Geri Dön

Dormant patates yumrularından PVX, PLRV, PVS ve PVY virüslerinin belirlenmesinde multiplex RT-PCR tekniğinin kullanılabilirliğinin araştırılması

The investigation the usage of the technic multiplex RT-PCR which defines the viruses PVX, PLRV, PVS and PVY from inactive potato tubers

  1. Tez No: 177742
  2. Yazar: PINAR KÜBRA PEKER
  3. Danışmanlar: DOÇ.DR. HİDAYET BOSTAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Ziraat, Biology, Biotechnology, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: VİRÜS, PCR, m-RT-PCR, PATATES, SERTİFİKASYON
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 47

Özet

PLRV, PVS, PVX ve PVY virüslerinin hepsi ile enfekteli olduğu belirlenen Agria, Granola ve Morfano çeşitlerine ait dormant yumrulardan elde edilen total RNA'lar (2.50 ?l total RNA +7.5 ?l RT karışım ve 2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix) uniplex RT-PCR ile test edildiğinde her üç çeşitten de bütün virüsler için fotoğraflanabilecek yoğunlukta bantlar elde edilmiştir. Multiplex RT-PCR çalışmasında cDNA total RNA'nın 2.5, 3.5 ve 5 ?l'lik miktarları kullanılarak sentezlendiğinde en iyi sonuç 5 ?l total RNA uygulamasından; PCR aşamasında ise cDNA ve PCR karışımın farklı miktarları (2 ?l cDNA +23 ?l PCR karışım, 5 ?l cDNA +25 ?l PCR karışım ile 5 ?l cDNA 20 ?l PCR karışım) mukayese edildiğinde en iyi sonuç 5 ?l cDNA +25 ?l PCR karışımdan elde edilmiştir. Bununla birlikte PVX, PLRV ve PVS için UV de görüntülenebilecek yoğunluktaki bantlar ancak PCR ürünlerinin 25 ?l olarak jele yüklenmesinden elde edilirken hiçbir uygulamadan PVY'ne spesifik bant elde edilememiştir. Sonuç olarak; multiplex RT-PCR dormant yumrulardan PVX, PVS, PLRV ve PVY'nün belirlenmesi amacıyla kullanılacaksa cDNA aşamasında 0.4 ng/?l oligo dT pirimer, 20 ?g/?l spesifik pirimer (PLRV için) ve 5 ?l total RNA kullanılarak sentezlenmesinin, PCR aşamasında ise cDNA'nın en az 3.5 ?l kullanılması, PCR ürününün jele 25 ?l yüklenilmesi, jelin %1.5'lik hazırlanıp mümkün olduğu kadar ince dökülmesinin UV'de daha iyi bir görüntü elde edilmesi açısından gerekli olduğu saptanmıştır. Bunlara ilaveten PVY'nin mümkünse aynı cDNA kullanılarak ayrı olarak PCR'a tabi tutulması önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

The total RNAs (2.50 ?l total RNA +7.5 ?l RT mix and 2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix), obtained from dormant tubers belonging to the cvs Agria, Granola and Morfano which were infected with PLRV, PVS, PVX and PVY, were tested with uniplex RT-PCR and the bands, were taken from each of these three cvs intensive enough to be photograph. In the multiplex RT-PCR working cDNA was synthesized with 2.5, 3.5 ve 5 ?l for all uses of the total RNA, but the best result was found when 5 ?l RNA were synthesizes. At the PCR stage when the different quantities of the cDNA and PCR mixture (2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix, 5 ?l cDNA +25 ?l PCR mix with 5 ?l cDNA 20 ?l PCR mix) were compared the best result was obtained from the mixture 5 ?l cDNA +25 ?l PCR. At the same time the bands, which were intensive enough to be displayed in UV for PLRV, PVS and PVX were only obtained if 25 ?l of PCR product was loaded to gel and no spesific band determining to PVY was obtained from any practice. As a result if m-RT-PCR will be used for defining the viruses PLRV, PVS, PVX and PVY from dormant tubers, in order to have beter display in UV, at the cDNA stage it must be synthesized by using 0.4 ng/?l oligo dT primer, 20 ?g/?l spesific primer (for PLRV), 5 ?l total RNA and at the PCR stage the least 3.5 ?l of cDNA must be used, the product of PCR must be loaded to gel 25 ?l, %1.5 gel must be prepared and it must be spilled thinly. In addition to these it is suggested that if it is possible, PVY must be dependent on PCR differently by using the same cDNA. KeyWords: VIRUS, PCR, m-RT-PCR, POTATO, CERTIFICAT

Benzer Tezler

  1. Gibberellik asit ve maleik hydrazide uygulamalarının tohumluk patates (Solanum tuberosum L.) üretimi ve yumruların dormansi süresi üzerine etkisi

    Gibberellic acid and maleic hydrazide treatments on seed potatoes (Solanum tuberosum L.) production and dormancy period of tubers

    MUSTAFA KILIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatSüleyman Demirel Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TAHSİN KARADOĞAN

  2. Patates böceği, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae)'da yağ dokusu endoplazmik retikulum proteinlerinin aktif beslenen ve diyapozdan çıkan bireylerde belirlenmesi

    Identification of endoplasmic reticulum proteins from the fat body of feeding adults and adults emerged from diapause in colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae)

    CANSU DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UMUT TOPRAK

  3. Dormant asma kalemlerine yapılan bazı uygulamaların, endofitik fungal flora ve Neofusicoccum parvum'un kontrolüne etkilerinin araştırılması

    Research on the effects of some treatments to dormant grapevine canes for endophytic fungal flora and Neofusicoccum parvum control

    VEDAT GÖRÜR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ DAVUT SONER AKGÜL

  4. Alıç (Crataegus sp.)'ın in vitro mikroçoğaltımı

    In vitro micropropagation of hawthorn (Crataegus sp.)

    LEYLA GÖKBUNAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET NURİ NAS

  5. Asmada dormant dönemde alınan gözlerin meristem kültürü çalışmalarında kullanılması üzerine bir araştırma

    A research on meristem culture with using buds in dormant period for grape

    SERHAN KARAKAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiBilecik Şeyh Edebali Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ÇALKAN SAĞLAM