Geri Dön

Miyokard proteinlerinin iki boyutlu elektroforezle ayrılması

Separation of myocardial proteins by two dimensional gel electrophoresis

  1. Tez No: 202035
  2. Yazar: SEDA KARAKAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FİKRİYE URAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 55

Özet

İki boyutlu jel elektroforezi, kompleks protein karışımlarının ayrılması ve karakterizasyonunda kullanılan en etkin tekniklerden birisidir. Bu çalışmanın amacı, iki boyutlu poliakrilamid jel elektroforezi ile normal kalp dokusunun protein haritasını çıkarmaktır. B u çalışmada kapak hastalığı olan iki hastadan, ameliyat sırasında alınan papiller kas dokusunun protein dağılımı incelendi. Örnekler serum fizyolojikle yıkandı ve -80 °C'de yaklaşık bir hafta saklandı. P roteinlerin, önce izoelektrik odaklama yöntemiyle, geniş pH gradienti (pH 3-10) kullanılarak birinci boyut ayrımı yapıldı. Sonra %12'lik ayırma jeli (resolving gel) ve %4'lük yükleme jeli (stacking gel) kullanılarak SDS-PAGE ile ikinci boyut ayrımı yapıldı. Protein spotları Sypro Ruby ile boyanarak görünür hale getirildi. Jellerde oluşan spotlar bilgisayar sistemine bağlı bir fotağraf analiz yöntemi olan PDQUEST ile incelendi. Molekül ağırlıkları 10-70 kDa arasında değişen ve izoelektrik noktaları 5-10 arasında bulunan proteinler saptandı. I. örneğin jelinde 998 spot, II. örneğin jelinde 980 spot görüldü. Bu iki jel birbirleriyle karşılaştırıldığında, 236 protein spotunun tam eşleştiği saptandı. İki örnek arasında gözle görülen bazı spot farklılıkları belirlendi. II. örnekte I. örneğe göre bir spotun daha belirgin olduğu, ancak bir spotun da I.örnekte görülüp II. örnekte kaybolduğu görüldü. Ancak bu spotların hepsinin protein spotu olduğunu kesin olarak söyleyemeyiz. İki jel arasındaki bu farklılıklar, örneklerin ameliyat sonrasında yıkanması sırasında kan proteinlerinin tam olarak uzaklaştırılmamasından dolayı olabileceği gibi, yüklenen protein kütle farklılıklarından ve biyolojik farklılıklardan kaynaklanabilir. P rotein spotlarıyla ilgili daha doğru yorumlar yapabilmek için, ileri çalışmalara ihtiyaç vardır; MALDI-, SELDI-TOF gibi analiz yöntemleriyle incelemek gerekir. Daha çok sayıda vakada bu araştırmanın sürmesi ile normal kalp dokusunun protein haritası daha etkin bir şekilde ortaya konabilecektir. Çeşitli kalp hastalıklarındaki bulgularla, normal bulguların karşılaştırılması kalp hastalıklarının sebebini açığa kavuşturmada çok yararlı olabilir.

Özet (Çeviri)

Two Dimensional gel electrophoresis is one of the most effective techniques used in the separation and characterization of complex protein mixtures. The purpose of the study is to obtain a protein map of normal cardiac tissue by two dimensional gel electrophoresis. In this study, the papillary smooth muscle tissue samples obtained from two patients who had valvular operation. The cardiac tissue was washed with physiological saline and preserved in -80 °C for one week. Proteins were separated by isoelectric focusing in the first dimension of a wide pH gradient (pH 3-10). Later they were separated by SDS-PAGE in a second dimension using the concentration of 12% resolving gel and 4% stacking gel. Protein spots were made visible by staining with Sypro Ruby. The spots in the gels were examined with PDQUEST which is software of photographic analysis method. The molecular weights of the proteins were 10-70 kDa and the isoelectric points were 5-10. 998 spots in the first sample gel, 980 spots in the second sample gel were observed. When the spots of two different samples compared to each other, 236 spots were same in both of the gels; one spot which was seen in the first gel was absent in the second gel. It is hard to say that all these spots are significant protein spots. The differences between two gels may be due to some reasons which are the amount of protein applied to the gel, biological variations and the incomplete washing to remove blood after surgery. It will provide more data for interpretation of the spots by further studies such as MALDI- and SELDI-TOF. The protein map of normal heart tissue will provide reference data to compare with data in some pathological conditions. These findings compared with the corresponding findings in heart diseases might be helpful to illuminate the secrets behind cardiac diseases.

Benzer Tezler

  1. Venöz tromboembolizme proteomik yaklaşım

    A proteomic approach to venous thromboembolism

    AFSAR ABBASİ TAGHİDİZAJ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. DUYGU ÖZEL DEMİRALP

  2. Karvedilolün metabolik ve kardiyovasküler etkilerine beta-arrestinlerin katkısının incelenmesi

    Investigation of the contribution of beta-arrestin proteins on cardiovascular and metabolic effects of carvedilol

    BERNA GÜVEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eczacılık ve FarmakolojiAnkara Üniversitesi

    Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU ONAY BEŞİKCİ

  3. Akut myokard enfarktüsü sonrası wnt/beta katenin sinyal ileti yolağının moleküler karakterizasyonu

    Molecular characterızatıon of wnt/b-catenın sıgnalıng pathway after myocardıal infarctıon

    EMEL FERMANCI KILCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiDokuz Eylül Üniversitesi

    Kalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. CENK ERDAL

    PROF.DR. ÜNAL AÇIKEL