HBV cccDNA'yı belirleyen 3 farklı yöntemin karşılaştırılması
Comparison of 3 different methods which can determine HBV cccDNA
- Tez No: 163917
- Danışmanlar: PROF.DR. MİTHAT BOZDAYI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: Hepatit B virüsü, cccDNA, LightCycler, Real-time PCR, Polimeraz zincir reaksiyonu, Hepatitis B virus, cccDNA, LightCycler, Real-time PCR, Polimerase chain reaction
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Hepatoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
46 ÖZET HBV cccDNA'YI BELİRLEYEN 3 FARKLI YÖNTEMİN KARŞILAŞTIRILMASI HBV enfeksiyonunda hücre nükleusu içerisinde bulunan cccDNA (kovalent kapalı dairesel DNA) yeni oluşacak virionlar için transkripsiyonel bir kalıp fonksiyonu görür ve enfeksiyonun kalıcı olmasına neden olur. Antiviral tedavilerde kullanılan baz analoglarının hücre nükleusundaki cccDNA üzerine doğrudan etkileri yoktur. Anti viral tedavi sürecinde HBV cccDNA miktarı iyi bir belirteç olarak kullanılabilir. Bu çalışmada cccDNA'yı kantitatif olarak belirleyebildiği bildirilen 3 yöntem karşılaştırmıştır. HBV enfeksiyonlu kişilerden elde edilen taze karaciğer biyopsi ve serum örneklerinde, HBV cccDNA formunu HBV rcDNA (açık dairesel DNA) formundan ayırarak, kantitatif olarak viral yükü saptayabilen yöntemler kullanılmıştır. HBV genomu, rcDNA formunda eksikli yapıdayken, cccDNA formunda tamamlanmış durumdadır. Bu farklılık kullanılarak sadece cccDNA amplifikasyonunu gerçekleştirebilen kimerik primer tasarımı ilk yöntemimizdir. ikinci yöntem ise kendi içinde iki farklı strateji içermektedir. HBV rcDNA formları, ATP bağımlı DNaz kullanılarak ortamdan uzaklaştırıldıktan sonra geriye kalan HBV cccDNA'ların amplifikasyonu cccDNA'ya özgü olan ve negatif sarmaldaki gap bölgesini içeren primer seti ile sağlanır. Çalışmamızda HBV enfeksiyonu olan 14 hastanın karaciğer biyopsi materyalleri ve serum örnekleri kullanılmıştır. Kullanılan her 3 yöntem ile hastalara ait biyopsi ve serum örneklerinde cccDNA pozitif olarak saptandı. HBV cccDNA'nın dolaşımda saptanamayacağı genel kabul gören bir durumdur. Bununla beraber serumda cccDNA saptanabildiğini bildiren çalışmalar artmaktadır. Bu durumun, deneysel bir hatadan mı olduğu yoksa gerçek bir durumu mu yansıttığını ortaya koymak üzere dünyada ilk defa bizim geliştirdiğimiz ATP bağımlı DNaz+Rsa1 yöntemi ile yapılan kontollü deneyle", tüm soru işaretlerini kaldırarak serumda HBV cccDNA varlığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
SUMMARY OF 3 DIFFERENT METHODSCAN HBV cecONA cccDNA (covalentty closed circular DNA) found in the nuoleus of the celi during HBV înfection funotions as a iemplate for the formation of new virions and resuits in the persistence of înfeetîon. Nudeotide analogs used in the antî-vîral therapy have no direct effect on the cccDNA whîch locates in nucleus. Ouantificatian of HBV cccDNA can be used as a gooti marker during anti-viral therapy. in this study, 3 dîfferent methods reported to be able determine cccDNA quantîtatively were compared. The methods that can quantîtativeiy determine the vîral load were compared by dîstînguîshîng the HBV cccDNA from rcDNA (relaxed circular DNA) form in the fresh lîver biopsy and serum samples of patients wîth HBV infection. HBV genome is found as a partial double stranded DNA in the rcDNA form whereas it is completely doubie stranded in cccDNA form. Our first method is designing of a chimeric prîmer which can achieve ampiification of only cccDNA, but not rcDNA, by using this dîfference. The second method has 2 differenî strategies in itself. The spesifîc ampiification of HBV cccDNA that is left after the degradation of rcDNA forms wHh ATP dependent DNase is done by the cccDNA spesific primer sets whîch amplify the gap region of negatîve strand. in our study, liver biopsy materials and serum samples of 14 patients with HBV infection were ysed. cccDNA was detected as positive wih both 3 methods in the biopsy and seum samples of the patients. it is generally accepted that HBV cccDNA can not be detected in the circuiatîon. Howe¥er, the number of studies reportîng the deteetion of cccDNA in serum is Ineraasing. The aîm of ATP dependent DNaz+Rsa1 method which was developed in our lab was to answer the question of whether this situattîon is because of experimental errors ör it reflects the real situatîon. Using this method in controiled experiments, we shovved that HBV ccc DNA is present in serum samptes of the patients with HBV infection..IH
Benzer Tezler
- Hepatit B virüsüne (HBV) bağlı karaciğer yetmezliği nedeniyle karaciğer transplantasyonu yapılan hastalarda uzun dönemde HBIG (hepatit B immünglobulin) + lamivudin proflaksisinin etkinliğinin ve karaciğer dokusunda hbv varlığının pcr (polymerase chaın reactıon) ile retrospektif olarak araştırılması
Long term efficacy of hbig (hepatitis B immunoglobulin) + lamivudine prophylaxis and assessment of HBV (hepatitis B virus) in liver tissue with pcr (polymerase chain reaction) in liver transplantation recipients with hbv-related liver disease
DENİZ MUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
GastroenterolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH ZEKİ KARASU
- Hepatit B hastalarında HBV RNA'nın tanı ve tedavideki önemi
Importance of HBV RNA in diagnosis and treatment in hepatitis B patients
HATİCE YILDIZ BEYTEKİN
- İmmünsüpresif hastalarda HBVizyon projesi öncesi ve sonrası iki yılda hepatit B tarama ve profilaksi oranlarının karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
ELİF ZELAL ÇİFTÇİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiDicle ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. MUSTAFA KEMAL ÇELEN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM MERMUTLUOĞLU
- Hbeag pozitif ve HBEAG negatif kronik HBV enfeksiyonlu hastalarda NBSAG kantitasyonu ve klinik tablolar ile korelasyonlarının araştırılması
Correlation between quantitative hbsag levels and clinical profile of chronic HBV patients with positive or negative hbeag
ERGENEKON KARAGÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıGATAEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEDAT TURHAN
- Kronik hepatit B'li hastaların entekavir tedavisi sırasında HBV polimeraz geninde gelişen ve entekavire karşı direnç oluşumuna sebep olan mutasyonların dizi analizi ile araştırılması
Characterization with sequence analyses of mutation developing within HBV polymerase gene and associated with resistance to entecavir during entecavir treatment of patients with chronic hepatitis B virus
SERPİL POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SAMİ SERİN