Helicobacter pylori'nin kültür ve real time PCR yöntemleriyle varlığının saptanması ve klaritromisin direncinin real time PCR ile belirlenmesi
Identification of the presence of Helicobacter pylori by real time PCR and culture methods and detection of clarithromycin resistance by real time PCR
- Tez No: 163959
- Danışmanlar: PROF.DR. SULHİYE YILDIZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, klaritromisin direnci, kültür, Light Cycler, Real Time PCR, Clarithromycin resistance, culture, Helicobacter pylori, Light Cycler, Real Time PCR
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
69 ÖZET Helicobacter Pyloıf nin Kültür ve Real Time PCR Yöntemleriyle Varlığının Saptanması ve Klaritromisin Direncinin Real Time PCR ile Belirlenmesi Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi ihsan Doğramacı Çocuk Hastanesi'ne başvuran çocuklardan alınan 201 gastrik biyopsi örneklerinde Helicobacter pylori varlığı ve klaritromisin direnci araştırılmıştır. Helicobacter pylori varlığı, hem kültür hem de Real Time PCR yöntemleri ile belirlenmiş ve iki yöntemin hassasiyeti karşılaştırılmıştır. Helicobacter pylori eradikasyon tedavisinin başarısız olmasının ana nedenlerinden biri, H. pylori tedavisinde en sık kullanılanan antimikrobiyal ajanlardan biri olan klaritromisine karşı gelişen dirençtir. Klaritromisine dirençli Helicobacter pylori ile enfekte hastaların kültür yöntemine ihtiyaç duyulmadan tespit edilebilmesi tedavide önemli bir rol oynamaktadır. Bu amaçla, gastrik biyopsi örneklerinden, 23S rRNA geninde klaritromisin direncinden sorumlu olan 2143 veya 2144 (A-C veya A-G) nokta mutasyonlarını saptayan bir Real Time prob hibridizasyon erime noktası analizi kullanılmıştır. Kültürü yapılan 201 örneğin 75 (% 37.31) tanesinde H. pylori kolonileri gözlenmiştir. Daha sonra aynı biyopsi örneklerinden yapılan DNA izolasyonu sonrasında Real Time PCR (Light Cycler, Roche Diagnostics, Almanya) gerçekleştirilmiştir. Her çalışmada kalite kontrol amacıyla DNAse, RNAse ve nükleaz'dan arındırılmış su negatif kontrol, NCTC HP 11637 susu da pozitif kontrol olarak kullanılmıştır. 201 örneğin 177 tanesi (% 88,06), Real Time PCR ile H pylori pozitif olarak tespit edilmiştir. 75 örnek hem kültür hem Real Time PCR ile pozitif, 24 örnek ise Real Time PCR ile negatif bulunmuş, kültürde de ürememiştir. Çalışmamız sırasında mikroaerofilik koşulları sağlamada çektiğimiz zorluklar kültürde yüksek oranda H. pylori negatif sonuçlar elde etmemize neden olmuş olabilir.Bu sonuçlar, Real Time PCR yönteminin H. pyloriyl tanımlamada oldukça etkin ve güvenilir bir metod olduğunu göstermiştir. Real Time PCR yöntemi, H. pylori varlığı ile aynı zamanda klaritromisin direncinin de aynı çalışmada saptanmasına olanak sunmuştur. Real Time PCR ile H. pylori pozitif bulunan 177 örneğin 132 tanesinde 2143, 2144 (A-C veya A-G) nokta mutasyonu saptanmamış (% 74.58), 38 tanesi ise klaritromisine dirençli (% 21.47) bulunmuştur. 7 (% 3.95) kişide ise aynı biyopsi örneğinde iki farklı genotip ( mutasyon bulunan ve bulunmayan) aynı anda tespit edilmiştir. Sonuç olarak, 1) Real Time PCR tekniği, H. pylori 'nin blirlenmesindeki başarı oranını önemli ölçüde artırmıştır. 2) Real Time PCR'ın kültür70 metoduna oranla daha pahalı olmasına karşın daha kısa zamanda sonuç vererek zamandan ve iş gücünden kazanç sağlaması ve yüksek hassasiyete sahip olması bu tekniğin önemli avantajları olarak karşımıza çıkmıştır. 3) Direncin bakteri enfeksiyonu ile eş zamanlı olarak aynı çalışmada hızlı bir şekilde belirlenmesi ekstra ir avantaj sağlamıştır. 4) Klaritromisine dirençli suşların bu metodla kolay ve çabuk bir şekilde saptanması, H. pylori enfeksiyonun tedavisinde klaritromisine dayalı terapiye uygun olan hastaların belirlenmesine katkıda bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
