Expression profiling in response to Ascochyta rabiei inoculations in chickpea
Ascochyta rabiei inokulasyonlarına karşı nohutta oluşan ekspresyon profili
- Tez No: 176911
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, YRD. DOÇ. DR. MÜCELLA TEKEOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Ziraat, Biotechnology, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 279
Özet
Bu tezde, tolerant nohut (Cicer arietinum) çeşidi ILC195 ve çeşitli düzeyde patojeniteye sahip fungus izolatları kullanılarak, Ascochyta rabiei enfeksiyonuna karşı ifade gösteren nohut gen veya gen parçalarının tanımlanması amaçlanmıştır. Nohutta ifade olan gen parçalarının elde edilmesi için dayanıklılık geni analoglarının (RGA) ve hastalıkla ilişkili genlerin PCR yöntemiyle çoğaltılması ve mRNA farklılık gösterimi ters transkripsiyonu (DDRT) kullanılmıştır. Sabit veya farklı şekilde ifade olan PCR ürün parçaları klonlanarak dizi analizleri yapılmıştır. Yaklaşık 300 klon içinden, 160 dizi (ifade olan dizi etiketleri, ETS) analiz edilebilmiş ve bu diziler çalışmada verilmiştir. Bu EST'lerden yaklaşık 100 adedi tahmini ?moleküler işlev?, ?biyolojik işlem? ve ?hücre bileşeni?ne göre sınıflandırılmıştır. Bu EST'lerin kodladığı ürünlere ait en çok görülen tahmini işlevler ?Protein Yazgısı?, ?Metabolizma?, ?Hücre Kurtarma, Savunma ve Virulans?, ?Transkripsiyon?, ?Taşıma?, ?Enerji? ve ?Hücre Yazgısı?dır. Bir izolatla enfekte edilmiş ILC195'nin tepkisinin, başka bir dirençli nohut genotipi (FLIP84-92C)/A.rabiei patotipi sistemiyle karşılaştırılması amacıyla, altı EST gerçek zamanlı kantitatif RT-PCR analizine tabi tutulmuştur. Bu genlerden bazıları değişik nohut/A.rabiei izolatı kombinasyonlarında farklı şekilde ifade olmuştur. Tüm bu kombinasyonlarda yüksek derecede ifade olan EST'ler bir format dehidrogenaz (metabolizma ve detoksifikasyon), bir serin karboksipeptidaz (protein yazgısı ve haberleşme) ve alkil-CoA sentetaz olabilecek bir varsayımsal proteindir. EST'lere özgü primerlerle bir genetik haritalama çalışması yapılmış ve iki EST etiketi güncel nohut genetik haritasına yerleştirilmiştir. Ancak, bunların A.rabiei dayanıklığına ilişkin bilinen nohut kantatif karakter lokuslarıyla genetik bağlantısı olmadığı görülmüştür.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to identify chickpea (Cicer arietinum) genes or gene fragments expressed upon Ascochyta rabiei infection using a tolerant chickpea cultivar ILC195 and fungal isolates with varying level of pathogenicity. PCR amplification of resistance gene analogs (RGA) and disease related genes, and mRNA differential display reverse transcription (DDRT) were used to get these expressed gene fragments in chickpea. The constitutively or differentially expressed PCR product fragments were cloned and sequenced. Out of nearly 300 clones, 160 sequences (expressed sequence tags, ESTs) could be analyzed and these sequences were disclosed in this study. About 100 of these ESTs were classified according to predicted ?molecular function?, ?biological process? and ?cellular component?. The most common ppredicted functions of the products coded by these ESTs were ?Protein Fate?, ?Metabolism?, ?Cell Rescue, Defense and Virulence?, ?Transcription?, ?Transport?, ?Energy?, and ?Cell Fate?. Six ESTs were subjected to Real-Time quantitative RT-PCR analysis to compare the response of ILC195 infected by one A.rabiei isolate with another resistant chickpea genotype (FLIP84-92C)/A.rabiei pathotype system. Some of these genes were differentially expressed among different chickpea/A.rabiei isolate combinations. Highly upregulated ESTs in all these combinations were a formate dehydrogenase (metabolism and detoxification), a serine carboxypeptidase (protein fate and communication) and a hypothetical protein probably similar to acyl-CoA synthetases. A genetic mapping study was carried out with EST specific primers and two EST markers were assigned in the current chickpea genetic map. However, no genetic linkage of them was detected with known chickpea quantitative trait loci for A.rabiei resistance.
Benzer Tezler
- Kara hardal (Brassica nigra) bitkisinde bakır stresiyle ilişkili bazı genlerin anlatımsal profillemesi.
The expression profiling of some genes associated with copper stress from black mustard (Brassica nigra).
YASEMİN YILDIZHAN
Doktora
Türkçe
2015
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ
DR. BİRSEN CEVHER KESKİN
- Studies on the controlling network of S. cerevisiae via expression profiling
Gen anlatım profili ile Saccharomyces cerevısıae'nın kontrol ağı üzerine çalışmalar
AYÇA CANKORUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- NF-KB transkripsiyon faktörleri üzerinde flavonoid etkisinin endometrium hücre soyları kullanılarak araştırılması
The effect of flavonoids on NF-ΚB transcription factors in endometrial cancer cell lines
ZEYNEP BİRSU ÇİNÇİN
- Kronik hepatit C enfeksiyonunda rol oynayan hücreler arası mikroRNA'ların saptanması
Investigation of circulating microRNAs playing role in chronic hepatitis C infection
SARA ALTUNTAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Hepatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYİ
- Unmasking of epigenetically silenced genes and identification of transgelin as a potential methylation biomarker in breast cancer
Meme kanserinde epigenetık olarak susturulmuş genlerin açığa çıkarılması ve transgelin geninin potansiyel bir metilasyon belirteçi olarak tanımlanması
NİLÜFER SAYAR
Doktora
İngilizce
2015
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