Geri Dön

Bazı pamuk (Gossypium spp.) çeşitlerinin mikrosatelit DNA parmak izlerinin belirlenmesi

Determining of microsattelite DNA fingerprinting of some cotton (Gossypium spp.) varieties

  1. Tez No: 169798
  2. Yazar: AYLA ERKILIÇ
  3. Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. MEHMET KARACA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 95

Özet

ÖZET BAZI PAMUK (GOSSYPIUM SPP.) ÇEŞİTLERİNİN MİKROSATELİT DNA PARMAK İZLERİNİN BELİRLENMESİ Ayla ERKILINÇ Yüksek Lisans Tezi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Mehmet KARACA Mayıs 2005, 80 sayfa Bu çalışmada Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan 36 pamuk çeşidi içerisinde ve arasındaki genetik ilişkilerin, morfolojik-agronomik ve Basit Tekrar Sekansları Polimorfizm (BSTP) DNA markır sistemleriyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalar Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü deneme alanlarında ve Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Laboratuvarlarında 2002-2003 yılları arasında yürütülmüştür. Pamuk çeşitleri arasında ve her bir çeşit içerisindeki genetik karışımı belirlemek için 17 morfolojik ve agronomik özellik ölçülmüş ve değerlendirilmiştir. Morfolojik ve agronomik özelliklere ait bilgiler bitkilerin değişik gelişme dönemlerinde elde edildikten sonra Duncan grup testi ile değerlendirilmiştir. Moleküler çalışmalar için en uygun DNA ekstraksiyon metodu ve Basit Tekrar Sekansları Polimorfizmi-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (BTSP-PZR) parametreleri saptanmıştır. DNA ekstraksiyonu için CTAB yöntemi modifiye edilmiş ve BTSP-PZR analizleri için konsantrasyonlar optimum 80 ng genomik DNA, 2.5 mM MgCl2, 0.2 mM deoksiribonükleotidtrifosfatlar (dNTP), 0.4 uM primer çifti, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCI, 0.096% Nonident P40 ve 1 ünite Taq (Thermus aquaticus) DNA polimeraz (20 mM Tris-HCI, pH 8.0, 100 mM KCI, 0.1 mM EDTA pH 8.0, %0.5 Tween 20, %50 gliserol ve %0.5 Igepal CA-630 içeren saklama solüsyonundan) olarak belirlenmiştir. Çalışılan pamuk çeşitlerinin bazılarının saf olmadığı morfolojik gözlemlerle belirlenmiştir. Karışımı minumuma indirmek amacıyla morfolojik olarak benzerlikgösteren çeşitler içerisindeki bireylerden elde edilen genomik DNA'lara ait BTSP-PZR bantlarının varlığı veya yokluğuna göre aileler belirlenmiş ve Neighbor Joining (NJ) metodu yardımıyla PAUP*4.0 programı kullanılarak çeşitler arasındaki genetik ilişkiler saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada BTSP tekniği ve morfolojik-agronomik özelliklerin değerlendirilmesi sonuçlarına dayanılarak Türk pamuk çeşitlerinin genetik temellerinin oldukça dar olduğu, bazı çeşitlerde fiziksel ve genetik karışımın bulunduğu anlaşılmıştır. Çalışmada kullanılan Türk pamuk çeşitlerinin daha kapsamlı bir şekilde değerlendirilmesi için daha fazla sayıda BTSP primer çiftleriyle çalışmaların yapılmasına gereksinim olduğu saptanmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Pamuk (Gossypium spp.), genetik benzerlik, genetik farklılık, BTSP, moleküler markır, morfolojik markır. JÜRİ: Yrd. Doç. Dr. Mehmet KARACA (Danışman) Prof. Dr. Kenan TURGUT Doç. Dr. A. Naci ONUS ıı

Özet (Çeviri)

