Origanum onites L.'de mitojenler tarafından aktive edilen protein kinaz kinaz (mapkk) enzim ailesi üyelerinden birinin klonlanması ve enzimatik olarak tanımlanması
Cloning and enzymatic characterization of a mitogen-activated protein kinase kinase(mapkk) enzyme family member in Origanum onites
- Tez No: 212970
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. EMEL SÖZEN, YRD. DOÇ. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Origanum onites, MAPKK, RT-PZR, RACE Teknikleri, Gen Klonlama, Rekombinant Protein Üretimi, Origanum onites, MAPKK, RT-PCR, RACE Techniques, Gene Cloning, Recombinant Protein Synthesis
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Anadolu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 188
Özet
Origanum onites ülkemizde kültüre alınmıs, ticareti en fazla yapılan bitki türüdür. O.onites'ten elde edilen uçucu yaglar ilaç ve kozmetik basta olmak üzere birçok endüstri alanında kullanılmakta, ayrıca yaprakları baharat olarak tüketilmektedir. Bu bitkiden elde edilen uçucu yag miktarının farklı bölge, iklim ve yıllara göre farklı oranlarda oldugu bilinmektedir. MAPK (Mitojenler tarafından aktive edilen protein kinaz) enzim ailesi, MAPKKK-MAPKK-MAPK seklinde üçlü kinaz modülünden olusan bir sinyal iletim yoludur ve bitkilerde çevresel faktörlere karsı hücresel cevabın olusmasında rol oynar. Bu çalısmada O. onites bitkisinde MAPK sinyal yolunda görev alan MAPKK enzim ailesi üyelerinden birinin klonlanması ve karakterize edilmesi amaçlanmıstır. O.onites bitkisinden bes farklı olası MAPKK cDNA'sının orta bölgeleri klonlanarak nükleotid dizileri belirlenmis ve bunlardan Oo17-MAPKK'nin 5' ve 3' uçları RACE teknigi ile elde edilmistir. 5' ve 3' uçlarının dizi bilgisi kullanarak tasarlanan spesifik primerlerle yaklasık 1400bç büyüklügünde ürün elde edilmistir. Bu ürün klonlanarak nükleotid dizisi saptanmıs, NCBI (National Center for Biotechnology Information) veritabanında MAPKK oldugu gösterilmistir. Klonlanan cDNA OoMAPKK-1 olarak isimlendirilmistir. Genin amino asit dizisi belirlenerek MAPKK enzim ailesine özgü motifler ortaya çıkartılmıstır. Yapılan RT-PZR analizleriyle OoMAPKK1 gen ekspresyonunun yaprak ve gövde dokularında var oldugu, kök de dört ayrı deneme yapılmasına ragmen var olmadıgı, ayrıca soguk ve yaralanma stres sartlarında arttıgı görülmüstür. Rekombinant OoMAPKK1-MBP füzyon proteini üretmek amacıyla start ve stop kodonları içeren spesifik primerler tasarlanarak yapılan PZR sonucu elde edilen 1059 bç (353 A.A.)'lik ürün, pMAL-p2x ekspresyon plazmitine aktarılarak E.coli'de üretilme deneyi yapılmıstır.
Özet (Çeviri)
Origanum onites is the most commercially cultivated plant species in Turkey. The essential oils extracted from O.onites are used in drug and cosmetic industry as well as other industrial areas. The leaves of O.onites are also used as spice. It is known that the amount of essential oils extracted from Origanum differs between different geographic regions, climates and year. The MAPK (mitogen activated protein kinase) enzyme family is a signal transduction pathway composed of triple kinases modules namely MAPKKK-MAPKK-MAPK and play roles in production of cellular response to environmental factors in plants. The aim of this thesis was to clone and characterize one member of MAPKK enzyme family from O.onites. Mid-region nucleotide sequences of the five different putative MAPKK cDNAs were cloned by using MAPKKs specific degeneracy primers. Among them Oo17-MAPKK was chosen and its 5?, 3? ends were produced by using RACE technique. The sequence data of 5?, 3? ends was used to design specific primers to obtain whole cDNA sequence. PCR reactions with these primers gave an expected ~1400 bp product. The nucleotide sequence of the product was determined and confirmed as MAPKK in NCBI (National Center for Biotechnology Information) database and it was named as OoMAPKK1. OoMAPKK1 amino acid sequence was determined by bioinformatic analysis and MAPKK spesific conserved domains were shown. Expression of OoMAPKK1 was shown to be present in leaf and stem but absent in root based on the four assays, and to be induced under cold and wounding stress. Specific primers containing start and stop codons of OoMAPKK1 gene were designed and by using these primers a 1059 bp (353 aa.) PCR product was obtained. This PCR product was transferred to a pMAL-p2x expression plasmit and an experiment to express a recombinant OoMAPKK1-MBP fusion protein was done in E. coli.
Benzer Tezler
- Uçucu yağ bitkileri ekotiplerinin bazı morfolojik anatomik ve kalite kriterleri üzerinde araştırma
Başlık çevirisi yok
Ö. ASLAN KALAFATCILAR
- Origanum onites L. uçucu yağının bileşimi
Başlık çevirisi yok
FATMA ZERRİN ERDEMGİL
Yüksek Lisans
Türkçe
1992
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MUZAFFER ÖĞÜTVEREN
- Origanum onites L. ve kekik siklon tozunun lipitleri ve kekik siklon tozunun değerlendirilmesi
Lipids of Origanum onites L. and origanum cyclene powder and utilization of origanum cylone powder
NEZİHE AZCAN
Doktora
Türkçe
1998
Kimya MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KARA
- İzmir kekiği (Origanum onites L.) geliştirilmiş klon hatlarının Kula şartlarında agronomik ve kalite yönünden karşılaştırılması
Comparison of improved lines of İzmir oregano in agronomic and quality characteristics under Kula conditions (Origanum onites L. )
FİGEN GÜNGÖR UYANIK
- Kekik (Origanum onites L.) uçucu yağının hipotansif etki mekanizmasının araştırılması
An investigation of the activity mechanism of essential oil of Origanum onites L. on hypotensive
DERYA TÜYLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
BiyolojiAnadolu ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MELİH ZEYTİNOĞLU