71 SUMMARY Identification of the Presence of Helicobacter pylori by Real Time PCR and Culture Methods and Detection of Clarithromycin Resistance by Real Time PCR In this study, the presence of Helicobacter pylori and clarithromycin resistance were investigated in 201 gastric biopsy specimens obtained from children who referred for endoscopy at Hacettepe University ihsan Doğramacı Child Hospital. Presence of Helicobacter pylori was detected by both culture and Real Time PCR methods and the sensitivity of the two methods was compared. The main cause of failure of Helicobacter pylori eradication therapy is resistance to one of the most commonly used antimicrobial agent for the H. pylori treatment clarithromycin. Rapid identification of patients infected with clarithromycin resistant Helicobacter pylori without the need of culture, plays an important role in the treatment. For this purpose, a Real Time probe hybridization melting point analysis assay was used to detect 2143 or 2144 (A-C or A-G) point mutations in the 23S rRNA gene associated with clarithromycin resistance from the gastric biopsy samples. H. pylori colonies were observed in 75 of 201 cultered gastric biopsy specimens (% 37,31). Meanwhile, Real Time PCR assay (Light Cycler, Roche Diagnostics, Germany) was also conducted in the DNA samples obtained from the same biopsy samples (n=201). DNAse, RNAse, nuclease free distilled water and NCTC HP 11637 strain were used as negative and positive control respectively for quality control purpose in each experiment. Real Time PCR assay detected H. pylori in 177 of 201 specimens (% 88,06). 75 specimens were classified as Helicobacter pylori by both Real time PCR and culture methods. Real Time PCR results are also in consistant with a total of 24 samples which provide negative result in the standart culture method. The reduction in the positivity number of Helicobacter pylori detected with the culture method may be the result of the difficulties that we faced during the study in providing a microaerophilic environment for H. pylori to be produced. This results suggest that Real Time PCR is efficient and reliable method to detect Helicobacter pylori. Real Time PCR assay also provided an opportunity to test clarithromycin resistance in the same experiment of Helicobacter pylori detection. 2143 or 2144 (A-C or A-G) point mutation was detected in 38 of 177 specimens (% 21,47) and classified as clarithromycin resistant. In 7 cases (% 3,95), simultaneous presence of two different genotypes (mutant and wild type) in the same biopsy material was detected. In conclusion, 1) Real Time PCR technique is significantly increased the success rate of H. pylori detection. 2) Although PCR method is more72 expensive than standart culture methods, the reduced time of the experiment, labor effectiveness and sensitivity of the test are major profits of this technique. 3) Rapid detection of resistance along with bacteria identification in the same experiment provides an additional advantage. 4) Detection of the presence of a clarithromycin resistant strains easily with this method, contributed to the identification of the patients suitable for clarithromycin-based therapy for the H. pylori infection.
Benzer Tezler
- Üst gastrointestinal sistem yakınmalı hastalarda moleküler ve kültür yöntemleriyle Halicobacter pylori araştırılması
Başlık çevirisi yok
HAMİDULLAH UYANIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. OSMAN AKTAŞ
- Dışkı ve mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori enfeksiyonunun ve klaritromisin direncinin moleküler yöntemler ile saptanması
Detection of helicobacter pylori infection and clarithromycin resistance in stool and gastric biopsy samples by molecular methods
NEŞE İNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAKUT AKYÖN YILMAZ
- Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi
Evaluation of the helicobacter pylori, resistance and virulance factors by molecular methods in patients with dyspepsia
EBRU DEMİRAY GÜRBÜZ
Doktora
Türkçe
2013
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YILMAZ
- Helicobacter pylori izolatlarında klaritromisin direncini ve cagA geni varlığını birlikte belirleyecek bir ?eş-zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu? (real-time PCR) yönteminin geliştirilmesi
Development of a simultaneous detection of the clarithromycin resistance and the cagA gene status by 'real-time polymerase chain reaction' in helicobacter pylori isolates
PEREN HATİCE BAĞLAN
- The effect of Helicobacter felis on macrophage polarization
Helicobacter felis'in makrofaj polarizasyonu üzerine etkisi
ASLI KORKMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN