması ve karakterizasyonu

    KÜBRA CANSU YANIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikFatih Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL SCHARA

  5. Tez No

    213891

    Anoxybacillus gonensis G2T ksiloz izomeraz geninin klonlanması, gen ürününün saflaştırılması ve karakterizasyonu

    Cloning of anoxybacillus gonensis G2T xylose isomerase gene and purification and characterization of gene product

    DERYA YANMIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ

Geri Dön