Geri Dön

Biochemical and genetic studies on the pyruvate branch point enzymes of Rhizopus oryzae

Rhizopus oryzae' nın piruvat ayrım noktası enzimleri üzerinde biyokimyasal ve genetik çalışmalar

  1. Tez No: 153514
  2. Yazar: ŞEYDA AÇAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HALUK HAMAMCI, PROF. DR. MERAL YÜCEL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Rhizopus oryzae, Aspergillus niger, piruvat dekarboksilaz, laktat dehidrogenaz, hekzokinaz, piruvat ayrım noktası, L-(+)-laktik asit, glikoliz, saflaştırma, PCR-klonlama, transformasyon vı, Rhizopus oryzae, Aspergillus niger, pyruvate decarboxylase, lactate dehydrogenase, hexokinase, pyruvate branch point, L-(+)-lactic acid, glycolysis, purification, PCR-cloning, transformation IV
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ÖZ Rhizopus oryzae' NIN PİRUVAT AYRIM NOKTASI ENZİMLERİ ÜZERİNDE BİYOKİMYASAL VE GENETİK ÇALIŞMALAR Açar, Şeyda Doktora, Biyoteknoloji Tez yöneticisi: Prof. Dr. Haluk Hamamcı Ortak tez yöneticisi: Prof. Dr. Meral Yücel Ocak, 2004, 134 sayfa Rhizopus oryzae fermentasyon sonunda laktik asit ve etanol üreten bir fılamentli küftür. Endüstride laktik asit üretimi için R. oryzae kullanımının bir cok avantajı vardır ve günümüzde endüstride L-(+)-laktik asit üretimi için kullanılmaktadır. Kullanılan karbon kaynağına göre elde edilen laktik asit verimi düşüktür. R. oryzae 'da yapılan metabolik akım analizi çalışmalarınında gösterdiği gibi glikoliz sonunda üretilen piruvaün büyük bir kısmı laktik asit üretiminin yanı sıra etanol, asetil koenzimA, ve oksaloasetat üretimine kanalize edilmektedir. Buna dayanarak bu çalışmada R. oryzae 'da piravat ayrım noktasının regülasyonu üzerine kurulan bazı soruların cevaplandırılmasına yönelik ayrım noktasında rol alan enzimlerin biyokimyasal karakterizasyonu ve enzimleri kodlayan genlerin klonlanması çalışılmıştır.Piruvat dekarboksilaz enziminin R. oryzae 'dan saflaştırılması ve karakterizasyonu ilk defa olarak gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılmış enzimin Hill katsayısı 1,84 ve Km değeri, pH 6,5'te 8,6 mM'dır. Enzim, 30 mM'dan fazla piruvat derişimlerinde inhibe olmaktadır. Enzimin optimum pH'sı 5,7 ve 7,2 arasında geniş bir aralıktadır. Monomer moleküler ağırlığı SDS PAGE analizi ile 59±2 kDa olarak bulunmuştur. R. oryzae'nm piruvat dekarboksilaz (pdcA vepdcB) ve laktat dehidrogenaz (IdhA ve IdhB) genleri PCR-klonlama yöntemi kullanılarak klonlanmış ve fılamentli küf Aspergillus niger 'a aktarılmıştır. Laktat dehidrogenaz genlerinden herhangi birini taşıyan Aspergillus niger transformantlarında orijinal susa göre daha fazla laktik asit üretimi görülmüştür. Bu transformantlarda sitrik asit üretiminde bir artış görülürken glukonat üretimi görülmemiştir. R. oryzae' d®, heksokinaz geninin klonlanması dejenere primerler kullanılarak Genome Walker Kit ile çalışılmıştır. Bu çalışmanın sonuçları R. oryzae genomunun düzenlenmemiş klon dizilimleri kullanılarak değerlendirilmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT BIOCHEMICAL AND GENETIC STUDIES ON THE PYRUVATE BRANCH POINT ENZYMES OF Rhizopus oryzae Açar, Şeyda Ph. D., Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Haluk Hamamcı Co-supervisor: Prof. Dr. Meral Yücel January, 2004, 134 pages Rhizopus oryzae is a filamentous fungi which produces lactic acid and ethanol in fermentations. R. oryzae has numerous advantages for use industrial production of L-(+)-lactic acid but the yield of lactic acid produced on the basis of carbon consumed is low. Metabolic flux analysis of R. oryzae has shown that most of the pyruvate produced at the end of the glycolysis is channelled to ethanol, acetyl-CoA and oxaloacetate production. This study aimed to answer some questions addressed on the regulation of pyruvate branch point in R. oryzae and for this purpose biochemical characterisation of the enzymes acting at this branch point and cloning the genes coding for these enzymes have been done. Pyruvate decarboxylase was purified and characterised for the first time from R. oryzae. The purified enzyme has a Hill coefficient of 1.84 and the Km of the menzyme is 8.6 mM for pyruvate at pH 6.5. The enzyme is inhibited at pyruvate concentrations higher than 30 mM. The optimum pH for enzyme activity shows a broad range from 5.7 and 7.2. The monomer molecular weight was estimated as 59±2 kDa by SDS-PAGE analysis. Pyruvate decarboxylase (pdcA andpdcB) and lactate dehydrogenase (IdhA and IdhB) genes of R. oryzae have been cloned by PCR-cloning approach and the filamentous fungi Aspergillus niger was transformed with these genes. The A. nfger transformed with either of the ldh genes of R. oryzae showed enhanced production of lactic acid compared to wild type. Citric acid production was also increased in these transformants while no gluconate production was observed Cloning of hexokinase gene from R. oryzae using degenerate primers was studied by the use of Genome Walker kit (Clontech). The results of this study were evaluated by using some bioinformatics tools depending on the unassembled clone sequences of R. oryzae genome.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    528606

    Isolation, cloning, characterization and heterologous expression in Escherichia coli of Chlamydomonas reinhardtii pyruvate orthophosphate(Pi) Dikinase (PPDK) 1 gene

    Chlamydomonas reinhardtii purivat ortofosfat(pi) Dikinase(PPDK) 1 geninin Escherichia coli'de klonlanması, karakterizasyonu ve heterolog ekspresyonu

    TAHA TANGUT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyomühendislikAkdeniz Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TARLAN MAMMEDOV

  2. Tez No

    883361

    Investigation of the energy metabolism of helicobacter-activated B cells

    Helikobakter ile aktive edilmiş B hücrelerinin enerji metabolizmasının araştırılması

    MEHMET ÇALÇI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Tez No

    570285

    Kolorektal kanserde tümör metabolizmasının laktat dehidrogenaz bağlantılı modifikasyonunun kemoterapi etkinliği üzerindeki rolü

    The role of lactate dehydrogenase related modification of tumor metabolism on chemotherapy efficacy in colorectal cancer

    GİZEM ÇALIBAŞI KOÇAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Onkolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN YİĞİTBAŞI

  4. Tez No

    332999

    Development of novel biocatalysts for industrial applications

    Endüstriyel uygulamalar için yeni biyokatalizörlerin geliştirilmesi

    BARIŞ BİNAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    PROF. NICHOLAS JAMES TURNER

  5. Tez No

    818573

    Farklı frekanslarda elektromanyetik alana maruz kalan ratlarda ginseng uygulamasının kan beyin bariyeri üzerine etkisinin immünohistokimyasal, biyokimyasal, genetik açıdan değerlendirilmesi ve yapay zeka algoritmalarının mikroskop görüntülerine uygulanması

    Immunohistochemical, biochemical and genetic evaluation of the effect of ginseng administration on blood brain barrier in rats exposed to different frequencies of electromagnetic field and application of artificial intelligence algorithms to microscope images

    İREM POSTACI KARAMAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM COŞKUN

Geri Dön