ABSTRACT DETERMINING OF MICROSATTELITE DNA FINGERPRINTING OF SOME COTTON (GOSSYPIUMSFV.) VARIETIES AylaERKILINÇ M. Sc. Thesis, Department of Field Crops Advisor: Asst. Prof. Dr. Mehmet KARACA May 2005, 80 pages The objective of this study was to determine the genetic relationships within and between 36 cotton varieties growing in Turkey using morphological-agronomical traits and Simple Sequence Repeat Lenght Polymorphism (SSRLP) DNA molecular marker system. Experiments were carried out in the fields of West Akdeniz Agricultural Research Institute and Laboratories of Faculty of Agriculture, Akdeniz University during the growing seasons of 2002 and 2003. In order to determine the genetic mixture within and between cotton varieties 17 morphological and agronomical traits were measured and evaluated. Data for morphological and agronomical traits were obtained from different growth and development stages of the plants and analyzed using Duncan test. The most suitable DNA extraction method and SSRLP-PCR parameters were optimized for molecular studies. A CTAB method was modified for DNA extraction and 80 ng genomic DNA, 2.5 mM MgCİ2, 0.2 mM deoxribonucleotidetriphosphates (dNTPs), 0.4 uM primer pair, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCI, 0.096% Nonident P40 (w/v) and 1 unit Thermus aquaticus DNA polymerase (buffer containing 20 mM Tris-HCI, pH 8.0, 100 mM KCI, 0.1 mM EDTA pH 8.0, 0.5% Tween 200, 50% glycerol and 0.5% Igepal CA- 630) were optimized for SSRLP-PCRs. In this study, analyses showed that some of the cotton varieties were not pure based on seventeen morphological and agronomical observations. In order to minimize mthe effect of genetic mixture, DNA samples collected from those individual plants with similar morphological and agronomical traits were used in SSRLP-PCRs. Amplified products were scored based on the presence or absence of the amplicon and alleles were identified. The genetic relationships among 36 cotton varieties were estimated based on Neighbor Joining (NJ) method using PAUP*4.0 program. In conclusion, based on the morphological and agronomical traits observations and SSRLPs results, this study indicated that Turkish cotton varieties have very narrow genetic base and there were by existence of physical or genetic mixture in some varieties. Further studies are required using more SSRLP primer pairs in order to contribute valuable information about the genetic status of the Turkish cotton varieties. KEY WORDS: Cotton (Gossypium spp.), genetic similarity, genetic distance, SSRLP, molecular marker, morphologic marker. COMMITTEE: Asst. Prof. Dr. Mehmet KARACA (Advisor) Prof. Dr. Kenan TURGUT Assoc. Prof. Dr. A. Naci ONUS IV

Benzer Tezler

  1. Tez No

    842989

    Farklı sulama yöntemleri ve pamuk çeşitlerinin (Gossypium hirsutum L.) bazı emici zararlı türlerin populasyonuna etkisi

    The impact of different genotypes and irrigation methods on the population density of some sucking insects in cotton (Gossypium hirsutum L.)

    RAMAZAN TOPAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VEDAT BEYYAVAŞ

    DOÇ. DR. ÇETİN MUTLU

  2. Tez No

    237253

    Türkiye'de üretilen farklı çiçek ve salgı bal çeşitlerinin bazı kalitatif ve besinsel özellikleri

    Qualitative and nutritional properties of different monofloral and honeydew honeys produced in Turkey

    ÇİLER ÖLMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Gıda MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET MUSA ÖZCAN

  3. Tez No

    834500

    Diyarbakır ili Sur ilçesinde bazı pamuk çeşitlerinde Aphis gossypii Glover (Hemiptera: Aphididae) popülasyonunun belirlenmesi

    Determination of Aphis gossypii glover (Hemiptera: Aphididae) population in some cotton varieties in Sur district of Diyarbakır province, Turkey

    FATOŞ SABANCILAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatSiirt Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET KAPLAN

    PROF. DR. EROL BAYHAN

  4. Tez No

    34293

    Bazı pamuk zararlılarının pamuk çeşidi ve ilaçlama sayısına bağlı olarak populasyon gelişmesinin araştırılması

    A Research on population development of some cotton pests in relation to various cotton varieties and number of insecticide applications

    KADRİYE ÜLGEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    ZiraatAkdeniz Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. HÜSEYİN GÖÇMEN

  5. Tez No

    372556

    Aydın İli ikinci ürün pamuk çeşitlerinde önemli bazı pamuk zararlılarının ve doğal düşmanlarının populasyon değişimlerinin saptanması

    Determination of population changes of some significant cotton pests and natural enemies in after-crop cotton varieties of Aydın province

    SAVAŞ KILIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatAdnan Menderes Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM GENÇSOYLU

Geri Dön