Detection of differentially expressed genes upon compatible and incompatible inoculation of wheat with yellow rust using suppression subtractive hybridization (SSH)
Hassas ve dayanıklı buğdaylarda sarı pas enfeksiyonu üzerine farklı anlatım yapan genlerin baskılayıcı çıkarım hibridizasyonu (SSH) yöntemi ile belirlenmesi
- Tez No: 177454
- Danışmanlar: PROF.DR. MAHİNUR AKKAYA, Y.DOÇ.DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Buğday, sarı pas, baskılayıcı çıkarım hibridizasyonu (SSH), cDNA kütüphanesi, farklı gen ifadesi, Wheat, yellow rust, suppression subtractive hybridization (SSH), cDNA library, differential gene expression
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 215
Özet
Sarı pas hastalığı buğday üretimindeki en önemli sorunlardan biridir. Tüm dünyada oldukça fazla ürün kaybına neden olmaktadır. Çesitli sarı pas patotiplerine karsı direnç ve hassasiyet gösteren buğday çesitleri mevcuttur. Bu çalısmada, buğdayda hastalık ve direnç durumlarında anlatımı artan genler tespit edilmeye çalısılmıstır Sonuç olarak hastalık mekanizmasında hayati rol oynayan genlerin belirlenmesi amaçlanmıstır. Bu çalısmada benimsenen yaklasım, bitki-patojen etkilesimi çalısmalarında yaygın olarak uygulanan stratejiden farklıdır; patojenle etkilesim üzerine hastalık ya da direnç gösteren bitkileri hiçbir etkilesime sokulmayan kontrol bitkileriyle karsılastırmak yerine, bu çalısmada yapılan çıkarımlardan birisinde hastalık gelistiren bitki Tester, direnç gösteren bitki Driver olarak alınmıs, diğer çıkarımda ise tam tersi bir karsılastırma yapılmıstır. Böylece bitki-patojen etkilesiminde hastalık ve direnç durumlarındaki transkriptomların doğrudan karsılastırılması amaçlanmıstır. Baskılayıcı Çıkarım Hibridizasyonu yöntemi kullanılarak çıkarımlı cDNA kütüphaneleri kurulmustur. Biri, uyumlu bir etkilesimi tester örneği, uyumsuz bir etkilesimi ise driver örneği olarak alan SSH1 (D-R) ve diğeri, uyumsuz bir etkilesimi tester örneği, uyumlu bir etkilesimi driver örneği olarak alan SSH2 (R-D) olmak üzere iki çıkarım gerçeklestirilmistir. Sonuçta SSH1 (D-R) (1536 klon) ve SSH2 (R-D) (1152 klon) kütüphaneleri elde edilmis ve bu kütüphaneler için dizin analizi yapılmıstır. Dizin analizi sonuçları Blast N ve Blast X analizlerine tabi tutulmustur. Bitki hastalıklarıyla ilgili daha önce yapılan çalısmalarda sıklıkla vurgulanan bir grup geni kütüphanelerimizin Blast N benzerlik sonuçları içerisinde aradık. Bu genlerden 19 tanesinin kütüphanelerimizde de bulunduğunu gördük. Bu genlerin bu çalısmada arastırılan etkilesimlerdeki öne sürülen anlatım artısını tartıstık. Bu genlerin kütüphanelerimizde bulunması, bulduğumuz dizinlerin gerçekten de çalısmamızda yapılan karsılastırmalarda anlatımı artan genlere ait olduğunu önererek sonuçlarımızın güvenilirliğini artırmaktadır. Böylece islevi bilinen genlere benzerlik gösteren diğer dizinlerin de ilerideki çalısmalara konu olabilecek aday genleri temsil edebileceğini düsündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Yellow rust disease is one of the most important problems in wheat production. It causes substantial yield losses throughout the world. There are resistant and susceptible wheat varieties to various yellow rust pathotypes. In this thesis genes that are induced in wheat, in virulence and avirulence conditions upon yellow rust inoculations were investigated. Consequently, it was aimed to identify genes that may be playing critical roles in the disease resistance mechanism. The strategy was to construct subtracted cDNA libraries from resistant and susceptible plants and analyse the sequences obtained from these libraries. The subtraction approach in this study differs from the common subtraction designs implicated in plant-pathogen interactions; instead of comparing a compatible or an incompatible interaction with a control, one of the subtractions in this study is done taking a compatible interaction as the tester and an incompatible one as the driver, and the second subtraction, vice versa. Therefore, it was intended to compare the transcriptomes from compatible and incompatible plant-pathogen interactions directly. Suppression Subtractive Hybridization method was used to construct subtracted cDNA libraries. Two subtractions were performed; SSH1 (D-R), taking a compatible interaction as the tester sample and an incompatible one as the driver sample, and SSH2 (R-D), taking an incompatible interaction as the tester sample and a compatible one as the driver. In the end, two subtracted cDNA libraries, SSH1 (D-R) library (1536 clones) and SSH2 (R-D) library (1152 clones) were obtained and the libraries were sequenced. Sequence results were subjected to BlastN and BlastX analysis. We looked for a group of genes that were frequently emphasized in plant disease related studies when we searched within the Blast N homology results of the two libraries. We found out that 19 such genes are present in our libraries. We discussed supposed induction of these genes in the interactions investigated in our study. The fact that these genes were found to be present in our libraries enhances the reliability of our results suggesting that the gene sequences we found indeed belong to genes differentially expressed in the respective comparisons investigated in our study. As such, it also implies that other sequences that were found similar to genes of known functions may represent candidate genes as subjects of further studies investigating wheat-yellow rust interactions.
Benzer Tezler
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- A study on RNA and protein effectors of transcription factor activity and gene expression
Transkripsiyon faktörü aktivitesi ve gen ifadesinde RNA ve protein etkenleri üzerine bir çalışma
AYŞE DERYA CAVGA
Doktora
İngilizce
2019
BiyofizikKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Analysis of the promoter of the barley gene, blt4.9, which encodes a lipid transfer protein
Bir lipid transfer protein kodlayan arpa geni blt4.9'un promotör analizi,
ŞENAY VURAL KORKUT
Doktora
İngilizce
2000
BiyoteknolojiUniversity of Newcastle upon TyneMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MONICA HUGHES
- Genel şekilli plakların serbest titreşimlerinin sonlu elemanlar kullanılarak hesabı
Free vibrations of thin arbitrory shaped plates using finite element method
ERKAN ŞAHMAL
- Application of computational biology approaches for the investigation of the molecular mechanisms of cancer across taxonomic groups
Farklı taksonomik gruplarda kanserin moleküler mekanizmalarının hesaplamalı biyoloji uygulamalarıyla araştırılması
IŞIL TAKAN
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASİA PAVLOPOULOU
