Molecular karyotyping of human hepatocellular carcinoma cell lines using single-nucleotide polymorphism arrays
İnsan hepatoselüler karsinom hücre hatlarının tek nükleotid polimorfizm yongaları kullanılarak karyotiplendirilmesi
- Tez No: 200406
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. M. CENGİZ YAKICIER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Hepatoselüler karsinom (HSK) etiyolojisi çeşitli genetik özellikler göstermektedir ve HSK oluşumuna sebebiyet veren birçok değişik işleyiş şekli daha önce gösterilmiştir. Ancak, kromozomsal bozukluklar ve düzensizliğe sebebiyet verdikleri sinyal yolakları halen tamamiyle açıklığa kavuşmamıştır. Koromozom sayısındaki değişimler (aneuploidik) veya yapısal kromozom bozuklukları, örneğin; amplifikasyonlar, delesyonlar, tek kopya kaybı ve resesif mutasyonlar tümör evrimi için önemli mekanizmalardandır. Yakın bir zaman önce kullanılmaya başlanan tekli nükleotid polimorfizm (SNP) mikroarraylari yüksek çıktılı nitelik ve nicelikte genomik DNA taranmasında kullanılmakta ve geleneksel yöntemlere göre, örneğin florasan in sitü hibridizasyon (FISH) ve karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH), daha yüksek çözününürlük sağlamaktadır. Kanser araştırmalarında SNP mikroarraylari yapısal kromozom değişimlerini ve aneuploidileri tam fiziksel genomik pozisyonları ile birlikte vermektedir. Bu çalışma çerçevesinde, 14 HSK hücre hattı panelinde DNA kopya sayısı değişimlerini ortaya çıkarmayı hedefledik. Tüm otozomal kromozomları ve X-kromozomunu taradık ve daha önce tanımlanmamış olan 13q12 ve Xq21 homozigot ve hemizgot kayıplarını ve 8p23, 8q13, 8q24, 9p22-21, 12p1, 14q12, 15q21, 16q23, 17p12-p11, 17q11, 22q11 ve Xp22 amplifikasyonlarını bulduk. Sonuçlarımız bilgilerimiz dahilinde, yaygın HSK hücre hatlarının en kapsamlı, yüksek çıktılı tarama çalışmasıdır.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) etiology is genetically heterogeneous; multiple different mechanisms have been shown to promote hepatocarcinogenesis. However, chromosomal aberrations (CAs) and signaling pathways that they alter are still poorly understood. Changes in chromosome number (aneuploidies) or structural chromosomal aberrations, such as; amplifications, deletions, loss of heterozygosity and recessive mutations are important mechanisms for tumor evolution. Recently developed single nucleotide polymorphism (SNP) microarrays provide high-throughput quantitative and qualitative screening of genomic DNA with higher resolution compared to conventional methods such as fluorescent in situ hybridization (FISH) and comparative genomic hybridization (CGH). In cancer research, SNP arrays ease the screening of structural changes as well as aneuploidies with exact physical position. In the framework of this study, we aimed to detect DNA copy number alterations in a panel of 14 HCC cell lines. We screened all the autosomal chromosomes and the X-chromosome and found previously undescribed novel regions that harbor homozygous and hemizygous deletions at 13q12 and Xq21; amplifications at 8p23, 8q13, 8q24, 9p22-21, 12p1, 14q12, 15q21, 16q23, 17p12-p11, 17q11, 22q11 and Xp22. In our knowledge, our results are the first comprehensive high-throughput screen of commonly used HCC cell lines.
Benzer Tezler
- Kan kültürlerinden izole edilmiş meyerozyma guilliermondii suşlarının genotipik ve virülans özelliklerinin araştırılması
Investigation of the genotypic and virulence factors in blood culture i̇solates of meyerozyma guilliermondii
NEJLA CEBECİ GÜLER
Doktora
Türkçe
2014
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR TOSUN
- The role of deubiquitinating enzyme USP22 in human somatic cell reprogramming
İnsan somatik hücre yeniden programlamasinda deubiquitinating enzim USP22'nin rolü
GÜLBEN GÜRHAN SEVİNÇ
Doktora
İngilizce
2023
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Meyerozyma guilliermondii' de pulse field jel elektroforezi-genomik DNA'nın restriksiyon enzim analizi için uygun enzimin belirlenmesi
Determination of suitable enzyme for pulse field gel electrophoresis-restriction enyzme analysis of genomic dna in the meyerozyma guilliermondii
SALİHA KESTİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiGiresun ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NEJLA CEBECİ GÜLER
- İnsan sperminde kromozomal yapı anomalileri ile hücresel olgunlaşmanın ilişkisi
The relationship between human sperm structural chromosomal anomalies and sperm cellular maturation
GÜLER LEYLA SATI
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RAMAZAN DEMİR
- Primer amenore ve cinsiyet belirsizliği gösteren olguların sitogenetik ve moleküler sitogenetik tekniklerle değerlendirilmesi
The evaluation of phenomenons which indicate primer amenore and ambiguous genitalia by cytogenetic and molecular cytogenetic techniques
RABİA AKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Tıbbi BiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HALİT ELYAS