Geri Dön

Kantitatif floresan polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile duchenne kas distrofisi taşıyıcılarının saptanması

Detection of duchene muscular dystrophy carriers with quantitative fluorescent polymerase chain reaction

PDF İndir

  1. Tez No: 203968
  2. Yazar: AYSEGÜL ÇINAR KUŞKUCU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SENİHA HACIHANEFİOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 98

Özet

Duchenne ve Becker kas distrofileri (DMD/BMD), X'e bağlı çekinik kalıtım gösteren kas hastalıklarıdır. DMD 1/3300 oranında görülen, ilerleyici ve ölümcülken, allelik formu olan BMD daha hafif seyirlidir. DMD/BMD Xp21.2 bölgesinde yer alan Distrofin geninde meydana gelen mutasyonlar sonucu oluşur. DMD'li olguların %60-65'nde gözlenen kısmi gen delesyonları, %5-10'unda duplikasyonlar genin 2 ?hot spot? bölgesinde toplanmıştır. Olguların kalan %25-30'unda nokta mutasyonları ve insersiyonlar bulunur. Olguların 2/3'ü taşıyıcı bir anneden aktarılan mutasyonla, 1/3'ü ise yeni mutasyon sonucu oluşur. Etkilenmiş erkeklerde delesyonlar çoklu PZR ile gösterilebilir. Ancak kadında taşıyıcılığın belirlenmesi zordur. Bu zorluğu çözmeye yönelik bağlantı analizi, floresan in-situ hibridizasyon, MLPA gibi çeşitli moleküler tanı yöntemleri kullanılmıştır. Tüm bu yöntemlerin teknik zorluk, yüksek maliyet, fazla zaman alımı, taze örnek ya da tüm ailelere uygulanamaması gibi dezavantajları vardır. Çalışmamızda, gen dozaj yöntemi olan kantitatif floresan PZR'yi (QF-PCR) bu problemlerin çözümüne yönelik uyarladık. QF-PCR, floresan işaretli primerler kullanılarak çoğaltılan DNA parçalarının bir genetik analiz cihazında kopya sayılarının belirlenmesine dayalı bir yöntemdir. Biz bu yöntemi daha önce çoklu PZR yöntemiyle delesyonları tespit edilmiş DMD/BMD'li hastaların ailelelerindeki kadınlarda taşıyıcılığın belirlenmesinde kullandık. Bunun için 24 ailede 23 olguda ekson delesyonları ve 28 kadında delesyon taşıyıcılığı inceledik. Olgularda 18 ekson ve promotor bölgesinin yanı sıra 3 STR belirtecini iç standart ve bağlantı analizi açısından inceledik. 19 hastada daha önce belirlenen delesyonla örtüşen sonuçlar elde edildi. 3 hastada ek bir ekson, 1 hastada önceki sonucundan eksik bir ekson delsyonu bulundu. 19 ailede annelerde delesyon taşıyıcılığını gösterirken 5 ailede annelerde delesyon gözlenmeyerek normal olarak bulundu. Sonuç olarak QF-PCR'ı DMD/BMD'li hastalarda delesyonun belirlenmesi ve taşıyıcı taramasında hızlı, güvenilir, tekrarlanabilen bir yöntem olarak tanımladık.

Özet (Çeviri)

Duchenne and Becker muscular dystrophies (DMD/BMD) are most common X linked neuromuscular diseases. DMD is progressive, lethal, affecting 1/3300 live-born males. BMD is milder, allelic form of DMD. Both of them result from mutations in Dystrophin gene at Xp21.2. Partial gene deletions responsible for up to %60-65 DMD cases and %5-10 of cases result from gene duplications which are cluster in 2 ?Hot spot? regions. Point mutations and insertion of few nucleotides account for the remaining cases (%25-30). Mutations are either inherited from female carriers (2/3) or occur de novo (1/3). In affected males, deletions can be easily detected using multiplex PCR. But determining female carrier status is difficult. This difficulty reflected in the great variety of techniques that have been used for this purpose. These include methods such as linkage analysis, fluorescent in-situ hybridization (FISH), MLPA, etc. All of these methods have disadvantages; they are technically demanding, require fresh samples, are subject to error or are not applicable to all families. To overcome these problems we optimized gene dosage method quantitative fluorescent PCR (QF-PCR). QF-PCR refers to the amplification of DNA fragment using fluorescence-labeled primers, followed by quantitative analysis of the products on a genetic analyzer to determine copy number of DNA fragments. In our study, to determine deletions in DMD/BMD patients, who were previously diagnosed at the molecular level and female carrier status. We used 18 exon and promoter region STR markers as internal control and for linkage analysis. We found the same results, which previously reported, in 19 patients. In 3 patients we found an extra exon deletion and in 1 patient we found less exon deletion than previously found. In 19 families mothers were carriers, in 5 families mothers were not carriers.As a result we conclude that quantitative florescent PCR is a fast, reproducible and robust for detection of deletions of DMD/BMD patients and useful method for carrier screening.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    310291

    Akciğer adenokarsinomlarında epidermal büyüme faktör reseptörü (EGFR) exon 19, exon 21 ve k-ras mutasyonunun polimeraz zincir reaksiyonu ile, EGFR gen amplifikasyonunun floresan insutu hibridizasyon yöntemi ile biyopsi ve lobektomi materyallerinde karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    Zeliha Çetin

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    PatolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAN ERKUŞ

  2. Tez No

    260203

    Burkitt lenfoma ve folliküler lenfoma tanılı hastalara ait parafin kesitlerde t(8;14), t(14;18) kromozomal yeniden düzenlenmelerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile kantitasyonları ve kromozomal anomalilerin floresan in situ hibridizasyon (FİSH) yöntemi ile değerlendirilmesi

    Burkitt lenfoma ve folliküler lenfoma tanili hastalara ait parafin kesitlerde t(8;14), t(14;18) kromozomal yeniden düzenlenmelerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile kantitasyonlari ve kromozomal anomalilerin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi ile değerlendirilmesi

    NUR SELVİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Moleküler TıpEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEJAT TOPÇUOĞLU

  3. Tez No

    341758

    Hepatit B enfeksiyonlu hastalarda otoantikor sıklığı ve serum sitokin düzeyi

    The frequency autoantibody and level of serum cytokines in patients with hepatitis B infection

    ZÜBEYDE LALE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiGazi Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. IŞIL FİDAN

  4. Tez No

    384800

    Analysis of MEFV gene alternatively spliced transcripts expression patterns in cell culture models

    Hücre kültürü modellerinde MEFV geni alternatif kırpılmış transkriptlerinin ekspresyon modellerinin analizi

    İREM ABACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI

  5. Tez No

    471535

    Solüt taşıyıcıların beyin hasarı farkmakoterapisindeki rolü

    Role of solute carriers in brain injury pharmacotherapy

    ESRA YALÇIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Fizyolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERTUĞRUL KILIÇ

Geri Dön