Kantitatif floresan polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile duchenne kas distrofisi taşıyıcılarının saptanması
Detection of duchene muscular dystrophy carriers with quantitative fluorescent polymerase chain reaction
- Tez No: 203968
- Danışmanlar: PROF. DR. SENİHA HACIHANEFİOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Duchenne ve Becker kas distrofileri (DMD/BMD), X'e bağlı çekinik kalıtım gösteren kas hastalıklarıdır. DMD 1/3300 oranında görülen, ilerleyici ve ölümcülken, allelik formu olan BMD daha hafif seyirlidir. DMD/BMD Xp21.2 bölgesinde yer alan Distrofin geninde meydana gelen mutasyonlar sonucu oluşur. DMD'li olguların %60-65'nde gözlenen kısmi gen delesyonları, %5-10'unda duplikasyonlar genin 2 ?hot spot? bölgesinde toplanmıştır. Olguların kalan %25-30'unda nokta mutasyonları ve insersiyonlar bulunur. Olguların 2/3'ü taşıyıcı bir anneden aktarılan mutasyonla, 1/3'ü ise yeni mutasyon sonucu oluşur. Etkilenmiş erkeklerde delesyonlar çoklu PZR ile gösterilebilir. Ancak kadında taşıyıcılığın belirlenmesi zordur. Bu zorluğu çözmeye yönelik bağlantı analizi, floresan in-situ hibridizasyon, MLPA gibi çeşitli moleküler tanı yöntemleri kullanılmıştır. Tüm bu yöntemlerin teknik zorluk, yüksek maliyet, fazla zaman alımı, taze örnek ya da tüm ailelere uygulanamaması gibi dezavantajları vardır. Çalışmamızda, gen dozaj yöntemi olan kantitatif floresan PZR'yi (QF-PCR) bu problemlerin çözümüne yönelik uyarladık. QF-PCR, floresan işaretli primerler kullanılarak çoğaltılan DNA parçalarının bir genetik analiz cihazında kopya sayılarının belirlenmesine dayalı bir yöntemdir. Biz bu yöntemi daha önce çoklu PZR yöntemiyle delesyonları tespit edilmiş DMD/BMD'li hastaların ailelelerindeki kadınlarda taşıyıcılığın belirlenmesinde kullandık. Bunun için 24 ailede 23 olguda ekson delesyonları ve 28 kadında delesyon taşıyıcılığı inceledik. Olgularda 18 ekson ve promotor bölgesinin yanı sıra 3 STR belirtecini iç standart ve bağlantı analizi açısından inceledik. 19 hastada daha önce belirlenen delesyonla örtüşen sonuçlar elde edildi. 3 hastada ek bir ekson, 1 hastada önceki sonucundan eksik bir ekson delsyonu bulundu. 19 ailede annelerde delesyon taşıyıcılığını gösterirken 5 ailede annelerde delesyon gözlenmeyerek normal olarak bulundu. Sonuç olarak QF-PCR'ı DMD/BMD'li hastalarda delesyonun belirlenmesi ve taşıyıcı taramasında hızlı, güvenilir, tekrarlanabilen bir yöntem olarak tanımladık.
Özet (Çeviri)
Duchenne and Becker muscular dystrophies (DMD/BMD) are most common X linked neuromuscular diseases. DMD is progressive, lethal, affecting 1/3300 live-born males. BMD is milder, allelic form of DMD. Both of them result from mutations in Dystrophin gene at Xp21.2. Partial gene deletions responsible for up to %60-65 DMD cases and %5-10 of cases result from gene duplications which are cluster in 2 ?Hot spot? regions. Point mutations and insertion of few nucleotides account for the remaining cases (%25-30). Mutations are either inherited from female carriers (2/3) or occur de novo (1/3). In affected males, deletions can be easily detected using multiplex PCR. But determining female carrier status is difficult. This difficulty reflected in the great variety of techniques that have been used for this purpose. These include methods such as linkage analysis, fluorescent in-situ hybridization (FISH), MLPA, etc. All of these methods have disadvantages; they are technically demanding, require fresh samples, are subject to error or are not applicable to all families. To overcome these problems we optimized gene dosage method quantitative fluorescent PCR (QF-PCR). QF-PCR refers to the amplification of DNA fragment using fluorescence-labeled primers, followed by quantitative analysis of the products on a genetic analyzer to determine copy number of DNA fragments. In our study, to determine deletions in DMD/BMD patients, who were previously diagnosed at the molecular level and female carrier status. We used 18 exon and promoter region STR markers as internal control and for linkage analysis. We found the same results, which previously reported, in 19 patients. In 3 patients we found an extra exon deletion and in 1 patient we found less exon deletion than previously found. In 19 families mothers were carriers, in 5 families mothers were not carriers.As a result we conclude that quantitative florescent PCR is a fast, reproducible and robust for detection of deletions of DMD/BMD patients and useful method for carrier screening.
Benzer Tezler
- Prenatal tanıda trizomi risk tahmini için QF-PCR sonuçları, demografik, klinik ve genetik verilerin entegrasyonunun makine öğrenmesi tabanlı analizi
Machine learning analysis of demographic, clinical and genetic data integration with QF-PCR results for prenatal diagnosis trisomy risk prediction
KÜBRA TÜREGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPER YILMAZ
- Lactobacillus SPP.'lerin kolon kanseri hücre hatları üzerine antikanser etkisi
Anticancer effect of lactobacillus SPP. on colon cancer cell lines
BAHAR YILMAZ
Doktora
Türkçe
2025
MikrobiyolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERNA ERDAL
- Akciğer adenokarsinomlarında epidermal büyüme faktör reseptörü (EGFR) exon 19, exon 21 ve k-ras mutasyonunun polimeraz zincir reaksiyonu ile, EGFR gen amplifikasyonunun floresan insutu hibridizasyon yöntemi ile biyopsi ve lobektomi materyallerinde karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
Zeliha Çetin
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
PatolojiAdnan Menderes ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAN ERKUŞ
- Burkitt lenfoma ve folliküler lenfoma tanılı hastalara ait parafin kesitlerde t(8;14), t(14;18) kromozomal yeniden düzenlenmelerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile kantitasyonları ve kromozomal anomalilerin floresan in situ hibridizasyon (FİSH) yöntemi ile değerlendirilmesi
Burkitt lenfoma ve folliküler lenfoma tanili hastalara ait parafin kesitlerde t(8;14), t(14;18) kromozomal yeniden düzenlenmelerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile kantitasyonlari ve kromozomal anomalilerin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi ile değerlendirilmesi
NUR SELVİ
Doktora
Türkçe
2009
Moleküler TıpEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT TOPÇUOĞLU
- Quercetin yüklenmiş Wharton jeli kaynaklı mezenkimal kök hücre eksozomlarının prematür ovaryen yetmezlik modelinde over fonksiyonlarına etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of quercetin-loaded exosomes derived from Wharton jelly mesenchymal stem cells on ovarian functions in a premature ovarian failure model
ZEYNEP ECE UTKAN KORUN
Doktora
Türkçe
2025
Histoloji ve EmbriyolojiKocaeli ÜniversitesiKök Hücre ve Doku Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA SEDA HALBUTOĞULLARI