Nöronların bölmeli modelinin bilgisayar yazılımına dayalı benzetimi
A computer software for the simulation of compartmental modeling of neurons
- Tez No: 196969
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHMUT ÖZER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Electrical and Electronics Engineering
- Anahtar Kelimeler: İyon Kanalı, nöron, stokastik analiz, bilgisayar yazılımı, Ion Channel, neuron, stochastic analysis, computer software
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Zonguldak Karaelmas Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
Nöron modellerinin bilgisayar simülasyonları, biyolojik nöronların fonksiyonları hakkındabir bakış açısı sağlamaktadır. Bu bağlamda Neurosim, Neuron ve Genesis gibi bir takımbilgisayar yazılım paketleri, nöron modellenmesi için geniş bir şekilde kullanılmaktadır.İyon kanalları, patch kenetleme çalışmalarından bilindiği üzere stokastik olarak açılıpkapanmaktadırlar. Membran patch alanı az miktarda kanal içeriyorsa, stokastik etkilernöron dinamikleri üzerinde daha önemli olmaktadır. Bu çalışmada stokastik iyonkanallarını da kullanabilen daha esnek bir yazılım sunulmaktadır. Kullanıcı iyon kanalsayısını ve iyon kanallarının parametrelerini kendisi belirleyerek bir nöron modelioluşturabilmekte ve akım ve gerilim kenetleme simülasyonlarınıgerçekleştirebilmektedir. Yazılım paketi beş farklı hesaplama algoritmasından bir tanesiseçilerek stokastik iyon kanallarının modellenmesine imkan tanımaktadır.Nöron modeli deterministik ve/veya stokastik iyon kanalları kullanılarakoluşturulabilmektedir. Stokastik iyon kanallarının etkileri, yani kanal gürültüsü, beş farklıiiiÖZET (devam ediyor)hesaplama algoritması kullanılarak incelenebilmektedir. Yazılım paketi, herhangi birprogramlama dili bilgisine ihtiyaç duymaksızın nöronların basit simülasyonunu çalıştırmakisteyen kullanıcılara hitap etmektedir. Ayrıca bu yazılım eğitim amaçlı olarak dakullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Computer simulations of the neuronal models provide an insight into the functions ofbiological neurons. In this context, a number of computer software packages such asNeurosim, Neuron and Genesis are widely used for neuronal modelling. From patch-clampstudies it is known that ion channels open and close stochastically. If membrane patch areacomprises few channels, stochastic effects become more important on the neuronaldynamics. In this study, more flexible software is presented by taking stochastic ionchannels into account. The user can construct a model by setting the ion channel countand defining their kinetics as do-it-yourself and perform current and voltage clampexperiments. The software package allows for modelling the stochastic ion channels byselecting the one of five different computational algorithms.The neuronal model can be constructed by using deterministic and/or stochastic ionchannels. The effects of the stochastic ion channels, i.e. the channel noise, have beeninvolved by using five different computational algorithms. The software package addressesvABSTRACT (continued)to ones who want to run simple simulations of neurons without the need to anyprogramming skills. It can also be used for educational purposes.
Benzer Tezler
- Derin öğrenme ve büyük veri analitiği yöntemleriKullanarak Covid-19 yayılımının ileriye dönük tahmini
Forecasting the spread of covid-19 using deep learning and big data analytics methods
CYLAS KIGANDA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGazi ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMET ALİ AKCAYOL
- Development of a new parkinson's disease model using zebrafish to study alpha-synuclein aggregation
Zebra balığı kullanılarak yeni bir parkinson hastalığı modelinin geliştirilmesi ve alfa sinükleinin rolü
ELİF AKIŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH İNCİ
DR. AYÇA ARSLAN ERGÜL
- Beyincik purkinje nöronlarında bulunan sodyum kanal akımları için geliştirilen bir markov modeli
A markow model developed for sodium channel currents in cerebellar purkinje neurons
VEDAT ÖZKANAR
Doktora
Türkçe
2005
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKaradeniz Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. TEMEL KAYIKÇIOĞLU
- Determinant maximization criterion as a normative principle for biologically plausible credit assignment
Biyolojik olarak makul kredi tahsisi için normatif bir ilke olarak determinant maksimizasyon kriteri
BARIŞCAN BOZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKoç ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER TUNGA ERDOĞAN