Expression profiling in response to Ascochyta rabiei inoculations in chickpea
Ascochyta rabiei inokulasyonlarına karşı nohutta oluşan ekspresyon profili
- Tez No: 176911
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, YRD. DOÇ. DR. MÜCELLA TEKEOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Genetik, Biotechnology, Agriculture, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Ascochyta rabiei, Genetik haritalama, Nohut, Ascochyta rabiei, Genetic mapping, Chickpea
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde, tolerant nohut (Cicer arietinum) çeşidi ILC195 ve çeşitli düzeyde patojeniteye sahip fungus izolatları kullanılarak, Ascochyta rabiei enfeksiyonuna karşı ifade gösteren nohut gen veya gen parçalarının tanımlanması amaçlanmıştır. Nohutta ifade olan gen parçalarının elde edilmesi için dayanıklılık geni analoglarının (RGA) ve hastalıkla ilişkili genlerin PCR yöntemiyle çoğaltılması ve mRNA farklılık gösterimi ters transkripsiyonu (DDRT) kullanılmıştır. Sabit veya farklı şekilde ifade olan PCR ürün parçaları klonlanarak dizi analizleri yapılmıştır. Yaklaşık 300 klon içinden, 160 dizi (ifade olan dizi etiketleri, ETS) analiz edilebilmiş ve bu diziler çalışmada verilmiştir. Bu EST'lerden yaklaşık 100 adedi tahmini ?moleküler işlev?, ?biyolojik işlem? ve ?hücre bileşeni?ne göre sınıflandırılmıştır. Bu EST'lerin kodladığı ürünlere ait en çok görülen tahmini işlevler ?Protein Yazgısı?, ?Metabolizma?, ?Hücre Kurtarma, Savunma ve Virulans?, ?Transkripsiyon?, ?Taşıma?, ?Enerji? ve ?Hücre Yazgısı?dır. Bir izolatla enfekte edilmiş ILC195'nin tepkisinin, başka bir dirençli nohut genotipi (FLIP84-92C)/A.rabiei patotipi sistemiyle karşılaştırılması amacıyla, altı EST gerçek zamanlı kantitatif RT-PCR analizine tabi tutulmuştur. Bu genlerden bazıları değişik nohut/A.rabiei izolatı kombinasyonlarında farklı şekilde ifade olmuştur. Tüm bu kombinasyonlarda yüksek derecede ifade olan EST'ler bir format dehidrogenaz (metabolizma ve detoksifikasyon), bir serin karboksipeptidaz (protein yazgısı ve haberleşme) ve alkil-CoA sentetaz olabilecek bir varsayımsal proteindir. EST'lere özgü primerlerle bir genetik haritalama çalışması yapılmış ve iki EST etiketi güncel nohut genetik haritasına yerleştirilmiştir. Ancak, bunların A.rabiei dayanıklığına ilişkin bilinen nohut kantatif karakter lokuslarıyla genetik bağlantısı olmadığı görülmüştür.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to identify chickpea (Cicer arietinum) genes or gene fragments expressed upon Ascochyta rabiei infection using a tolerant chickpea cultivar ILC195 and fungal isolates with varying level of pathogenicity. PCR amplification of resistance gene analogs (RGA) and disease related genes, and mRNA differential display reverse transcription (DDRT) were used to get these expressed gene fragments in chickpea. The constitutively or differentially expressed PCR product fragments were cloned and sequenced. Out of nearly 300 clones, 160 sequences (expressed sequence tags, ESTs) could be analyzed and these sequences were disclosed in this study. About 100 of these ESTs were classified according to predicted ?molecular function?, ?biological process? and ?cellular component?. The most common ppredicted functions of the products coded by these ESTs were ?Protein Fate?, ?Metabolism?, ?Cell Rescue, Defense and Virulence?, ?Transcription?, ?Transport?, ?Energy?, and ?Cell Fate?. Six ESTs were subjected to Real-Time quantitative RT-PCR analysis to compare the response of ILC195 infected by one A.rabiei isolate with another resistant chickpea genotype (FLIP84-92C)/A.rabiei pathotype system. Some of these genes were differentially expressed among different chickpea/A.rabiei isolate combinations. Highly upregulated ESTs in all these combinations were a formate dehydrogenase (metabolism and detoxification), a serine carboxypeptidase (protein fate and communication) and a hypothetical protein probably similar to acyl-CoA synthetases. A genetic mapping study was carried out with EST specific primers and two EST markers were assigned in the current chickpea genetic map. However, no genetic linkage of them was detected with known chickpea quantitative trait loci for A.rabiei resistance.
Benzer Tezler
- A systems biology approach for the identification of gene expression signatures for cancer diagnosis, prognosis, and response to radiotherapy
Sistem biyolojisi yaklaşımlarıyla kanserin tanısı, prognozu ve radyoterapiye yanıt için gen ekspresyon imzalarının tanımlanması
HALİL İBRAHİM TOY
Doktora
İngilizce
2022
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH
- Sıçan pankreatik beta hücre hattında (INS-1E) lipotoksisiteye verilen cevapta fonksiyon gösteren parkin proteininin regülasyonunda rol alan mikroRNA'ların saptanması
Detection of microRNAs in the regulation of parkin protein functioning in the response to lipotoxicity in rat pancreatic beta cell line (INS-1E)
HATİCE PINAR BAYSAN ÇEBİ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Farelerde DNA aşısı ile oluşturulan mavidil serotip 4'e spesifikbağışıklık yanıta ilişkili miRNA profilinin belirlenmesi
Determination of miRNA profile related to bluetongue serotype 4-specific immune response induced by DNA vaccine in mice
ZÜLEYHA BAYRAM
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DEMET CANSARAN DUMAN
- Türkiye Karadeniz Bölgesi Aedes albopictus popülasyonlarında defensin-C geninin moleküler karakterizasyonu, filogenetik analizi ve probiyotik lactococcus lactis uygulamasına bağlı ekspresyon düzeyinin incelenmesi
Molecular characterization, phylogenetic analysis and expression profiling of the defensin-c gene in Aedes albopictus populations from the Black Sea Region of Türkiye following probiotic lactococcus lactis treatment
TUNCER BİÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
ParazitolojiErciyes ÜniversitesiVeterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
- Fumarik asitin diyabetik sıçan modelinde yara iyileşmesi üzerindeki etkilerinin in vivo olarak araştırılması
In vivo investigation of the effects of fumaric aciid on wound healing in a diabetic rat model
FEYZA BENGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi Biyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN ONARAN