Geri Dön

Go proteininin alfa altbiriminin üçüncül yapısının deneysel ve kuramsal olarak incelenmesi

Studies on the tertiary structure of alpha subunit of go protein by experimintal and theoretical methods

PDF İndir

  1. Tez No: 196098
  2. Yazar: CEVDET NACAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BEKİ KAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Go? proteini, klonlama, ekspresyon, saflaştırma, NDSB, benzeşim modellemesi, Go? protein, cloning, expression, purification, NDSB, homology modelling
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 118

Özet

Bu çalışmada, merkezi sinir sistemi ve beyinde yaygın bulunan Go proteininin ? altbiriminin yapısı deneysel ve teorik yöntemlerle incelendi. Go?'nın üçüncül yapısı ve işlevi tam olarak bilinmediğinden, benzeşim modellemisi çalışmalarıyla yapısı ve işlevi aydınlatılmaya çalışıldı. Ekspresyon deneylerine pGEX-4T2/BL21(DE3)pLysS sisteminde başlandı. IPTG'ye bağlı yüksek ekspresyon düzeyine ulaşılarak Go protein büyük miktarlarda elde edilmesine karşın, protein çözünür olarak elde edilemedi. Proteinin çözünür kılmak için birinci deneysel strateji olarak farklı kültür koşulları denendi. Çözünürlük sorunu aşılamadığından ikinci deneysel stratejisi olarak protein inklüzyon cisimcikleri olarak saflaştırılıp 1 x PBS'e karşı diyaliz edildi. Çözünürlük sorununun devam etmesi üzerine NDSB ajanı, pET-28a ve pQE-80 vektör sistemleri kullanılarak yeni girişimlerde bulunuldu. NDSB ajanı ve pET-28a sistemi ile çözünürlük sorunu aşılamamasına karşın pQE-80 vektör sistemi ile çözünür protein elde edilmiştir. Teorik çalışmada, yapısı bilinen proteinlerin dizileri kalıp olarak kullanılarak Go?'nın üçüncül yapısı modellendi. Genel G-proteini topolojisi elde edildi. Ancak 115- 122. amino asitleri kapsayan bölgedeki halkanın yapısı dizi benzerliğinin yetersizliği nedeniyle son şekline kavuşturulamadı. Modele ilişkin moleküler dinamik çalışmaları sürmektedir.

Özet (Çeviri)

In this study, the tertiary structure of ?-subunit of Go (Go?) which is the most abundant type of G-protein in central nervous system was studied by both experimental and theoretical methods. Because the tertiary structure of Go? is unknown and the function of is not clear yet, in context of the structure-to-function paradigm it was aimed to propose arguments for the function of Go? using homology modelling. Expression experiments were initiated using pGEX-4T2/BL21(DE3)pLysS system. Due to IPTG dependent overexpression, large amounts of Go protein was obtained but the protein was mostly insoluble. To overcome the solubility problem, different incubation temperatures and IPTG concentrations were tried as the first experimental strategy. This did not result in increase of soluble protein. As the second experimental strategy, the protein was purified as inclusion bodies and then dialysed against 1xPBS buffer. The soluble protein could not be obtained by this method, either. Two other attempts, one using NDSB, a mild solubilizing agent, and the other, cloning to the pET-28 vector system, did not work. Finally, Go protein was purified from cytoplasmic fraction using pQE-80 vector system. In theoretical studies, the tertiary structure of Go? was modelled by using known structures that have high sequence similarity to our sequence as a template. Overall G-protein topology was obtained except for a loop encompassing residues 115- 122. Molecular dynamical and molecular mechanics studies to refine the modelled structure are in progress.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    747195

    Üç farklı durumdaki G proteini alfa altbiriminin üçüncül yapısının benzeşim modellemesi ve moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi

    Investigating the tertiary structure of ALPHA subunit of the G protein in three different states using homology modelling and molecular dynamics simulation

    AYDIN KARAGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CEVDET NACAR

  2. Tez No

    330078

    Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

    Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools

    SİBEL DENİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR

  3. Tez No

    894537

    Investigating the SARS-COV-2 specific antibody response in convalescent pediatric COVID-19 patients

    COVİD-19 tanısı alıp iyileşmiş pediatrik hastalarda SARS-COV-2'ye karşı spesifik antikor cevabının araştırılması

    FATMA ÖYKÜ ELASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  4. Tez No

    107718

    Go alfa cDNA'sının E.coli'de pTrcHis 2A vektör sistemine klonlanması

    Başlık çevirisi yok

    ÖZLEM ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. AYŞE İNHAN GARİP

  5. Tez No

    818583

    Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study

    Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma

    DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaSüleyman Demirel Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU

Geri Dön