Dormant patates yumrularından PVX, PLRV, PVS ve PVY virüslerinin belirlenmesinde multiplex RT-PCR tekniğinin kullanılabilirliğinin araştırılması
The investigation the usage of the technic multiplex RT-PCR which defines the viruses PVX, PLRV, PVS and PVY from inactive potato tubers
- Tez No: 177742
- Danışmanlar: DOÇ.DR. HİDAYET BOSTAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Ziraat, Biology, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: VİRÜS, PCR, m-RT-PCR, PATATES, SERTİFİKASYON
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
PLRV, PVS, PVX ve PVY virüslerinin hepsi ile enfekteli olduğu belirlenen Agria, Granola ve Morfano çeşitlerine ait dormant yumrulardan elde edilen total RNA'lar (2.50 ?l total RNA +7.5 ?l RT karışım ve 2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix) uniplex RT-PCR ile test edildiğinde her üç çeşitten de bütün virüsler için fotoğraflanabilecek yoğunlukta bantlar elde edilmiştir. Multiplex RT-PCR çalışmasında cDNA total RNA'nın 2.5, 3.5 ve 5 ?l'lik miktarları kullanılarak sentezlendiğinde en iyi sonuç 5 ?l total RNA uygulamasından; PCR aşamasında ise cDNA ve PCR karışımın farklı miktarları (2 ?l cDNA +23 ?l PCR karışım, 5 ?l cDNA +25 ?l PCR karışım ile 5 ?l cDNA 20 ?l PCR karışım) mukayese edildiğinde en iyi sonuç 5 ?l cDNA +25 ?l PCR karışımdan elde edilmiştir. Bununla birlikte PVX, PLRV ve PVS için UV de görüntülenebilecek yoğunluktaki bantlar ancak PCR ürünlerinin 25 ?l olarak jele yüklenmesinden elde edilirken hiçbir uygulamadan PVY'ne spesifik bant elde edilememiştir. Sonuç olarak; multiplex RT-PCR dormant yumrulardan PVX, PVS, PLRV ve PVY'nün belirlenmesi amacıyla kullanılacaksa cDNA aşamasında 0.4 ng/?l oligo dT pirimer, 20 ?g/?l spesifik pirimer (PLRV için) ve 5 ?l total RNA kullanılarak sentezlenmesinin, PCR aşamasında ise cDNA'nın en az 3.5 ?l kullanılması, PCR ürününün jele 25 ?l yüklenilmesi, jelin %1.5'lik hazırlanıp mümkün olduğu kadar ince dökülmesinin UV'de daha iyi bir görüntü elde edilmesi açısından gerekli olduğu saptanmıştır. Bunlara ilaveten PVY'nin mümkünse aynı cDNA kullanılarak ayrı olarak PCR'a tabi tutulması önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
The total RNAs (2.50 ?l total RNA +7.5 ?l RT mix and 2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix), obtained from dormant tubers belonging to the cvs Agria, Granola and Morfano which were infected with PLRV, PVS, PVX and PVY, were tested with uniplex RT-PCR and the bands, were taken from each of these three cvs intensive enough to be photograph. In the multiplex RT-PCR working cDNA was synthesized with 2.5, 3.5 ve 5 ?l for all uses of the total RNA, but the best result was found when 5 ?l RNA were synthesizes. At the PCR stage when the different quantities of the cDNA and PCR mixture (2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix, 5 ?l cDNA +25 ?l PCR mix with 5 ?l cDNA 20 ?l PCR mix) were compared the best result was obtained from the mixture 5 ?l cDNA +25 ?l PCR. At the same time the bands, which were intensive enough to be displayed in UV for PLRV, PVS and PVX were only obtained if 25 ?l of PCR product was loaded to gel and no spesific band determining to PVY was obtained from any practice. As a result if m-RT-PCR will be used for defining the viruses PLRV, PVS, PVX and PVY from dormant tubers, in order to have beter display in UV, at the cDNA stage it must be synthesized by using 0.4 ng/?l oligo dT primer, 20 ?g/?l spesific primer (for PLRV), 5 ?l total RNA and at the PCR stage the least 3.5 ?l of cDNA must be used, the product of PCR must be loaded to gel 25 ?l, %1.5 gel must be prepared and it must be spilled thinly. In addition to these it is suggested that if it is possible, PVY must be dependent on PCR differently by using the same cDNA. KeyWords: VIRUS, PCR, m-RT-PCR, POTATO, CERTIFICAT
Benzer Tezler
- Gibberellik asit ve maleik hydrazide uygulamalarının tohumluk patates (Solanum tuberosum L.) üretimi ve yumruların dormansi süresi üzerine etkisi
Gibberellic acid and maleic hydrazide treatments on seed potatoes (Solanum tuberosum L.) production and dormancy period of tubers
MUSTAFA KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN KARADOĞAN
- Patates böceği, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae)'da yağ dokusu endoplazmik retikulum proteinlerinin aktif beslenen ve diyapozdan çıkan bireylerde belirlenmesi
Identification of endoplasmic reticulum proteins from the fat body of feeding adults and adults emerged from diapause in colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae)
CANSU DOĞAN
- Dormant asma kalemlerine yapılan bazı uygulamaların, endofitik fungal flora ve Neofusicoccum parvum'un kontrolüne etkilerinin araştırılması
Research on the effects of some treatments to dormant grapevine canes for endophytic fungal flora and Neofusicoccum parvum control
VEDAT GÖRÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DAVUT SONER AKGÜL
- Alıç (Crataegus sp.)'ın in vitro mikroçoğaltımı
In vitro micropropagation of hawthorn (Crataegus sp.)
LEYLA GÖKBUNAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET NURİ NAS
- Asmada dormant dönemde alınan gözlerin meristem kültürü çalışmalarında kullanılması üzerine bir araştırma
A research on meristem culture with using buds in dormant period for grape
SERHAN KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ÇALKAN SAĞLAM