SMP is a rat orthologue of salt-inducible kinase 2
SMP: Tuz-indüklenebilir kinaz 2'nin sıçan ortoloğu
- Tez No: 170449
- Danışmanlar: PROF.DR. KUYAŞ BUĞRA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET SMP: TUZ-İNDÜKLENEBİLIR KİNAZ 2'NİN SIÇAN ORTOLUĞU Bu çalışmada, sıçan retina cDNA bankasından fibroblast büyüme faktörü reseptörü 2'nin sitoplazmik bölgesinin yem olarak kullanıldığı maya ikili-hibrid taramasıyla izole edilen kısmi bir klonun tüm SMP proteinini kodlayan cDNAsmın klonlanması ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Databaz analizi, orijinal SMP dizisinin sıçan genomundaki tahmini bir serin/treonin kinaz geninin 3 'terminalindeki bir bölge ile yüzde 99 örtüştüğünü göstermektedir. Bu varsayılan genin mRNA dizisi fare tuz-indüklenebilir kinaz 2 (SIK2) mRNAsı ile yüzde 90'dan fazla benzerlik göstermektedir. Bu yüzden SMP transkriptinin 5' ucuna doğru ilerlemek amacıyla retina RNAsı kullanılarak, çakışan RT- PZR fragmanları oluşturmak için bu databaz girdilerinin özdeş bölgeleri kullanılmıştır. Bu fragmanların analizi, SMP'nin SIK2'nin sıçan ortoloğu olduğunu ve 16 ekzondan oluşan en az 100 kilobazlık bir gen tarafından kodlandığım göstermektedir. 16. ekzon içindeki alternatif kırpılma boylan 6392, 6489 ve 7000 baz çifti olan 3' ucunda farklılık gösteren 3 transkript oluşturmaktadır. Translasyonun 3 transkript için de ilk ATG'den başladığını, fakat en kısa transkriptin C-ucunda fazladan 12 aa içeren protein kodlarken diğer ikisinin aynı proteini kodladığım öne sürmekteyiz. Oluşan proteinde bir serin/treonin kinaz bölgesi ve bir ubiquitin-ilisik bölge bulunmaktadır. Ayrıca, SH2-, SH3-bağlanma bölgeleri ile bazı serin, treonin ve tirosin fosforlarıma motifleri gözlemlenmektedir. SIK2'nin cAMPye bağlı olarak CREB-bağlantılı gen transkripsiyonunda ve insülin sinyal yolağında fonksiyonu olduğu gösterilmiş ve insülin dirençliliğini indükleyebileceği önerilmiştir. İnsülin dirençliliği tip2 diyabetin bir göstergesidir ve retina çerçevesinde dejenerasyon ve görme kaybma yol açar. Bu sebepten, SIK2 üzerinde yapılacak ileri çalışmalar, genel olarak insülinin merkezi sinir sistemindeki nörotropik rolü yanında retinanın fizyolojisini ve patofizyolojisini anlamamıza katkıda bulunacaktır.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT SMP IS A RAT ORTHOLOGUE OF SALT-INDUCIBLE KINASE 2 This work aimed at cloning and characterization of cDNA encoding full length SMP, of which a partial clone had been isolated from a retinal cDNA library by yeast two hybrid screening using cytoplasmic domain of FGFR2. Database analysis indicated that original SMP sequence showed over 99 per cent homology to a 3 ' region of LOC3 1 5649, a putative serine/threonine kinase gene in rat genome. The predicted mRNA sequence of this putative gene had over 90 per cent similarity to mouse salt-inducible kinase 2 (SIK2) mRNA (AB067780). Thus the identical regions between these database entries were exploited to generate overlapping RT-PCR fragments on retinal RNA templates to crawl towards the 5' end of SMP transcripts. Analysis of these fragments revealed that SMP is the rat orthologue of SIK2, and it is encoded by at least a 100 kb gene consisting of 16 exons. Alternative splicing within the 16th exon generates 3 transcripts with sizes 6392, 6489, 7000 base pairs, the major difference between the three is in their 3'-UTRs. We propose the translation starts at the first ATG for all three, but the shortest transcript encodes a protein that has an additional 12 amino acids at the C-terminal, the other two generate identical proteins. The cognate protein has a serine/threonine kinase domain, an ubiquitin- associated domain, and putative SH2-binding site, SH3-binding sites, as well as putative serine, threonine and tyrosine phosphorylation sites. Since the original SMP clone sequence is found in 3'UTR of SMP transcript, SMP interaction with FGFR2 is artifactual. SIK2 is shown to function in CREB-dependent gene transcription in a cAMP dependent manner and insulin signal pathways and implicated in induction of insulin resistance. Insulin resistance is a hallmark of type2 diabetes, in the retinal context leads to degeneration and vision loss. Therefore, further investigations of SIK2 would contribute to the understanding the physiology and the pathophysiology of retina as well as the neurotophic roles of insulin in the CNS in general.
Benzer Tezler
- Stability boundary investigation via the harmonic balance method on a transonic axial compressor
Bir transonik eksenel kompresörde stabilite sınırının harmonik denge metoduyla incelenmesi
KORAY SEVİNÇ
Doktora
İngilizce
2024
Makine MühendisliğiEge ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UTKU ŞENTÜRK
- DC/DC çevirici yardımıyla doğru akım motor hız kontrolü
DC motor speed control by using DC/DC converter
HALUK TAŞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1990
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. NEJAT TUNCAY
- Meme cerrahisi sonrası seroma gelişiminde nütrisyonun önemi
To determine the importance of nutrition in the development of seroma after breast surgery
BERKE MANOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Genel CerrahiAdnan Menderes ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYKUT SOYDER
- Steroid verilerek yara iyileşmesi bozulan ratlarda karnitinin kolon anastomozu iyileşmesine etkisi
The effect of carnitine on colon anastomosis in rats in which wound healing is impaired by steroid administration
BURÇİN SOLGUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
Genel CerrahiKırıkkale ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. KUZEY AYDINURAZ
- Wave propagation in lineary tapared homogeneous dielectric waveguides
İki boyutlu homojen dielektrik kama içerisinde dalga propagasyonu
BURAK POLAT
Yüksek Lisans
İngilizce
1995
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. ERCAN TOPUZ