Unmasking of epigenetically silenced genes and identification of transgelin as a potential methylation biomarker in breast cancer
Meme kanserinde epigenetık olarak susturulmuş genlerin açığa çıkarılması ve transgelin geninin potansiyel bir metilasyon belirteçi olarak tanımlanması
- Tez No: 409107
- Danışmanlar: DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Onkoloji, Biology, Genetics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 217
Özet
Tümör baskılayıcı genler (TBG), kanserde sıklıkla DNA hipermetillenmesi ve histon asetil modifikasyonlarının kaldırılması gibi epigenetic mekanizmalar ile baskılanmaktadır. 5-aza-2'-deoksisitidin (AZA) ve Trikostatin A (TSA), DNA metillenmesini ve histon deasetilaz aktivitesini engelleyen, anti-kanser amaçlı kullanılan ilaçlardır. Bu çalışmada, meme kanserinde epigenetik olarak baskılanan aday TBG'leri tanımlamak için, iki meme kanseri ve bir normal meme hücre hattı, AZA ve/veya TSA, ve DMSO (kontrol) ile muamele edilip, mikrodizin analizleri ile epigenetik mekanizmalardan etkilenen genler ve yolaklar açığa çıkarılmıştır. 32 aday genin incelenmesi sonucu Transgelin (TAGLN) geni meme kanseri hücrelerinde, ve normal eşlerine göre tümörlerin %61.9'unda bisülfit sekanslama yöntemi ile; mikrodizin veri analiz yöntemi ile ise meme tümörlerinin %63.02'sinde metillenme ile baskılanan aday bir TBG olarak öne çıkmıştır. Hastaların yüksek sağkalım oranlarının düşük TAGLN metillenme skorları ile ilişkili olduğu, ve TAGLN metillenme değerlerinin, tümör dokularını %83.14 hassaslık ve %100 özgünlük değerleri ile tespit edebildiği gösterilmiştir. qRT-PCR ve immün-histokimya analizleri TAGLN ifadesinin, meme kanseri hücre hatlarında, ve normal meme dokusuyla kıyaslandığında birbirinden bağımsız üç meme tümörü panelinde anlamlı olarak düşük ifade edildiğini göstermiştir. Ayrıca TAGLN gen ifadesinin iyi prognoz faktörleri ile ilişkili olduğu anlaşılmıştır. Meme kanseri hücrelerindeki işlevsel çalışmalar, transgelinin hücrelerin proliferasyon yeteneğini negatif etkilediğini göstermiş olup, epitel-mezenkimal dönüşüm (EMD) belirteçleri ile yapılan analizler ise TAGLN'in meme kanserinde EMD ile ilişkili olabileceğine işaret etmektedir. Kısaca, TAGLN geninin meme kanserinde promotör DNA metillenmesi ile susturulması, kanser hücrelerine büyüme avantajı sağlarken, aynı zamanda meme kanseri tanı ve prognozu için de iyi bir biyo-belirteç olmasını mümkün kılmaktadır.
Özet (Çeviri)
Tumor suppressor genes (TSG) are frequently silenced in cancer by epigenetic mechanisms, including promoter DNA hypermethylation and repressive chromatin formation by means of histone deacetylation. 5-aza-2'-deoxycytidine (AZA) and Trichostatin A (TSA) are DNA methyl-transferase and histone deacetylase inhibitors, respectively, and are used as anti-cancer agents for induction of epigenetically suppressed genes. In this study, in an attempt to unmask epigenetically suppressed potential TSGs in breast cancer, two breast carcinoma cells and one non-tumorigenic breast cell line were treated with AZA and TSA, either separately or in combination, and with DMSO as control. Afterwards, high-throughput expression profiling revealed significantly affected genes and pathways in response to epigenetic induction in each cell line. Analysis of 32 candidate genes highlighted Transgelin (TAGLN) as a putative TSG that is frequently downregulated by promoter DNA hyper-methylation in breast cancer cell lines, and in 61.9% of normal-paired breast tumors according to bisulfite sequencing; and in 63.02% of unpaired breast tumor tissues as determined by bioinformatics analyses of public microarray data. Both relapse-free and overall survivals of patients were more favorable with lower TAGLN methylation. Moreover, TAGLN promoter methylation levels diagnosed tumors tissues with 83.14% sensitivity and 100% specificity. qRT-PCR and IHC experiments demonstrated that, TAGLN was persistently downregulated in breast cancer cell lines in comparison to non-tumorigenic cells; and in three independent sets of breast tumor tissues, compared to normal tissues. Furthermore, TAGLN expression was associated with good prognostic factors. Functional analyses in breast cancer cells revealed negative effect of transgelin on colony formation abilities of cells, and analyses with epithelial-to-mesenchymal (EMT) markers implicate an association of transgelin with EMT status of breast cancer. In short, TAGLN downregulation by promoter DNA hypermethylation in breast cancer could serve as a growth advantage to the breast cancer cells, while it could be used as a diagnostic or prognostic biomarker for breast cancer.
Benzer Tezler
- Televizyonda değişen izleyici katılımı: Ekran stüdyo gerilimi
Television audience participation in transition: Screen and studio tension
SELDA TUNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
İletişim BilimleriMarmara ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURÇAY TÜRKOĞLU
- Fabrication and functionalization of reactive polymeric coatings for biomedical applications
Biyomedikal uygulamalar için reaktif polimerik kaplamaların üretimi ve işlevselleştirilmesi
TUĞÇE NİHAL GEVREK CİVAN
Doktora
İngilizce
2017
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AMİTAV SANYAL
PROF. DR. RANA SANYAL
- Orthogonally functionalizable maleimide based styrenic polymers
Ortogonal olarak işlevselleştirilebilen maleimid kökenli stirenli polimerler
İDİL İPEK YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Polimer Bilim ve TeknolojisiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RANA SANYAL
- Maleimide based thiol reactive hydrogels and polymers from orthogonally functionalizable biodegradable dendrons
Ortogonal olarak işlevselleştirilebilen biyobozunur dendronlardan elde edilen maleimid kökenli tiol reaktif hidrojel ve polimerler
SEBLA ONBULAK
- Subjektif tinnituslu bireylerde zamansal ve eşiküstü işitsel işlemlemenin değerlendirilmesi
Evaluation of temporal and suprathreshold auditory processing in individuals with subjective tinnitus
KÜRŞAD KARAKOÇ
Doktora
Türkçe
2024
Kulak Burun ve BoğazAnkara ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEM MEÇO