Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools
- Tez No: 330078
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Bilgisayar yazılımları, G proteinleri, Moleküler dinamik benzetimi, Proteinler, Computer softwares, G proteins, Molecular dynamic simulation, Proteins
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, hücre sinyal ileti sisteminin en önemli bileşenlerinden biri olan, insandaki sinyal ileti proteinlerinin yaklaşık üçte birini oluşturan G proteinlerin efektörleri ile olan etkileşimleri üzerine çalışılmıştır. Birçok biyolojik işlevde görev alan G protenleri birçok hastalığın doğrudan nedeni veya etkenlerinden biridir. Go proteini büyük oranda merkezi sinir sisteminde bulunmakta ve işlevi henüz bilinmemektedir. Ancak Go?nun beyin dokusunda yoğun olarak bulunması, birçok fizyolojik ve patolojik nörolojik süreçte görevi olabileceğini düşündürmektedir. Go?nun etkileştiği bazı efektörler bildirilmiş olmasına karşın bulgular yetersiz ve eksiktir. Yapılan bu çalışma ile Go?nun etkileştiği düşünülen bu efektörler ile etkileşime geçip geçemeyeceğinin teorik olarak incelemesi yapılmış ve daha sonra da bunlar dışında etkileşime geçebileceği diğer efektörler araştırılmıştır. Çalışma kapsamında öncelikle Go ve efektör proteinlerin amino asit dizilerinden hareketle olası efektörler belirlenmiştir. Sonraki aşamada Go proteninin ve efektör proteinlerin üçüncül yapılarından hareketle etkileşimin topografik olarak olası olup olmadığı docking algoritmaları ile test edilmiştir. Ardından moleküler dinamik ve kinetik simülasyonlar kullanılarak etkileşimin karakteristiği belirlenmiştir. Böylece, belirlenen olası efektör proteinlerin Go?nun işlevi hakkında önemli bilgiler sunması, G proteini ve efektör etkileşiminin daha net olarak anlaşılmasına katkıda bulunması amaçlanmış ve çalışma bu yönde gerçekleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, the interactions of one of the most important components of the cell signal transduction system, the G proteins' - that constitute one third of the human signal transduction proteins- with its effectors is studied. G proteins that are involved in many biological functions are the directly reason of many illnesses or one of the factors of illnesses. Go proteins are mostly in nervous system and their functions are not known yet. However Go is being in brain tissue densely, it is thought that it has many functions in physiological and pathological neurological process. Altough some of the effectors that has interacted with Go are reported, findings are inadequate and incomplete. With this study it is theoretically researched if Go?s possible effectors can be interacted with Go or not. And then It is researched that if there are any other effectors that can be interacted with. In the study firstly potential effectors are determined from the Go and effector proteins amino acid sequences. In the next stage it is tested if the interactions are topographicly potential or not with the help of tertiary structures of Go proteins and effector proteins. Then, characteristic of the interaction is determined by using the kinetic simulations and molecular dynamics. Thus, determined possible effector proteins offer important information about the function of Go proteins and increase understanding of G protein and effector interactions. And the study conducted in this direction.
Benzer Tezler
- Mobil telefon kullanımına bağlı oluşan 900-1800 mhz radyo frekans dalgalarının meydana getirdiği elektromanyetik alanın iliak kanat kemik mineral yoğunluğuna etkisi
The effect of electromagnetic fields on bone mineral density of iliac bone produced by 900-1800 mhz radio frequency waves dependent on cellular phone usage
BEŞİR ANDAÇ AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Ortopedi ve TravmatolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEVRES HÜRRİYET AYDOĞAN
- Üç farklı durumdaki G proteini alfa altbiriminin üçüncül yapısının benzeşim modellemesi ve moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi
Investigating the tertiary structure of ALPHA subunit of the G protein in three different states using homology modelling and molecular dynamics simulation
AYDIN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEVDET NACAR
- Go proteininin alfa altbiriminin üçüncül yapısının deneysel ve kuramsal olarak incelenmesi
Studies on the tertiary structure of alpha subunit of go protein by experimintal and theoretical methods
CEVDET NACAR
- G-proteini-kenetli-reseptörler ve Go proteini arasındaki etkileşimlerin moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi
Research of interactions between g protein coupled receptors and Go protein with molecular dynamics simulation
MEHMET HAKAN ALBAYRAK
- Investigating the SARS-COV-2 specific antibody response in convalescent pediatric COVID-19 patients
COVİD-19 tanısı alıp iyileşmiş pediatrik hastalarda SARS-COV-2'ye karşı spesifik antikor cevabının araştırılması
FATMA ÖYKÜ ELASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN