Geri Dön

Analysis and prediction of gene expression patterns by dynamical systems, and by a combinatorial algorithm

Gen motilerinin dinamik sistemler ve kombinatorik bir algoritma ile analizlerin yapılması ve gelecek tahminleri

  1. Tez No: 167342
  2. Yazar: MESUT TAŞTAN
  3. Danışmanlar: PROF.DR. BÜLENT KARASÖZEN, PROF.DR. GERHARD WİLHELM WEBER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
  6. Anahtar Kelimeler: Biyolojik Hesaplama, Gen Düzenleme Verisi, Matematiksel Modelleme, Dinamik Sistemler, Runga-Kutta Kesintilemesi, Kararlılık, Computational Biology, Gene- Expression Data, Mathematical Mod eling, Prediction, Dynamical System, Runge-Kutta Discretization, Stability. IV
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Uygulamalı Matematik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Öz GEN MOTILERININ DİNAMİK SİSTEMLER VE KOMBİNATORİK BİR ALGORİTMA İLE ANALİZLERİN YAPILMASI VE GELECEK TAHMİNLERİ Mesut Taştan Yüksek Lisans, Bilimsel Hesaplama Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gerhard Wilhelm Weber Eş Danışman: Prof. Dr. Bülent KARASÖZEN Ağustos 2005, 75 sayfa Gen motiflerinin modellenmesi ve buna dayali tahminler, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik alanlarında çok önemli bir yer tutmaktadırlar. Gen aktivite değişimleri, mRNA değerlerinin mikrodizin teknolojisi sayesinde ölçülmesi ile anlaşılır. Deney verilerinin analizi için değişik matematiksel modeller geliştirilmiştir. Bu tezde, modelleme yaklaşımları incelenmiş ve gen motiflerinin değişimleri bayağı diferansiyel denklemler yardımı ile modellenmiş olup bunun sebepleri açıklanmıştır. Bu konuda daha önce yapılmış, sürekli modellere doğrusal olmayan yer değiştirme terimleri eklenerek yeni bir model geliştirilmiş ve Euler kesintileme metodu yerine Runga-Kutta metodu kullanılmıştır. Bunların yanında zaman kesintili modelin kararlılık analizi, genişletilmiş uzay içerisinde Brayton-Tong Algoritmasının değiştirilmiş hali ile yapılmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT ANALYSIS AND PREDICTION OF GENE EXPRESSION PATTERNS BY DYNAMICAL SYSTEMS, AND BY A COMBINATORIAL ALGORITHM Mesut Taştan M.Sc, Department of Scientific Computing Supervisor: Prof. Dr. Gerhard Wilhelm WEBER Co-Advisor: Prof. Dr. Bülent KARASÖZEN August 2005, 75 pages Modeling and prediction of gene-expression patterns has an important place in computational biology and bioinformatics. The measure of gene expression is determined from the genomic analysis at the mRNA level by means of mi- croarray technologies. Thus, mRNA analysis informs us not only about genetic viewpoints of an organism but also about the dynamic changes in environment of that organism. Different mathematical methods have been developed for an alyzing experimental data. In this study, we discuss the modeling approaches and the reasons why we concentrate on models derived from differential equa tions and improve the pioneering works in this field by including affine terms on the right-hand side of the nonlinear differential equations and by using Runge- Kutta instead of Euler discretization, especially, with Heun's method. Here with, for stability analysis we apply modified Brayton and Tong algorithm to time-discrete dynamics in an extended space.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    887183

    Metabolism-oriented multiomics data integration

    Farklı omı̇k verı̇lerı̇n metabolı̇zma odaklı entegrasyonu

    AYCAN ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. ALİ ÇAKMAK

  2. Tez No

    342803

    Quantitative pcr analysis of gene expression in endothelial cells exposed to shear stress at branching points in arteries leading to atherosclerosis

    Kesme maruz kalan endotel hücreleri gen ifadesinin kantitatif pcr analizi stres ateroskleroz yol açan arterlerde noktaları dallanma de

    SIBGHA TAHIR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    GenetikFatih Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NURULLAH ARSLAN

    YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ

  3. Tez No

    887780

    İnsan gen yolaklarında ikâme modelleme ve makine öğrenmesi kullanarak varyant analizi

    Variant analysis in human gene networks using surrogate modelling and machine learning

    FURKAN AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜHA TUNA

  4. Tez No

    400719

    Modelling, simulation, and inferring regulatory networks

    Başlık çevirisi yok

    MAKSAT ASHYRALYYEV

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUniversiteit van Amsterdam

    Matematik Bilgisayar Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. D. C. VAN DEN BOOM

  5. Tez No

    246744

    Analysis of differentially expressed genes in breast cancer: BRCA1-induced gene expression profiles and meta-analysis gene signature

    Meme kanserinde farklılaşmış ifade gösteren genlerin analizi: BRCA1 tarafından indüklenen gen ifade profilleri ve meta-analiz gen imzası

    BALA GÜR DEDEOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. IŞIK G. YULUĞ

Geri Dön