Molecular charcterization of the ATPase component of a putative ABC type ttransporter in Moraxella catarrhalis
Morexella catarrhalis'te bulunan muhtemel bir ABC taşıyıcısının ATPase komponenti'nin moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 184685
- Danışmanlar: PROF. KAMRUDDİN AHMED
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Moraxella catarrhalis, ABC protein taşıyıcısı, ATPase komponent, WalkerA, Walker B.3, Moraxella catarrhalis, ABC type transporter, ATP-binding cassette transporter, ATPase domain, Walker A, Walker B.2
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 45
Özet
ÖZETMoraxella catarrhalis'te bulunan muhtemel bir ABC taşıyıcısınınATPase komponenti'nin Moleküler KarakterizasyonuMoraxella catarrhalis, solunum yolu enfeksiyonları ve orta kulak iltihaplarının enbüyük etkenlerinden biridir. M. Catarrhalis'in hastalık yapıcı özelliği hakkındaki şu ana kadaredinilen bilgiler çok az.Patojenik bir bakterinin konakladığı canlıda enfeksiyona yol açabilmesi için,konakladığı canlının hücrelerinin yüzeyine yapışması birinci koşuldur. Konak canlınınhücrelerine yapışıp çoğalan patojen; ardından tüm vücuda yayılarak canlıda bir enfeksiyonasebep olabilir. Patojen ve konak canlı arasındaki etkileşimi sağlayan olaylardan bir tanesi de ,iki canlı arasında, bazı protein taşıyıcıları (transporter) aracılığıyla, sağlanan alış verişdir.Bunlardan ATP-binding cassette (ABC) transporter sistemleri hem ökaryotlarda hem deprokaryotlarda aktif transportta yer alır. Bu tez çalışmasında, M. Catarrhalis'de bulunanmuhtemel bir ABC transporter'ın ATP componentinin moleküler karakterizasyonu yapılmıştır.Bu proteinin DNA ve amino asit dizileri çıkarılmıştır. Bu genin karakterizasyonunda yapılandeneylerde esas alınan yaklaşım Genomic Survey Sequence (GSS) approach'tur. Elimizdekipozitif klonda bulunan insert, DNA walking methodu kullanılarak sekanslanmıştır. Buna göreATPase komponentinin yapısında bulunan korunmuş motifler şunlardır: Walker A, Q loop, Cloop (signature sequence), Walker B, D loop and Switch II. ATPase komponentinin ABCtaşıyıcılarında en korunmuş yapı olarak kabul edilmesinin sebebi yapısında bu motifleribarındırıyor olmasıdır. Amino asit dizisi, çokça kullanılan, güvenilir biyoinformatikprogramlarından biri olan BLAST veri tabanında taranmıştır. Buna göre klonumuza ait aminoasit dizisi bu veri tabanında bulunan diğer patojen bakterilerdeki ATPase komponentleriyle %50-70 arası homoloji göstermiştir. Böylece, klonumuza ait amino asit dizisinin ABCtaşıyıcılarıyla olan yakınlığı istatistiksel verilerle ortaya konmuştur.
Özet (Çeviri)
AbstractMolecular Characterization of the ATPase component of a putative ABCtype transporter in Moraxella catarrhalisMoraxella catarrhalis is one of the major causes of respiratory tract and middle earinfections. Little is known about the pathogenesis of M. catarrhalis infection. A pathogenicbacterium requires adherence, invasion, establishment and dissemination with the host for asuccessful infection. The interaction between the host and the pathogen also includes uptakeand secretion of substances that are facilitated by a family of proteins termed transporters.ATP-binding cassette (ABC) transporter is one of the active transport system common inprokaryotic and eukaryotic cells. In this study, we identified a gene encoding ATPasecomponent of the ABC type transporter in M. catarrhalis and performed a nucleotide anddeduced amino acid sequence analysis of this gene. We used Genomic Survey Sequenceapproach (GSS) to identify the gene from M. catarrhalis genomic library. The insert size of thepositive clone is 934 bp and was sequenced by DNA walking. The ATPase domain of an ABCtype transporter has conserved motifs: Walker A, Q loop, C loop (signature sequence), WalkerB, D loop and Switch II. The ATPase domain is considered as the most conserved domain ofthe ABC type transporter due to presence of these motifs. Based on the homology and motifsearch, and amino acid sequence alignment, performed by using BLAST programs available onthe internet, it was found that the deduced amino acid sequence encoded by this gene exhibited50-80% identity with the sequences of the ATPase component of the ABC transporters ofseveral pathogens.
Benzer Tezler
- Pro-inflamatuvar sitokin makrofaj migrasyonunu engelleyici faktör (MIF)'ün ilişkide olduğu proteinlerin tanımlanması ve bunların moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Identification and molecular characterization of binding partners for the pro-inflammatory cytokine macrophage migration inhibitory factor (MIF)
SEVİL ÇAYLI
Doktora
Türkçe
2009
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANDREAS MEİNHARDT
PROF. DR. RAMAZAN DEMİR
- Biochemical characterization of recombinant 20S proteasome from Thermoplasma volcanium and cloning of its regulatory subunit gene
Thermoplasma volcanium, rekombinant 20S proteazomunun biyokimyasal karakterizasyonu ve düzenleyici alt birim geninin klonlanması
GÖZDE BAYDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF.DR. MAHİNUR AKKAYA
PROF.DR. SEMRA KOCABIYIK
- Rekombinant Geobacillus kaustophilus HslV ve HslU proteinlerinin E. coli' den saflaştırılması ve nitelendirilmesi
Purification and characterization of recombinant Geobacillus kaustophilus protein HslV and HslU from E. coli
GONCA ALTIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATMA İNCİ ÖZDEMİR
- Rekombinant Geobacillus kaustophilus Lon proteininin E. coli'den saflaştırılması ve nitelendirilmesi
Purification and characterization of rekombinant Geobacillus kaustophilus Lon protein from E. coli
HATİCE ZİŞAN ASAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. F. İNCİ ÖZDEMİR