Development of a PCR-based specific method for the detedction of aspergillus fumigatus by random CDNA cloning
Raslantısal CDNA klonlamasıyla aspergillus fumigatus için PCR-bazlı özgül bir tanı yönteminin geliştirilmesi
- Tez No: 153473
- Danışmanlar: PROF. DR. UFUK BAKIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Aspergillus fumigatus, moleküler tam, PCR, cDNA klonlaması, ribozomal protein, primaz, galaktomannoprotein vıı, Aspergillus fumigatus, molecular diagnosis, PCR, cDNA cloning, ribosomal protein, primase, galactomannoprotein
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
oz RASTLANTISAL CDNA KLONLANMASIYLA ASPERGILLUS FUMIGATUS İÇİN PCR-BAZLI ÖZGÜL BİR TANI YÖNTEMİNİN GELİŞTİRİLMESİ Söyler, Alper Yüksek Lisans, Gıda Mühendisliği Bölümü Tez Danışmanı: Prof. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Yardımcı Tez Danışmanı: Prof. Dr. Ufuk Bakır Haziran 2004, 143 sayfa Aspergillus fumigatus gıda ve hava ile bulaşan bir insan patojeni olup gliotoksin, helvolik asit, fumigallin, fumigaklavin gibi mikotoksinler üretmektedir. A. fumigatus'un en sık sebep olduğu hastalık olan aspergillosis genellikle öldürücüdür ve özellikle bağışıklık sistemi zayıf düşmüş, AİDS, kanser ve organ nakli hastalarında görülür. Bu çalışmada, Aspergillus fumigatus İMİ 385708'in X ZAP Express' le kurulan cDNA kütüphanesinden rastlantısal cDNA klonlaması yapılmış, bu klonlardan bazıları insert boyutlarına göre seçilip nükleotid dizilim analizleri elde edilmiştir. Dizilimler daha sonra Gen Bankası ve ilgili yazılımlarla, genlerin olası fonksiyonlarının bulunması amacıyla analiz edilmiştir. Klonlardan ikisi primaz ve 60S ribozomal protein Ll-b genleri olarak tanımlanmıştır. Bu iki gen ve A. fumigatus'un antijenik hücre duvarı galaktomannoprotein geni üç ayrı çift primerin vıtasarlanmasında kullanılmıştır. Primer tasarlanabilmesi için, çoklu dizilim analiziyle, korunmayan bölgeleri ayırt edebilecek bir yazılım geliştirilmiştir. Tasarlanan primerler, değişik Aspergillus türlerinde PCR aracılığı ile denenmiş ve sadece A. fumigatus DNA' sına karşılık tek ve özgül bir bant elde edilmiştir. Buna göre, bu çalışmada geliştirilen PCR bazlı tam yönteminin Aspergillus fumigatus' 'un gıdalardan ve havadaki sporlardan hızlı bir şekilde tayini amacı ile daha fazla geliştirilerek kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT DEVELOPMENT OF A PCR-BASED SPECIFIC METHOD FOR THE DETECTION OF ASPERGILLUS FUMIGATUS BY RANDOM CDNA CLONING Söyler, Alper M.S., Department of Food Engineering Supervisor: Prof. Dr. Zümrüt Begüm Ögel Co-Supervisor: Prof. Dr. Ufuk Bakır June 2004, 143 pages Aspergillus fumigatus is a foodborne and airborne human pathogen which produces mycotoxins such as gliotoxin, helvolic acid, fumigallin, and fumigaclavin. The most common disease caused by A. fumigatus is aspergillosis, which is often fatal, especially among AIDS, cancer, and organ-transplant patients. In this study, random cDNA cloning was performed from a cDNA library of A. fumigatus (EVfi 385708) constructed on X ZAP Express. Some of these clones were selected according to their insert sizes and were further subjected to sequence analysis. The sequences were then analyzed by a BLAST search (NCBI Genome Database) to determine the possible functions of these genes. Two of the clones were identified as the primase and 60S ribosomal protein Ll-b genes. These genes and a third gene corresponding to the antigenic cell wall galactomannoprotein gene of A. fumigatus IVwere used for the design of three distinct primer pairs. For the primer design, a software was written to differentiate nonconserved regions by multiple sequence alignment. Designed primers were employed in PCR experiments against genomic DNAs of different Aspergillus species. Unique bands were obtained only against A. fumigatus genomic DNA. It was concluded that this PCR-based detection method can be further developed for the rapid detection of A. fumigatus spores from air and food samples.
Benzer Tezler
- Gliomada IDH2 R172K mutasyonunun erken dönem teşhisine yönelik damlacıklı dijital PCR temelli moleküler tanı metodu geliştirilmesi
Development of a droplet digital PCR-based molecular diagnostic method for early detection of IDH2 R172K mutation in glioma
ZEYNEP BAYRAK
- Theileria annulata'nın tanısında serolojik (indirekt ELISA) ve moleküler (PZR, çoklu PZR ve lamp) yöntemlerin geliştirilmesi
Development of serological (indirect ELISA) and molecular (PCR, multiplex PCR and LAMP) techniques for the detection of Theileria annulata
HÜSEYİN BİLGİN BİLGİÇ
Doktora
Türkçe
2010
ParazitolojiAdnan Menderes ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN KARAGENÇ
- Development of fast and economic QPCR-based method for meat species detection
Hızlı ve ekonomik et tür tayini için QPCR tabanlı bir yöntem geliştirilmesi
EDA ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
- The development of molecular genetic tools for detection of Salmonella pathogen
Salmonella patojeninin belirlenmesi için moleküler genetik metotların geliştirilmesi
KURTULUŞ GÖKDUMAN
Doktora
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. G. CANDAN GÜRAKAN
DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK
- Tipe özgü multipleks real-time PCR ile yaygın görülen yüksek riskli HPV'lerin saptanması
Detection of major HPVs by a type specific multiplex real-time PCR
FATİH ŞAHİNER