Geri Dön

16S rDNS analysis of microbial communities in anoxic marine sediments of the Marmara sea

Marmara denizi anoksik deniz sedimentlerindeki mikrobiyal komunitenin 16S rDNA analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 179421
  2. Yazar: ASLI SEZGİN
  3. Danışmanlar: PROF.DR. BAHAR İNCE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Çevre Mühendisliği, Biotechnology, Microbiology, Environmental Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 163

Özet

Marmara Denizi sedimentleri iklimsel, biyolojik ve kimyasal degisimlerin büyük ölçüde hassas bir kaydını tuttuguna inanıldıgından önemlidirler. Marmara Denizi bugün ciddi olarak kirlenmis bir su kütlesidir. Bu çalısmada, Marmara Denizi'nin hidrokarbonlarla kirlenmis iki bölgesinde özellikle hidrokarbonları degrede etme kapasitesi ve karbon, sulfur ile organik madde giderim yetenegi olan mikrobiyal çesitliligin varlıgı kültürden-bagımsız tekniklerle incelenmistir. Genel mikrobiyal komünite yapısı PCR ile çogaltılmıs 16S rRNA genlerinin klonlanması ve dizi analizi ile tanımlanmıstır. Denaturan Egimli Jel Elektroforezi (DGGE) metodu Tuzla ve Moda kıyı sedimentlerinde mikrobiyal komünitelerin mevsimsel dagılımını incelemek için kullanılmıstır. Asetat metabolizmasıyla iliskili olan global öneme sahip Methanosaeta türleri ve Methanosarcinales Tuzla 16S rDNA arkeyal klon kütüphanelerinde baskın olarak görülmüsken, Moda arkeyal klon kütüphanerinde Methanothermococcus sp. baskın tür olarak bulunmustur. Nitrat indirgeme kapasitesinde ki bir sulfur oksitleyici bakteri olan Epsilon Proteobacterium Dex80-2 Tuzla sedimentlerinin bakteriyal klon kütüphanesinde baskın olarak görülmüstür ve bir fermentative bakteri olan Catenibacterium mitsuokai de Moda bakteriyal klon kütüphanesinde baskın olarak bulunmustur. Klon kütüphanelerinin dizi analizi, Tuzla anoksik sediment numunelerinde Moda'dan elde edilenden daha yüksek bir mikrobiyal çesitlilik oldugunu ortaya koymustur ve anoksik kosullarda hüküm süren potansiyel metabolik süreçlerin anlasılmasına hizmet etmistir. Arkeyal ve bakteriyal türlerin klon kütüphanelerindeki görülme sıklıgına dayanarak, metilotrofik methanogenesis ve denitrifikasyon Tuzla'da ki baskın prosesler olarak bulunmusken, hidrogenotrofik metanogenesis ve fermentasyon da Moda'da baskın olan potansiyel prosesler olarak görülmüstür. Sonuçlar daha önce arastırılmamıs olan bu iki alanın da mikrobiyal kompozisyonunun karsılastırılmasına essiz bir fırsat saglamıstır. DGGE datası, Tuzla sedimentlerinin mikrobiyal çesitliliginde daha kaydadeger bir mevsimsel degisim ortaya koymustur.

Özet (Çeviri)

The sediments of the Marmara Sea are of importance since they are believed to have been a rather sensitive recorder of climatic, biological and chemical changes and watermass movements in the region. The Marmara Sea is now a critically polluted water body. In this study, microbial diversity especially with a potential to degrade hydrocarbons and ability to remove carbon, sulphur and organic matter in anoxic sediments from two of the hydrocarbon polluted regions of the Marmara Sea were investigated using cultureindependent techniques. Overall microbial community structures were characterized by cloning and sequencing of PCR-amplified taxonomic16S rRNA genes. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis was used to investigate the seasonal distribution of the microbial communities in coastal sediments from Tuzla and Moda. Globally important Methanosaeta species in respect to acetate metabolism and Methanosarcinales dominated the 16S rDNA archaeal clone library of Tuzla, whereas Methanothermococcus sp. dominated the archaeal clone library of Moda. A sulfur oxidizing bacterium, Epsilon Proteobacterium Dex80-27 which is able to reduce nitrate dominanated the bacterial clone library of Tuzla sediments and a fermentative bacterium, Catenibacterium mitsuokai dominated the bacterial clone library of Moda. The sequencing of clone libraries revealed a higher microbial diversity in anoxic sediment samples of Tuzla than that of derived from Moda and served to understand the potential dominant metabolic processes prevailing under anoxic conditions. Based on the frequencies of archaeal and bacterial species in the clone libraries, methylotrophic methanogenesis and denitrification were found as the potential dominant metabolic processes in Tuzla sediments, whereas hydrogenotrophic methanogenesis and fermentation appeared to be the potential dominant metabolic processes in Moda sediments. The results provided a unique opportunity to compare the microbial composition of both sites which had not been investigated before. DGGE data revealed a more significant change in microbial community structure of Tuzla sediments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    468172

    Bolu-Gölcük Tabiat Parkının aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi

    Determination of actinobacteria biodiversity of Bolu-Gölcük Natural Park

    CENGİZ NİGİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVZAT ŞAHİN

  2. Tez No

    468765

    Manda sütü ve ürünlerinden staphylococcus aureus izolasyonu ve enterotoksin genlerinin belirlenmesi

    Isolation of staphylococcus aureus from water buffalo milk and dairy products and detection of enterotoxin genes

    ERDEM SAKA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖKNUR TERZİ GÜLEL

  3. Tez No

    343295

    16s rRNA probları kullanılarak etkin kadmiyum, civa ve antimon dirençli nehir izolatlarının takip edilmesi

    The use of 16s rRNA probing for monitoring the relative dominance of cadmium, mercury and antimony resistant river isolates

    FADİME YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiKırıkkale Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    PROF. DR. AYSUN ERGENE

    DOÇ. DR. BÜLENT İÇGEN

  4. Tez No

    657317

    Saga (Orthoptera, Tettigoniidae, Saginae) cinsi Ephippigera tür grubunun 16S rDNA filogenisi ve morfolojik tür hipotezlerinin moleküler verilerle sınanması

    16S rDNA phylogeny and testing the morphospecies hypothesis with molecular data in the Ephippigera species group of genus Saga (Orthoptera, Tettigoniidae, Saginae)

    BURCU BİNİCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiHakkari Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET SAİT TAYLAN

  5. Tez No

    200444

    16S rDNA analysis of microbial communities in a highly polluted region of the Marmara sea

    Marmara denizinde yoğun olarak kirlenmiş bir bölgede ki mikrobiyel komünitenin 16S rDNA analizi

    GÖKHAN TÜRKER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHAR İNCE

Geri Dön