Geri Dön

Hepatit delta virüs RNA'sının saptanması ve genotiplemesi

Identification and genotyping of hepatitus delta virus RNA

  1. Tez No: 157912
  2. Yazar: SİBEL ÖZSU CAYMAZ
  3. Danışmanlar: PROF.DR. HAKAN ABACIOĞLU
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: HDV, PZT, Genotip, REA, Filogenetik analiz, HDV, PCR, Genotype, REA, Filogenetic analysis
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

1. ÖZET Hepatit Delta Virus RNA'sının Saptanması ve Genotiplenmesi Hepatit D virus (HDV), şiddetli ve bazen fulminan hepatit tabloları ile ilişkili olabilen, hepatit B virüsünün (HBV) satelliti olan bir virüstür. Delta infeksiyonu tüm dünyada görülmekte olup, görülme oranlan coğrafi farklılıklar göstermektedir. Ülkemiz HDV infeksiyon sıklığı açısından orta endemisitedeki ülkeler içinde yer almaktadır. HDV'nin bilinen üç genotipi vardır. Ülkemizde yapılan sınırlı sayıdaki çalışma günümüze kadar sadece genotip I varlığını göstermektedir. Bu çalışmada ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT PZT) ile çoğaltılmış HDV dizilerine filogenetik ve restriksiyon enzim analizi uygulanması ve bu suretle Türkiye'deki HDV genotip çalışma sonuçlarının genişletilmesi amaçlanmışta-. Çalışmaya anti-HBc ve total delta antikoru olumlu olan 80 serum örneği alındı. Ekstrakte edilen HDV dizileri 889-912 nükleotitler arasındaki ön öncül ve bu çalışmada tanımlanan 1268-1291 nükleotitler arasındaki ters öncül kullanılarak RT PZT ile çoğaltıldı. Oluşan 403 baz çiftlik ürün üç farklı genotipin tanımlanabilmesi için Sma I restriksiyon enzimi ile kesildi. Restriksiyon enzim analizi (REA) ile belirlenen genotip sonuçlarının doğrulanması için; genotip patentleri saptanmış örneklerden rastgele seçilen 24 tanesine nükleotid dizi analizi uygulandı ve diziler evrimsel yakınlıkları açısından incelendi. Altmış (% 75) örnek HDV RNA olumlu, 20 (% 25) örnek HDV RNA olumsuz olarak saptandı. HDV RNA' sı olumlu bulunan tüm örneklerin REA ile genotip I olduğu gösterildi. Nükleoth dizilerinin karşılaştırılması için, hepatit deha antijen geninin 283 nükleotitlik bir bölümü kullanıldı. Dizi analizi yapılan bütün örnekler bilinen HDV genotip I izolatlan ile birlikte kümelendi. Filogenetik analiz sonuçlan Türkiye'de genotip Fin farklı subtiplerinin olduğunu gösterdi. Bu çalışmanın sonuçlan Türkiye'de HDV genotip I'in hakim olduğunu doğrulamaktadır. Aynca, biz bilinen tüm genotipleri aynı duyarlılıkla saptayabileceğini ön gördüğümüz yeni bir öncül çifti tanımladık. Ancak bu öncüllerin performanslarının genotip II ve m HDV dizileri ile test edilmesi gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

2. SUMMARY Identification and Genoty ping of Hepatitis Delta Virus RNA HDV can cause acute and chronic hepatitis which may lead to severe and progressive liver disease in HBV infected patients. Delta infection is seen woriwide with varying geographic prevalance. Turkey is among countries having moderate HDV infection frequency. There are three known HDV genotypes that may differ in their geographic distrubition and pathogenecity. A limited number of studies have so far shown the presence of type I HDV in Turkey. The aim of this study was to extend the results of genotyping studies from Turkey by phylogenetic and restriction enzyme analysis of RT-PCR amplified viral sequences. Eighty serum samples positive for total delta and anti HBc antibodies were included in the study. Following extraction, HDV sequences were amplified by PCR using a previously described sense primer and a novel antisense primer corresponding to nucleotide positions 889-912 and 1268-1291 of the viral genome, respectively. The resulting 403 bp fragments were then digested with Smal to distinguish 3 different HDV genotypes. Some samples were also subjected to DNA sequencing and subsequent phylogenetic analysis to confirm the REA results and to further investigate the genetic variability among our isolates. Sixty samples out of 80 were positive for HDV RNA All these positive samples harbored type I HDV sequences as shown by restriction enzyme analysis. Twenty-four of these samples were randomly chosen and sequenced. For sequence comparisons, a 283 bp fragment of the HDAg gene was used. All sequences were clustered with known type I HDV isolates. Phylogenetic analysis also showed that different subtypes of genotype I viruses exist in Turkey. The results of this study confirm the predominance of type I HDV in Turkey and provide evidence that substantial variation exist among these. We also describe a new primer set that should detect all known genotypes with similar sensitivities. However, the performance of these primers needs to be tested with type n and HI viruses.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    256236

    Hepatit delta virüsü (HDV) tanısında 'real time' PZR temelinde yeni bir yöntem geliştirilmesi

    Development of a new method based on real time PCR in the diagnosis of hepatitis delta virus (HDV)

    YASEMİN ÇELİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. İRFAN SOYKAN

  2. Tez No

    99399

    Hepatit delta virus RNA'sının PCR ile belirlenmesi ve kronik delta hepatitli Türk hastalarda HDV RNA genotiplendirilmesi

    Detection of HDV RNA by in-house PCR method in patients with chronic hepatitis delta virus and genotyping of HDV in Turkish patients

    TİJEN ŞENGEZER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    GastroenterolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Hepatoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. A. MİTHAT BOZDAYI

    PROF.DR. ÖZDEN UZUNALİMOĞLU

  3. Tez No

    463842

    Tokat ili kronik Hepatit B enfeksiyonlu hastalarda Tork teno virüs (TTV) ve hepatit D virüs (HDV) araştırılması

    Investigation of Torque teno virus (TTV) and Hepatitis D (HDV) infections in patients with chronic Hepatitis B in Tokat

    YELDA DAĞCIOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEKERİYA ALTUNER

    DOÇ. DR. YUNUS BULUT

  4. Tez No

    303178

    Yeni antiviral moleküllerin taranması için Hepatit Delta Virüsünün replike olabildiği hücre kültür sisteminin oluşturulması

    Development of a novel cell culture system for Hepatitis Delta Virus genome replication to study new antiviral agents

    İNCİ ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Disiplinlerarası Hepatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI

  5. Tez No

    203804

    Kronik HDV infeksiyonlu hastalarda serum HBV DNA ve HDV RNA düzeyleri ile histolojik bulguların hastalığın klinik evreleriyle ilişkisi

    The relationship between serum HBV DNA and HDV RNA levels, histological findings and clinical phases of disease in patients with chronic HDV

    MEHMET SUAT YALÇIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    GastroenterolojiDicle Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KENDAL YALÇIN

Geri Dön