Kinetic analysis of glucose-6-phosphate branch point in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'da glikoz-6-fosfat dağılım noktasının kinetik analizi
- Tez No: 167086
- Danışmanlar: PROF. DR. HALUK HAMAMCI, PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
öz Saccharomyces cerevisiae'DA GLİKOZ-6-FOSFAT DAĞILIM NOKTASININ KİNETİK ANALİZİ Alagöz, Eda Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Haluk Hamamcı Ortak Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Meral Yücel Eylül 2005, 63 sayfa Glikoliz, Saccharomyces cerevisiae'nın temel metabolik yoludur ve mayanın sitoplazmasında glikozu piruvata dönüştüren reaksiyonları katalizleyen enzimler dizisidir. Glikoliz temel basamakların yanında, hücrenin temel yapıtaşlarının oluşumunu sağlayan dağılım noktaları içerir (amino asitler, nükleotitler gibi). Bu dağılım noktalarından biri glikolitik yolun pentoz fosfat yolu ile birleştiği glikoz-6- fosfat dağılım noktasıdır. Bu noktada glikoz-6-fosfat fosfoglikoz izomeraz enzimi ile fruktoz-6-fosfata dönüşebilir ya da pentoz fosfat yolunun ilk enzimi olan glikoz-6- fosfat dehidrogenaz enzimi ile 6-fosfoglukanolaktona dönüştürülür. Bu çalışmada, Saccharomyces cerevisiae da farklı nitrojen kaynaklarının pentoz fosfat yolu ile glikolitik izyolu arasındaki akış dağılımına etkisi çalışılmıştır. Bu amaçla, büyüme ortamında dört farklı nitrojen kaynağı bileşimi kullanılmıştır. Büyüme ortamına eklenen nitrojen kaynaklan, sadece amonyum sülfat, sadece yeast nitrogen base, amonyum sülfat ve histidin ya da yeast nitrogen base ve histidin vikarışımıdır. Histidin eklenmiştir çünkü histidin pentoz fosfat yolundan sentezlenen bir amino asittir. Farklı nitrojen kaynaklarının mayanın fizyolojisindeki etkisini analiz etmek için kültürlerin geç logaritmik büyüme fazlarında alman biyokütle örneklerinin kaba özütlerinde hekzokinaz, fosfoglikoz izomeraz, glikoz-6-fosfat dehidrogenaz ve 6-fosfoglukonat dehidrogenaz enzimlerinin spesifik aktiviteleri ölçülmüştür. Amonyum sülfat içeren ortama histidin eklenmesi analiz edilen tüm enzimlerin spesifik aktivitelerinde artışa neden olmuştur. Yeast nitrogen base ve histidin içeren ortamda hekzokinaz, fosfoglikoz izomeraz ve glikoz-6-fosfat dehidrogenaz enzimlerinin spesifik aktivitesi sadece yeast nitrogen base içeren ortama göre daha yüksektir. Fakat 6-fosfoglukonat dehidrogenaz enziminin aktivitesi yeast nitrogen base ve histidin içeren ortamda 3.1% düşmüştür. Histidin eklenen ortamlarda kültürlerin OD değerleri ve kuru ağırlıkları sadece amonyum sülfat ya da sadece yeast nitrogen base içeren ortamlara göre daha yüksektir. Ayrıca logaritmik büyüme fazının süresi histidin eklenen ortamlarda sadece amonyum sülfat ya da sadece yeast nitrogen base içeren ortamlara göre daha kısa sürmüştür. Anahtar kelimden Glikoz-6-fosfat dağılım noktası, Saccharomyces cerevisiae, nitrojen kaynağı, glikoz-6-fosfat dehidrogenaz, fosfoglikoz izomeraz vıı
Özet (Çeviri)
ABSTRACT KINETIC ANALYSIS OF GLUCOSE-6-PHOSPHATE BRANCH POINT IN Sacchmromyces cerevisiae Alagöz, Eda M.S., Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Haluk Hamamcı Cosupervisor: Prof.Dr. Meral Yücel September 2005, 63 pages Glycolysis is the main metabolic route in Saccharomyces cerevisiae and it is the sequence of enzyme catalyzed reactions that oxidatively convert glucose to pyruvic acid in the yeast cytoplasm, hi addition to the basic steps, glycolysis involves branch points providing the intermediary building blocks of the cell (i.e amino acids and nucleotides). One of these pathways is glucose-6-phosphate branch