Quantitative pcr analysis of gene expression in endothelial cells exposed to shear stress at branching points in arteries leading to atherosclerosis
Kesme maruz kalan endotel hücreleri gen ifadesinin kantitatif pcr analizi stres ateroskleroz yol açan arterlerde noktaları dallanma de
- Tez No: 342803
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURULLAH ARSLAN, YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Aterosklerosis, Endotel hücreleri, HUVEC, Kayma gerilmesi, Laminer akış, Sürekli olmayan akış, parallel akış kiti, miRNA, qPCR, Atherosclerosis, ECs, HUVECs, Shear stress, Laminar flow, Disturbed flow, Branched kit parallel plate flow chamber, miRNA, qPCR, Ct and miRNA database
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Kardiyovasküler hastalıkların en önemli nedeni olan aterosklerosis sadece sigara kullanımı, hipertansiyon yada yüksek kolesterol gibi risk faktörlerine değil aynı zamanda atardamarların geometrisinede bağlıdır. Akışın geometric şekline bağlı olarak değişen kayma gerilmeleriyle atardamarın düzgün kısımlarında değil daha çok dallanan ve eğimli bölgelerinde yeralır. Düzgün bölgelerde akış laminar akıştır ve yüksek kayma gerilmelerine neden olur, dallanan bölgelerde ise akış düzensiz akış ve düşük kayma gerilmelerine neden olur. Atardamarların iç yüzeyini oluşturan Endotel hücreleri kan akışını alğılar ve kayma gerilmesini dönüştürür buda aterosklerosise neden olan değişik genlerin eksprese olmasına neden olur. Çalışmamızda tarafımızdan imal edilen bir akış kitinin içerisinden geçen akışın HUVEC hücreleri üzerine uyguladığı kayma gerilmesinin etkisini morfolojik ve genetik açıdan analiz ettik. Dinamik benzeşim metodu kullanılarak hücreler üzerine 50 ml/min akış debisi uygulanmıştır. İlk olarak hücrelerin morfolojisi dallanma bölgesinde laminar ve sürekli olmayan akış şartlarında karşılaştırılmıştır. Laminer akışta hücrelerin akışın yönünde uzadığı gözlemlenmiştir. Sürekli olmayan akış altında hücreler poligonal bir şekil almışlardır. İkinci olarak qPCR analizi için HUVEC ler toplanmıştır. Laminer ve sürekli olmayan akış şartlarında gen ekspresyonuna bakılmıştır. Gerçek zamanlı PCR yoluyla elde edilen Ct değerleri, ??Ct analizi ile sürekli olmayan akış bölgesinde 9 miRNAs azaldığı 13 miRNAs ise çoğaldığı gözlemlenmiştir. Etkilenen miRNA lerin miRNA data dosyasından atherosclerosis ile korelasyonuna bakılmıştır. hsa-miR-96 hariç tüm etkilenen miRNAs CVD regülasyonunda bulunmuşlardır. Sonuçlar sürekli olmayan akış bölgesinde düşük kayma vi gerilmesinin miRNA ekspresyonuna neden olduğunu buda atherosclerosis ve diğer kalp problemlerine neden olabileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Atherosclerosis being the most common cause of cardiovascular disease not only depends on risk factors like smoking, hypertension or high cholesterol level but also on the geometry of arteries. It is preferentially located at the branched and curved regions rather than the straight regions of arteries due to the variation in shear stress depending on the pattern of flow. In straight regions of arteries the flow is laminar and exerts high shear stress (HSS) while in branched regions, the flow is disturbed and exerts low shear stress (LSS). ECs lining the inner membrane of arteries sense and transduce blood flow associated shear stress, resulting in expression of various genes that lead to atherosclerosis. In our study, we have analyzed the morphological changes as well as variation in gene expression of HUVECs exposed to shear stress in a newly designed branched kit of parallel plate flow chamber. After dynamic simulation, a flow rate of 50 ml/min was applied over cells. Firstly, the cells were compared in their morphology under laminar and disturbed flow region of branched kit. In laminar flow region HUVECs tend to elongate in the direction of flow whereas in disturbed flow region they showed polygonal shape. Secondly, HUVECs were collected for qPCR analysis. Gene expression of cells under both laminar and disturbed flow region was analyzed. Ct values obtained by real time PCR were then exported for ??Ct analysis by which 9 miRNAs were found to be downregulated and 13 miRNAs upregulated in disturbed flow region as compared to laminar flow region. The affected miRNAs were searched in miRNA database for their target prediction and correlation with atherosclerosis. All the affected miRNAs except hsa-miR-96 were involved in regulating CVD. The resultsiv demonstrated that in disturbed flow region, LSS causes the variation in expression of miRNAs that directly regulate the progression of atherosclerosis and other heart diseases.
Benzer Tezler
- Wharton jölesi mezenkimal kök hücrelerinin endotel hücrelere farklılaşmasında antioksidan moleküllerin rolünün incelenmesi
Determination of the role of antioxidant molecules in differentiation processes of wharton's jelly mesenchymal stem cells into endothelial cells
ÖZGE TEZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR AKAN
- Quantitave real time (q-RT) - PCR Array analysis of miRNA in endothelial cells exposed laminar flow conditions
Düzenli akış şartlarına maruz kalan endotel hücrelerindeki miRNA? ların qRT-PCR Aray metodu ile analizi
HALİME KÜBRA ÖZBAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyomühendislikFatih ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURULLAH ARSLAN
YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ
- İnsan karbonik anhidraz III (CAIII) promotorunun klonlanması ve genin ekspresyon profilinin analizi
Cloning of carbonic anydrase III (CAIII) promoter and expression analysis of gene profile
DERYA OKUYAN
- Investigating the role of pericytes in multiple sclerosis by inducing experimental autoimmune encephalomyelitis in genetically modified mouse models
Transgenik farelerde deneysel alerjik ensefalomiyelitis modeli kullanılarak multipl skleroz hastalığında perisitlerin rolünün incelenmesi
DİLA ATAK
Doktora
İngilizce
2021
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN ÖZDEMİR
DOÇ. DR. ATAY VURAL
- Deneysel meme tümörü modeline bağlı gelişen karaciğer metastazında gliko-gen ifadelerinin ve glikoprotein yapılarının belirlenmesi ve biyobelirteç potansiyellerinin araştırılması
Determination of glyco-gene expressions and glycoprotein structures in liver metastasis due to experimental breast tumor model and investigation of biomarker potential
NEBİYE PELİN TÜRKER
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELVAN BAKAR