Geri Dön

Biochemical characterization of recombinant 20S proteasome from Thermoplasma volcanium and cloning of its regulatory subunit gene

Thermoplasma volcanium, rekombinant 20S proteazomunun biyokimyasal karakterizasyonu ve düzenleyici alt birim geninin klonlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 172246
  2. Yazar: GÖZDE BAYDAR
  3. Danışmanlar: PROF.DR. MAHİNUR AKKAYA, PROF.DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: 20S Proteazom, 26S Proteazom düzenleyici alt birim, Klonlama, Thermoplasma volcanium, 20S Proteasome, 26S Proteasome Regulatory Subunit, Cloning, Thermoplasma volcanium
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 151

Özet

Bu çalışmada termoasidofilik bir arkea olan Thermoplasma volcanium'un rekombinant 20S Proteazom'unun bazı biyokimyasal ve elektroforetik özelliklerinin karakterizasyonu yapılmıştır. SDS-PAGE ile ortaya konulduğu üzere Thermoplasma volcanium 20S Proteazom'u moleküler ağırlıkları sırasıyla 24 kDa ve 23 kDa olan, a- ve |3- olmak üzere iki altbirimden oluşmaktadır. En yüksek kimotriptik aktivite alkali pH aralığında (pH 8.0 - pH 9.0) gözlemlenmiştir ve aktivite için optimum sıcaklık 85°C olarak belirlenmiştir. Proteazom'un ısı stabilitesi oldukça yüksek olup 98°C'de 30 dakika ısıya tabi tutulduktan sonra aktivitenin % 64'ü korunmaktadır. Thermoplasma volcanium Proteazom'una ilişkin en yüksek aktivitenin peptidilglutamil peptidaz aktivitesi olduğu saptanmıştır. viBu proje kapsamında ayrıca, Thermoplasma volcanium'un 26S proteazom'a ilişkin bir düzenleyici alt birim geni de klonlanmıştır. Klonlama için PCR temelli bir yaklaşım izlenmiştir. Thermoplasma volcanium'un kromozomal DNAvsından 26S Proteazom düzenleyici alt birim geninin amplifikasyonu sonucu 1128 bp büyüklüğünde yapısal geni içeren 1419 bp büyüklüğünde bir DNA fragmanı elde edilmiştir. PCR amplikon ile pDrive vektör, E.coli TG-1 hücrelerinde klonlanmıştır. On rekombinant arasından üç tanesi (E.coli pDl-6, E.coli pD2-3, E.coli pD3-l) gerçek rekombinant plazmit olarak belirlenmiş ve restriksiyon haritalaması yolu ile karekterize edilmek üzere seçilmiştir. Rekombinant ve rekombinant olmayan E.coli hücrelerinin, hücre özütünde ATPaz aktiviteleri ölçülmüş ve rekombinant suşlann hücre özütündeki ATPaz aktiviteleri rekombinant olmayana göre on kat daha yüksek bulunmuştur. Bu sonuç ATPaz aktivitesini kodlayan klonlanmış düzenleyici alt ünite geninin E.coli' de başarılı bir şekilde anlatıldığını göstermiştir.

Özet (Çeviri)

In this study, we have characterized some biochemical and electrophoretic features of recombinant 20S Proteasome from a thermoacidophilic archaeon Thermoplasma volcanium. As revealed by SDS-PAGE the 20S Proteasome was composed of two subunits, a- and P- subunits with estimated molecular masses of 24 kDa and 23 kDa, respectively. The highest chymotryptic activity was observed over an alkaline pH range (pH 8.0 - pH 9.0) and the optimum temperature for the activity was determined as 85°C. The heat stability of proteasome was quite high after treatment at 98°C for 30 minutes, 64 % of the activity has still been retained. The highest activity associated with the Thermoplasma volcanium proteasome was found to be peptidylglutamyl peptidase activity. IVWithin the scope of this project, also, we have cloned a 26S Proteasome related Regulatory Subunit gene of Thermoplasma volcanium. For cloning we have followed a PCR based approach. Amplification of 26S Proteasome Regulatory Subunit gene from chromosomal DNA of Tp. volcanium yielded a product of 1419 bp containing an open reading frame of 1128 bp comprising the structural gene. The PCR amplicon was cloned using pDrive vector in E.coli TG-1 cells. Out of ten putative recombinants, three plasmids, E.coli pDl-6, E.coli pD2-3, E.coli pD3-l, were proved to be true recombinants and selected for further characterization by restriction mapping and expression studies. ATPase activities of cell free extracts from both recombinant and non-recombinant E.coli strains were measured and found that ATPase activities in cell free extracts of recombinant strains were 10 times higher than non-recombinants. This result indicates sucessful expression of the cloned regulatory subunit gene with ATPase activity in E.coli.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    430367

    Termofilik Geobacillus caldoxylosilyticus TK4'ten elde edilen rekombinant glukoz izomerazın bazı özelliklerinin mutasyonla geliştirilmesi

    Development of some properties of a recombinant glucose isomerase from Geobacillus caldoxylosilyticus Thermophilic by mutation

    ÇİĞDEM AYNA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇOLAK

  2. Tez No

    315382

    Cloning of The Laccase cDNAs from Pycnoporus sanguineus MUCL 38531, Expression in Pichia pastoris and Characterization of Recombinant Laccases

    Pycnoporus sanguineus?tan Lakkaz cDNA?larının Klonlanması, Pichia pastoris?te Ekspresyonu ve Rekombinant Lakkazların Karakterizasyonu

    GÜNSELİ KURT GÜR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ

  3. Tez No

    305088

    Recombinant Pyrococcus furiosus extracellular alpha-amylase expression in Pichia pastoris

    Pyrococcus furiosus hücre dışı alfa-amilaz enziminin rekombinant Pichia pastoris ile ekspresyonu

    ERDEM BOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. GÜZİDE ÇALIK

    PROF. DR. PINAR ÇALIK

  4. Tez No

    376235

    İnsan Paraoksonaz 1 (pon1) geninin klonlanması, Pichia pastoris'te ekspresyonu, Rekombinant enzimin saflaştırılması ve karakterizasyonu

    Human Paraoxonase 1 (pon1) gene cloning, expression in Pichia pastoris, purification and characterization of Recombinant enzyme

    YAĞMUR ÜNVER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESABİ BAŞARAN KURBANOĞLU

    PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN

  5. Tez No

    818687

    Geobacillus kaustaphilus alfa-galaktosidaz enziminin rekombinant protein olarak E. coli'de ifadesi ve karakterizasyonu

    Expression and characterization of geobacillus kaustophilus alfagalactosidase enzyme as a recombinant protein in E. coli

    ASLI KUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikKafkas Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YUNUS ENSARİ

Geri Dön