point which is a junction of glycolytic pathway and pentose phosphate pathway. At this point glucose-6-phosphate can be converted to fructose-6-phosphate a metabolite of glycolytic pathway by phosphoglucoisomerase or it can be dehydrogenated to 6- phosphogluconolactone by glucose-6-phosphate dehydrogenase which is the first enzyme of the pentose phosphate pathway. In this study, the influence of different nitrogen sources on the flux distribution through the pentose phosphate pathway and glycolysis in Saccharomyces cerevisiae was examined. For this purpose, four different compositions of nitrogen sources were used in growth media. The growth medium contained one of the following composition of nitrogen sources; only ammonium sulfate, only yeast ivnitrogen base, ammonium sulfate and histidine, yeast nitrogen base and histidine. Histidine was added because its synthesis branches from pentose phosphate pathway. In order to analyse the effect of the different compositions of nitrogen sources on the physiology of the yeast, specific activities of hexokinase, phosphoglucose isomerase, glucose-6-phosphate dehydrogenase and 6-phosphogluconate dehydrogenase enzymes were measured in the crude extracts of the biomass samples taken in the late exponential phase of the cultures. Addition of histidine caused an increase in the specific activities of all the enzymes analysed in medium containing ammonium sulfate. The specific activity of hexokinase, phosphoglucose isomerase and glucose-6-phosphate dehydrogenase in medium containing yeast nitrogen base and histidine were higher than medium containing yeast nitrogen base. However, the specific activity of 6-phosphogluconate dehydrogenase decreased 3.1% in medium containing yeast nitrogen base and histidine medium with respect to medium with only yeast nitrogen base. The OD value and dry weight in the culture containing histidine arninoacid was higher than the cultures contaning only ammonium sulfate and only yeast nitrogen base. Also the period of the exponential phase was shorter in medium containing ammonium sulfate and histidine and yeast nitrogen base and histidine than medium only ammonium sulfate and only yeast nitrogen base. Keywords? Glucose-6-phoshate branch point, Saccharomyces cerevisiae, nitrogen source, glucose-6-phosphate dehydrogenase, phosphoglucose isomerase
Benzer Tezler
- RFLP analiz yöntemi ile glukoz-6-fosfat dehidrogenaz eksikliğinin moleküler patolojisinin saptanması
Detection of molecular pathology of glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency by RFLP analysis
YEŞİM DOĞAN
- Çukurova bölgesinde kordon kanı glukoz 6 fosfat dehidrogenaz aktivitesi, yapısı, moleküler özelliği ve yenidoğan hiperbilirubinemisi üzerine etkisi
Glucose 6 phosphate activity, structure, molecular property and effect on neonatal hyperbilirubinemia in cord blood in Çukurova region
FERDA ÖZLÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SATAR
- Glukoz-6-fosfat dehidrogenaz enziminin immobilizasyonu için manyetik nanopartiküllerin hazırlanması, karakterizasyonu ve optimizasyonu
Preparation, characterization and optimization of magnetic nanoparticles for immobilization of glucose-6-phosphate dehydrogenase enzyme
SELMİHAN ŞAHİN
- Sembolik ve nümerik metotlarla enzim kinetiği problemlerinin incelenmesi
İnvestigation of enzyme kinetic problems by combination of symbolic and nümeric methods
NECMETTİN YILDIRIM
- Aterosklerozun erken bulgusu olarak aortik akım propagasyon hızı
Aortic flow propagation velocity as an early finding of atherosclerosis
MUSTAFA YILDIRIM