16S rDNS analysis of microbial communities in anoxic marine sediments of the Marmara sea
Marmara denizi anoksik deniz sedimentlerindeki mikrobiyal komunitenin 16S rDNA analizi
- Tez No: 179421
- Danışmanlar: PROF.DR. BAHAR İNCE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Çevre Mühendisliği, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Environmental Engineering, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Marmara Denizi sedimentleri iklimsel, biyolojik ve kimyasal degisimlerin büyük ölçüde hassas bir kaydını tuttuguna inanıldıgından önemlidirler. Marmara Denizi bugün ciddi olarak kirlenmis bir su kütlesidir. Bu çalısmada, Marmara Denizi'nin hidrokarbonlarla kirlenmis iki bölgesinde özellikle hidrokarbonları degrede etme kapasitesi ve karbon, sulfur ile organik madde giderim yetenegi olan mikrobiyal çesitliligin varlıgı kültürden-bagımsız tekniklerle incelenmistir. Genel mikrobiyal komünite yapısı PCR ile çogaltılmıs 16S rRNA genlerinin klonlanması ve dizi analizi ile tanımlanmıstır. Denaturan Egimli Jel Elektroforezi (DGGE) metodu Tuzla ve Moda kıyı sedimentlerinde mikrobiyal komünitelerin mevsimsel dagılımını incelemek için kullanılmıstır. Asetat metabolizmasıyla iliskili olan global öneme sahip Methanosaeta türleri ve Methanosarcinales Tuzla 16S rDNA arkeyal klon kütüphanelerinde baskın olarak görülmüsken, Moda arkeyal klon kütüphanerinde Methanothermococcus sp. baskın tür olarak bulunmustur. Nitrat indirgeme kapasitesinde ki bir sulfur oksitleyici bakteri olan Epsilon Proteobacterium Dex80-2 Tuzla sedimentlerinin bakteriyal klon kütüphanesinde baskın olarak görülmüstür ve bir fermentative bakteri olan Catenibacterium mitsuokai de Moda bakteriyal klon kütüphanesinde baskın olarak bulunmustur. Klon kütüphanelerinin dizi analizi, Tuzla anoksik sediment numunelerinde Moda'dan elde edilenden daha yüksek bir mikrobiyal çesitlilik oldugunu ortaya koymustur ve anoksik kosullarda hüküm süren potansiyel metabolik süreçlerin anlasılmasına hizmet etmistir. Arkeyal ve bakteriyal türlerin klon kütüphanelerindeki görülme sıklıgına dayanarak, metilotrofik methanogenesis ve denitrifikasyon Tuzla'da ki baskın prosesler olarak bulunmusken, hidrogenotrofik metanogenesis ve fermentasyon da Moda'da baskın olan potansiyel prosesler olarak görülmüstür. Sonuçlar daha önce arastırılmamıs olan bu iki alanın da mikrobiyal kompozisyonunun karsılastırılmasına essiz bir fırsat saglamıstır. DGGE datası, Tuzla sedimentlerinin mikrobiyal çesitliliginde daha kaydadeger bir mevsimsel degisim ortaya koymustur.
Özet (Çeviri)
The sediments of the Marmara Sea are of importance since they are believed to have been a rather sensitive recorder of climatic, biological and chemical changes and watermass movements in the region. The Marmara Sea is now a critically polluted water body. In this study, microbial diversity especially with a potential to degrade hydrocarbons and ability to remove carbon, sulphur and organic matter in anoxic sediments from two of the hydrocarbon polluted regions of the Marmara Sea were investigated using cultureindependent techniques. Overall microbial community structures were characterized by cloning and sequencing of PCR-amplified taxonomic16S rRNA genes. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis was used to investigate the seasonal distribution of the microbial communities in coastal sediments from Tuzla and Moda. Globally important Methanosaeta species in respect to acetate metabolism and Methanosarcinales dominated the 16S rDNA archaeal clone library of Tuzla, whereas Methanothermococcus sp. dominated the archaeal clone library of Moda. A sulfur oxidizing bacterium, Epsilon Proteobacterium Dex80-27 which is able to reduce nitrate dominanated the bacterial clone library of Tuzla sediments and a fermentative bacterium, Catenibacterium mitsuokai dominated the bacterial clone library of Moda. The sequencing of clone libraries revealed a higher microbial diversity in anoxic sediment samples of Tuzla than that of derived from Moda and served to understand the potential dominant metabolic processes prevailing under anoxic conditions. Based on the frequencies of archaeal and bacterial species in the clone libraries, methylotrophic methanogenesis and denitrification were found as the potential dominant metabolic processes in Tuzla sediments, whereas hydrogenotrophic methanogenesis and fermentation appeared to be the potential dominant metabolic processes in Moda sediments. The results provided a unique opportunity to compare the microbial composition of both sites which had not been investigated before. DGGE data revealed a more significant change in microbial community structure of Tuzla sediments.
Benzer Tezler
- Bоr minеrаlindеn kаlsiyum bоrоglukоnаt еldеsindе kinеtik аnаliz
А kinеtiс аnаlysis fоr prоduсtiоn оf саlсium bоrоgluсоnаtе frоm bоrоn оrе
ANAS OSAMAH ALI AL-ANI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kimya MühendisliğiAtatürk ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH DEMİR
- Phenylobacterium immobile (lingens. et al.) strainlerinin 16S rRNA geri sekvenz analizi
Başlık çevirisi yok
BARIŞ SELAHATTİN ÖZYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALEV HALİKİ
- Elucidation of ammonia inhibition in anaerobic treatment process by using 16S rRNA/DNA based microbial identification techniques
16S rRNA/DNA bazlı mikrobiyal tanı teknikleri kullanılarak anaerobik arıtma proseslerindeki amonyak inhibisyonunun açıklanması
BARIŞ ÇALLI
Doktora
İngilizce
2003
Çevre MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ORHAN YENİGÜN
- 16S rDNA analysis of microbial communities in a highly polluted region of the Marmara sea
Marmara denizinde yoğun olarak kirlenmiş bir bölgede ki mikrobiyel komünitenin 16S rDNA analizi
GÖKHAN TÜRKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Çevre MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR İNCE
- Hamilelik sürecinde anne kalın bağırsak bakterileri 16S rDNA parmak izi
16S rDNA fingerprinting of maternal colon bacteria during pregnancy
CANAN KARAKOC
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
MikrobiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA