Geri Dön

Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools

  1. Tez No: 330078
  2. Yazar: SİBEL DENİZ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Bilgisayar yazılımları, G proteinleri, Moleküler dinamik benzetimi, Proteinler, Computer softwares, G proteins, Molecular dynamic simulation, Proteins
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada, hücre sinyal ileti sisteminin en önemli bileşenlerinden biri olan, insandaki sinyal ileti proteinlerinin yaklaşık üçte birini oluşturan G proteinlerin efektörleri ile olan etkileşimleri üzerine çalışılmıştır. Birçok biyolojik işlevde görev alan G protenleri birçok hastalığın doğrudan nedeni veya etkenlerinden biridir. Go proteini büyük oranda merkezi sinir sisteminde bulunmakta ve işlevi henüz bilinmemektedir. Ancak Go?nun beyin dokusunda yoğun olarak bulunması, birçok fizyolojik ve patolojik nörolojik süreçte görevi olabileceğini düşündürmektedir. Go?nun etkileştiği bazı efektörler bildirilmiş olmasına karşın bulgular yetersiz ve eksiktir. Yapılan bu çalışma ile Go?nun etkileştiği düşünülen bu efektörler ile etkileşime geçip geçemeyeceğinin teorik olarak incelemesi yapılmış ve daha sonra da bunlar dışında etkileşime geçebileceği diğer efektörler araştırılmıştır. Çalışma kapsamında öncelikle Go ve efektör proteinlerin amino asit dizilerinden hareketle olası efektörler belirlenmiştir. Sonraki aşamada Go proteninin ve efektör proteinlerin üçüncül yapılarından hareketle etkileşimin topografik olarak olası olup olmadığı docking algoritmaları ile test edilmiştir. Ardından moleküler dinamik ve kinetik simülasyonlar kullanılarak etkileşimin karakteristiği belirlenmiştir. Böylece, belirlenen olası efektör proteinlerin Go?nun işlevi hakkında önemli bilgiler sunması, G proteini ve efektör etkileşiminin daha net olarak anlaşılmasına katkıda bulunması amaçlanmış ve çalışma bu yönde gerçekleştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study, the interactions of one of the most important components of the cell signal transduction system, the G proteins' - that constitute one third of the human signal transduction proteins- with its effectors is studied. G proteins that are involved in many biological functions are the directly reason of many illnesses or one of the factors of illnesses. Go proteins are mostly in nervous system and their functions are not known yet. However Go is being in brain tissue densely, it is thought that it has many functions in physiological and pathological neurological process. Altough some of the effectors that has interacted with Go are reported, findings are inadequate and incomplete. With this study it is theoretically researched if Go?s possible effectors can be interacted with Go or not. And then It is researched that if there are any other effectors that can be interacted with. In the study firstly potential effectors are determined from the Go and effector proteins amino acid sequences. In the next stage it is tested if the interactions are topographicly potential or not with the help of tertiary structures of Go proteins and effector proteins. Then, characteristic of the interaction is determined by using the kinetic simulations and molecular dynamics. Thus, determined possible effector proteins offer important information about the function of Go proteins and increase understanding of G protein and effector interactions. And the study conducted in this direction.

Benzer Tezler

  1. Mobil telefon kullanımına bağlı oluşan 900-1800 mhz radyo frekans dalgalarının meydana getirdiği elektromanyetik alanın iliak kanat kemik mineral yoğunluğuna etkisi

    The effect of electromagnetic fields on bone mineral density of iliac bone produced by 900-1800 mhz radio frequency waves dependent on cellular phone usage

    BEŞİR ANDAÇ AKSOY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Ortopedi ve TravmatolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. NEVRES HÜRRİYET AYDOĞAN

  2. Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi

    Başlık çevirisi yok

    MERİH BAYRAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM

  3. Pre-eklampsi ve eklampsi vakalarında immünoglobülin düzeylerinin değerlendirilmesi (Klinik ve immünobiolojik araştırma)

    Examination des valeurs d'immunoglobulines en cas de la toxemie gravidique

    M. MURAT SEMİZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM

  4. İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    MELTEM ASLI NARTER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge Üniversitesi

    Tekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER

  5. Ege bölgesi keçi liflerinin bazı önemli fiziksel, kimyasal özellikleri ve değerlendirme imkanları

    Başlık çevirisi yok

    NİLÜFER ERDEM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge Üniversitesi

    Tekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLSEREN YAZICIOĞLU