Geri Dön

Hücre yapısının çok hücreli olay temelli molekül dinamiği simülasyonlarındaki etkisi

The effect of cell structure in the performance of multi-cell event driven molecular dynamics simulation

  1. Tez No: 212018
  2. Yazar: BİLGE SORAN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. FATİH ERDOĞAN SEVİLGEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Bilim ve Teknoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Science and Technology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

Olay temelli molekül dinamiği simülasyonları, çok parçacıklı sistemlerdeki olayları ardışık olarak ele alarak, sistemin davranışları üzerinde çalışmayı sağlayan bir tekniktir. Bir molekül dinamiği simülasyonunda, gerçekleşecek bir sonraki olay her bir molekül ile diğer bütün moleküller arası muhtemel çarpışmalar hesaplanarak bulunabilir. Ancak, birbirinden uzak iki molekülün çarpışma ihtimali oldukça düşüktür. Çok hücreli yaklaşımda, bir sonraki olayın bulunması için sadece belirli bir alan içindeki moleküllerin incelenmesi yeterlidir. Bu yaklaşımda simülasyon alanı ızgara şeklinde hücrelere bölünmektedir. Bir molekül için kendi içinde bulunduğu hücre ve bu hücrenin komşu hücrelerindeki moleküller incelenerek molekülün karışacağı bir sonraki olay hesaplanabilmektedir. Bu çalışmada, yeni hücre yapıları ve dizilimleri kullanılarak, hücrelerin komşu hücre sayısını azaltılmıştır. Böylece, çarpışma kontrolü için bakılan hesaplama alanının daraltılması ve çalışma süresinin kısaltılması sağlanmıştır. Yapılan deneyler sonunda, klasik olay temelli molekül dinamiği simülasyonlarına oranla yaklaşık %35-40 performans artışı elde edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Event driven molecular dynamics simulation is an important technique that enables the study on a multi particle system by handling the events sequentially. In a molecular dynamics simulation, at any time, the next collision event that will eventuate can be found by evaluating all possible intermolecular collisions. However, it is so improbable that two molecules that are far away from each other collide. By using multicell approach, to find the next event, it is enough to check the molecules that reside in a defined area.In this approach, the simulation area is divided into cells in a grid manner. So that, a molecules next collision event can be found by looking at the molecules in its owner cell and the molecules at the neighbor cells of the owner cell. In this study, a new cell alignment is proposed to decrease the neighbor count of a cell. Therefore, the search area for a collision event and the simulation time is decreased. At the end of the experiments, when compared with the classical event based molecular dynamics simulation, almost 35-40 % performance gain is obtained.

Benzer Tezler

  1. A mathematical model for alphabeta T cell differentiation in the thymus

    Timusta alfabeta T hücresi farklılaşması için bir matematiksel model

    EMRAH ŞİMŞEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyofizikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SONDAN DURUKANOĞLU FEYİZ

  2. Path tracking methodologies for mobile robots

    Mobil robotlar için çizgi izleyen (yol takip eden) metodolojiler

    SARA HOSSEINI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN TEMELTAŞ

  3. Darbeli elektromanyetik alanlar ile osteojenik indüksiyon (teorik, deneysel ve klinik çalışma)

    Başlık çevirisi yok

    ARSLAN BORA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1982

    Ortopedi ve TravmatolojiEge Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERİH EROĞLU

  4. Investigation of cellular pathways in HBV associated liver fibrosis

    HBV bağımlı karaciğer fibrozunda hücresel yolakların araştırılması

    ŞEYMA KATRİNLİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY