ARB pozitif balgam örneklerinde genotype-MTBDR yöntemi ile mycobacterium tuberculosis complexin bewlirlenmesi ve izoniazid ve rifampisin direncinin saptanması
The definition of mycobacterium tuberculosis complex and the determination of isoniazid and rifampicin resistance with genotype MTBDR in ARB positive sputum samples
- Tez No: 175219
- Danışmanlar: PROF. DR. HALİL KURT
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: Antitüberküloz ilaç duyarlılığı, GenoType-MTBDR, İzoniazid, Moleküler yöntemler, Rifampisin 71, Anti-tuberculous drug susceptibility, GenoType-MTBDR, Isoniazid, Molecular methods, Rifampicin 73
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
ÖZET ARB Pozitif Balgam Örneklerinde Genotype-MTBDR Yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis complex'in Belirlenmesi ve izoniazid ve Rifampisin Direncinin Saptanması Tüberküloz, bugün dünyada en sık görülen enfeksiyon hastalıklarından biridir.Tüberikülozda ortaya çıkardığı bir sorundur. Kötü kontrol programları, düzensiz ve uygunsuz ilaç kullanımı Çok İlaca Dirençli (ÇİD) tüberkülozun ortaya çıkmasına ve her geçen gün artmasına sebep olmuştur. ÇİD tüberkülozun kontrol ve etkin tedavisinde en önemli nokta ise tanı ve direncin erken saptanmasıdır. Mycobacterium tuberculosis Complex (MTC)'in; klasik yöntemler ile üretilmesi ve duyarlılık testlerinin sonuçlandırılması hem uzun zaman almakta hem de zahmetli olmaktadır. Günümüzde bu amaçla daha kısa zamanda sonuçlanan moleküler yöntemler geliştirilmiştir. Bunlardan, LİPA (Line İmmun Probe Assay) esasına dayalı olarak çalışan GenoType-MTBDR yeni kullanıma giren bir testtir. Tek bir kitle MTC tanısı konulup diğer yöntemlerden farklı olarak aynı anda hem İNH hem de RİF direnç ve mutasyonları saptanabilmektedir. Bu çalışmada; L-J besiyerinde proporsiyon yöntemi referans yöntem kabul edilerek, ARB pozitif balgam örneklerinde direkt olarak GenoType- MTBDR ile MTC'nin tanımlanması, İNH ve RİF direnç ve mutasyonlarının saptanıp bu yeni yöntemin etkinliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda öncelikle agar proporsiyon yöntemi ile 50 susta İNH, RİF, EMB ve SM duyarlılıkları belirlenmiştir. Suşların %56'sı her 4 ilaca da duyarlı iken %44 oranında en az bir ilaca karşı direnç, %20 oranında en az 2 ilaca karşı direnç, %6 oranında ise her 4 ilaca karşı direnç saptanmıştır. İNH direnci %26, RİF direnci %24, EMB direnci %6, SM direnci %26 ve ÇİD tüberküloz oranı %16 olarak tespit edilmiştir. Fakat çalışmamızdaki örnek sayısı azdır, çünkü araştırmamızdaki asıl amacımız GenoType-MTBDR yönteminin etkinliğini değerlendirmektir. Bu nedenden dolayı direnç oranlarının tam olarak bölgemize ait sonuçları yansıtmayacağı kanaatindeyiz. Ayrıca proporsiyon yöntemi ile 12 RİF direnci saptanan balgam örneğinin 8'inde (%66) aynı zamanda İNH direnci de saptanmıştır. Daha önceki çalışmalarda ise bu oran %90-95 olarak bildirilmektedir. Bu düşük oran yine örnek sayısının az olmasına bağlanmıştır. 50 balgam örneğinin 49'unda GenoType-MTBDR test yöntemi ile MTC tanısı konulup İNH ve RİF duyarlılıkları belirlendi. Bu 50 balgam örneğinden sadece birinde MTC tanısı konulamadı (%2). İNH duyarlılık sonuçları açısından, proporsiyon ve GenoType-MTBDR yöntemleri arasında %90; RİF duyarlılık sonuçları açısından iki yöntem arasında %79.5 oranında uyum saptanmıştır. GenoType MTBDR yönteminin İNH için sensitivite, spesifite, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değerleri sırasıyla; %84.6, %91.6, % 78 5 ve %94.2; RİF için ise %50, %89.1, %60 ve %84.6 olarak tespit 70edilmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda GenoType-MTBDR'nin, İNH direncini belirlemede daha uygun bir test olduğu kanaatine varılmıştır. Çalışmamızda hem İNH hem de RİF için daha önceki çalışmalarda bildirilmemiş bir mutasyon saptanmamıştır. Her iki yöntemle de İNH dirençli 1 1 suşun hepsinde de katG geninde S315T1 mutasyonu tespit edilmiştir. RİF direnci saptanan 6 susun; 1'inde S531L, 1'inde D516V mutasyonu saptanırken diğer 4'ünde ise farklı WT bölgelerinde hibridizasyon oluşmamıştır. Sonuç olarak; GenoType-MTBDR hızlı, uygulaması kolay, emniyetli, tek bir kit ile MTC tanısını koyup hem İNH hem de RİF direncini belirleyebilen bir testtir. Fakat çalışmamız sonuçlarında da görüldüğü gibi test için kültürde üretilmiş izolatlar yerine direkt balgam örnekleri kullanıldığında spesifite ve sensitivitesi düşmektedir. Bundan dolayı, ÇİD tüberküloz açısından yüksek riskli hastalarda GenoType-MTBDR'nin rutin laboratuvarlarda kullanımına başlanmadan önce konvansiyonel yöntemlerin altın standart olarak kabul edildiği daha ileri çalışmalara ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
SUMMARY The Definition Of Mycobacterium tuberculosis complex and The Determination Of Isonıazıd And Rifampicin Resistance With GenoType MTBDR in ARB Positive Sputum Samples Currently, tuberculosis is one of the most commonly seen infectious diseases. The development of drug resistance in tuberculosis is an emerging problem appears with the initiation of chemotherapy by mankind. Poor control programs, irregular and inappropriate drug usage are the reasons for the development and increasing rate of multi-drug resistant (MDR) tuberculosis. Most important point for the control and effective treatment of MDR tuberculosis is early diagnosis and rapid determination of resistance. The cultivation of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), the identification of strains and the conclusion of susceptibility tests by classical methods need long time beyond their difficulty. The molecular methods were developed so as to shorten the duration of the tests, currently. One of these, GenoType-MTBDR, based on LIPA (Line Immun Probe Assay) principle, was introduced on routine daily practices, recently. Distinct to the other methods, GenoType-MTBDR is able to detect the presence of mutations and predict resistance to both INH and RIF. In this study; the aim is the definition of MTC, the detection of INH and RIF resistance and mutations with GenoType-MTBDR directly in ARB positive sputum samples, accepting Agar Proportion method on L-J medium as reference and the determination of the effectiveness of this new method. In our study, among 50 strains with the proportion method; 56% were susceptible to four drugs (INH, RIF, EMB, SM), 44% were resistant to at least one drug, 20% were resistant to at least two drugs, 6% were resistant to all four drugs. The resistance of INH, RIF, SM, and EMB were 26%, 24%, 26%, 6%, respectively. The rate of MDR was 16%. However, the sample size of our study is thought to be insufficient to reflect the results from our region, because our study was designated to determine the effectiveness of GenoType-MTBDR method. Furthermore, INH resistance was also detected in 8 (66%) of 12 RIF resistant isolates. This ratio was reported as 90-95% in previous studies. This low rate is also linked to the small sample size. In 49 of 50 sputum samples, MTC was defined and INH and RIF resistance and mutations were detected with GenoType-MTBDR method. MTC could not be defined in 1 of 50 (2%) samples. For INH the concordance between the MTBDR assay and the proportion method was 90%; for RIF the concordance was 79.5%. Compared to the proportion method, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value for INH were 84.6%, 91.6%, 78.5% and 94.2%, and for RIF were 50%, 89.1%, 60% and 84.6%, respectively. Through these results, GenoType- MTBDR was convicted to be favorable test for the detection of INH resistance. In our study, no mutations for INH and RIF were determined different from those reported previously. Ser315T1 mutation in katG gene was found 72in all 11 INH resistant isolates. Among 6 RIF resistant strains; one S531L mutation, one D516V mutation was detected. There were no hybridization patterns in WT region of the other four strains. In conclusion; GenoType-MTBDR is a rapid, easy to perform test for definition of MTC and the detection of INH - RIF resistance and mutations with single kit. However, the test appears to have relatively lower sensitivity and specificity when used directly on sputum specimens. More evidence is needed before GenoType-MTBDR can be used among populations at high risk for MDR tuberculosis in routine daily practice, with considering cultural andarcL
Benzer Tezler
- Tüberkülozun tanısında polimeraz zincir reaksiyon yönteminin değeri ve N-acetyl-L-cystein'nin bu yöntemin duyarlılığı üzerine etkisi
Başlık çevirisi yok
MEHMET SAİT TEKEREKOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Mikrobiyolojiİnönü ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RIZA DURMAZ
- Klinik örneklerden mycobacterium tuberculosis tanısında kullanılan moleküler yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparision of molecular methods used for diagnosis of mycobacterium tuberculosis in clinical specimens
OLKAR ABDULMAJED
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. NEDRET KOÇ
- Tüberküloz plörezide akciğer parankim tutulumunun değerlendirilmesi
The evaluation of lung paranchymal involvement in tuberculous pleurisy
ERSİN DEMİRER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Göğüs HastalıklarıGATAGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET İLVAN
- Ocak 2005 - Şubat 2010 tarihleri arasında hastanemizde izlediğimiz tüberkülozlu çocukların retrospektif değerlendirilmesi
A retrospective evaluation of children who diagnosed with tuberculosis in or hospital between January 2005 - February 2010
SEMİR NEHİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıOndokuz Mayıs ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLNAR ŞENSOY
- Akciğer grafisine göre tüberküloz kuşkusu olan yayma negatif hastalarda bronş lavajı ve transbronşiyal biyopsinin tanısal değeri
Başlık çevirisi yok
SEYFETTİN GÜMÜŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Göğüs HastalıklarıGATAGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN DEMİRCİ