Hücre yapısının çok hücreli olay temelli molekül dinamiği simülasyonlarındaki etkisi
The effect of cell structure in the performance of multi-cell event driven molecular dynamics simulation
- Tez No: 212018
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. FATİH ERDOĞAN SEVİLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Bilim ve Teknoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Olay temelli molekül dinamiği simülasyonları, çok parçacıklı sistemlerdeki olayları ardışık olarak ele alarak, sistemin davranışları üzerinde çalışmayı sağlayan bir tekniktir. Bir molekül dinamiği simülasyonunda, gerçekleşecek bir sonraki olay her bir molekül ile diğer bütün moleküller arası muhtemel çarpışmalar hesaplanarak bulunabilir. Ancak, birbirinden uzak iki molekülün çarpışma ihtimali oldukça düşüktür. Çok hücreli yaklaşımda, bir sonraki olayın bulunması için sadece belirli bir alan içindeki moleküllerin incelenmesi yeterlidir. Bu yaklaşımda simülasyon alanı ızgara şeklinde hücrelere bölünmektedir. Bir molekül için kendi içinde bulunduğu hücre ve bu hücrenin komşu hücrelerindeki moleküller incelenerek molekülün karışacağı bir sonraki olay hesaplanabilmektedir. Bu çalışmada, yeni hücre yapıları ve dizilimleri kullanılarak, hücrelerin komşu hücre sayısını azaltılmıştır. Böylece, çarpışma kontrolü için bakılan hesaplama alanının daraltılması ve çalışma süresinin kısaltılması sağlanmıştır. Yapılan deneyler sonunda, klasik olay temelli molekül dinamiği simülasyonlarına oranla yaklaşık %35-40 performans artışı elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Event driven molecular dynamics simulation is an important technique that enables the study on a multi particle system by handling the events sequentially. In a molecular dynamics simulation, at any time, the next collision event that will eventuate can be found by evaluating all possible intermolecular collisions. However, it is so improbable that two molecules that are far away from each other collide. By using multicell approach, to find the next event, it is enough to check the molecules that reside in a defined area.In this approach, the simulation area is divided into cells in a grid manner. So that, a molecules next collision event can be found by looking at the molecules in its owner cell and the molecules at the neighbor cells of the owner cell. In this study, a new cell alignment is proposed to decrease the neighbor count of a cell. Therefore, the search area for a collision event and the simulation time is decreased. At the end of the experiments, when compared with the classical event based molecular dynamics simulation, almost 35-40 % performance gain is obtained.
Benzer Tezler
- Bentonitlerde değişebilir katyonların katman yapısına etkilerinin x-ışınları kırınım yöntemi ile incelenmesi
Başlık çevirisi yok
İLHAN AKSOY
Doktora
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİnönü ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİZAMETTİN ARMAĞAN
- Enez kili ve asitle etkileşmesinin kristal yapı bakımından x-ışını kırınım yöntemi ile incelenmesi
Başlık çevirisi yok
NEZİHE ÇALIŞKAN
Doktora
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİnönü ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİZAMETTİN ARMAĞAN
- Türkiye'deki konut sorununun çözümünde endüstrileşmiş yapım yöntemlerinin yeri ve hücre sistemi ile yapılan tasarımda değişebilirliğe yönelik bir çalışma
A Study on the importance of the industrialized building methods in handling the housing problem in Turkey and the changeability in the box-unit design
NEJDET TANATMIŞ
- Alloxan'ın sıçan pankreası üzerine etkilerinin ışık ve elektron mikroskobu seviyelerinde araştırılması
Investigation about the effect of alloxan on the rat at light and electronmicroscopical levels
SAİM ÖZDAMAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
BiyokimyaCumhuriyet ÜniversitesiMorfoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN GÜRSOY