Benzimidazol ve tiyazolidindion halkası içeren bazı retinoidal bileşiklerin DNA'ya bağlanma özelliklerinin in vitro analizi
In vitro DNA binding mode analysis of some benzimidazole and thiazolidindion retinoids
- Tez No: 156884
- Danışmanlar: PROF.DR. KEVSER ÖZDEN PİŞKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Retinoidler, DNA'ya bağlanma, elektroforez, STM, Retinoids, DNA binding, electrophoresis, STM
- Yıl: 2004
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
ÖZET Muşdal Y., Benzimidazol ve tiyazolidindion halkası içeren bazı retinoidal bileşiklerin DNA'ya bağlanma özelliklerinin in vitro analizi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Biyokimya Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2004. Birçok antitümoral ve antimikrobiyal ilaç etkilerini DNA'ya bağlanarak göstermektedir. Retinoid yapıdaki çeşitli moleküller kanser tedavisinde kullamlabilirlikleri açısından geniş çapta araştınlmaktadır. Bu tez kapsamında benzimidazol ve tiyazolidindion halkası taşıyan 7 retinoidal bileşiğin DNA'ya bağlanması araştırıldı. Elektroforetik yöntemler optimize edildi ve STM ile bağlanmanın incelenmesi araştırıldı. Bileşiklerin DNA'ya bağlanmalarım göstermek amacıyla genomik ve plazmit DNA'lar retinoidlerle ile inkübe edilerek agaroz elektroforezi ve PAGE ile incelendi. Bağlanmada dizi seçiciliğini incelemek için AT ve GC'den oluşan oligonükleotitler ile AT oktamerlerinden oluşturulan çift sarmal DNA kullanıldı. Çalışmalarda EtBr, DAPI ve ATRA'nın da DNA'ya bağlanması bileşiklerle kıyaslaman incelendi. Sonuçta, DNA bağlanma analizi için 1-5 ug pDNA'laraı 10"5 M derişimdeki bileşiklerle etkileştirilerek 0.8% agaroz jelde koşturulmasının uygun olduğu belirlendi. Agaroz jel elektroforezinde pDNA bantlarının yoğunluğunun azalması veya eksilmesinin bağlanmayı tanımladığı saptandı. Bağlanmadaki dizi seçiciliğini inceleyebilmek için ise 200 ng nükleotidin % 20'lik PAGE ile incelenmesinin uygun olduğu saptandı. Bantların jelde geri kalması bağlanmayı tanımlamada kullanıldı. Benzimidazol retinoidlerin DNA'ya bağlanmasının DAPI'ye benzer biçimde DNA'nın oluklarına tutunma, tiyazolidindion retinoidlerin ise DNA'ya EtBr ve ATRA gibi daha güçlü bir biçimde muhtemelen interkale etme veya parçalama şeklinde olduğu düşünüldü. Bileşiklerde dizi seçiciliği olmadığı ve STM ile elde edilen görüntülerin bağlanma şekli konusundaki saptamaları doğrulayabileceği görüldü. Elde edilen sonuçlar incelenen retinoidlerin antitümoral veya antimikrobiyal ilaç tasarımı için umut verici bileşikler olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
VI ABSTRACT Musdal, Y., In vitro DNA binding mode analysis of some benzimidazole and thiazolidindion retinoids, Hacettepe University Health Sciences Institute Master of Science Thesis in Biochemistry, Ankara, 2004. A great number of antitumoral and antimicrobial drugs exert their effects via DNA binding. Efficacy of numerous retinoids as potential cancer drugs is extensively analyzed. Binding of 7 retinoids containing benzimidazole or thiazolidindion rings to DNA is analyzed. Electrophoretic procedures are optimized and binding analysis by STM is investigated. Genomic and plasmid DNAs are incubated with retinoids and analyzed by agarose electrophoresis and PAGE. Nucleotides consisting of AT or GC and double strands consisting of AT octamers are used in the detection of sequence selectivity. DNA binding of EtBr, DAPI and ATRA is analyzed and compared to those of retinoids. It is found that interaction of 10"5 M retinoids with 1-5 \ig pDNA and their application to % 0.8 agarose gel electrophoresis is suitable for DNA binding analysis. It is determined that a decrease in the density or disappearence of bands indicates binding. In the analysis, of sequence specificity 200 ng nucleotides run in % 20 PAGE was able to demonstrate gel retardation due to DNA binding. It is concluded that DNA binding mode of benzimidazole retinoids resembles to that of DAPI and may involve attachment to the grooves, whereas thiazolidindion retinoids bind DNA more strongly in a similar manner with EtBr and ATRA, either by intercalation or DNA breakage. No sequence specificity for any of the compounds was detected and it is observed that STM images may confirm the DNA binding mode. These findings may suggest that these retinoids may be considered as potential antitumor or antimicrobial drugs.
Benzer Tezler
- Benzimidazol ve imidazol grubu ilaçların bazı fizikokimyasal parametrelerinin ters faz sıvı kromatografi yöntemiyle belirlenmesi
Determination of some physicochemical properties of benzimidazole and imidazole group drugs with reversed phase liquid chromatographic method
KADER POTURCU
Doktora
Türkçe
2019
KimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU ÇUBUK DEMİRALAY
- Benzimidazol ve fenilsilan moleküllerinin titreşim frekanslarının ab initio yöntemleri ile teorik hesaplamaları
Calculation of vibrational frequencies of benzimidazole and phenysilane molecules ab initio methods
MUSTAFA TEKPINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Fizik ve Fizik MühendisliğiHarran ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EROL EROĞLU
- Bazı yeni 1,2-disubstitue benzimidazol türevi bileşiklerin sentezi, karakterizasyonu ve antioksidan özelliklerinin incelenmesi
Synthesis, characterization of some new 1,2-disubstituted benzimidazole derivatives and investigation of their antioxidant properties
SERDAR AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
KimyaRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NESRİN KARAALİ
- Benzimidazol ve triazol yapılarını içeren bileşiklerin tasarımı ve sentez çalışmaları
Design and synthesis studies of the compounds containing benzimidazole and triazole structures
ESMA ÖZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
KimyaErciyes ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜLBİYE KÖKBUDAK
DOÇ. DR. ŞENGÜL DİLEM DOĞAN
- Long wavelength photosensitizers with benzotriazole and benzimidazole skeletons for cationic polymerization
Yüksek dalga boyunda soğurabilen benzotriazol ve benzimidazol türevi fotosensitizerler ile katyonik polimerizasyon
SEDA YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Bölümü
PROF. DR. LEVENT TOPPARE
YRD. DOÇ. DR. UMUT BULUT