Dna sequence analysis of the caga 3' gene of helicobacter pylori strains in turkey
Türkiye'deki helıcobacter pylorı caga 3' geninin dna dizi analizi
- Tez No: 216519
- Danışmanlar: DOÇ.DR. BARIK SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, cagA, vacA, duedonum ülseri, mide ülseri, gastrit, multipleks PZR, Helicobacter pylori, cagA, vacA, duodenal ulcer, gastric ulcer, gastritis, multiplex PCR
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 52
Özet
Günümüzde, mide biopsilerinde bulunan Helicobacter pylori suşlarının genotiplendirilmesi için kullanılan multipleks PZR yöntemiyle şu zamana kadar farklılık arz eden sonuçlar elde edilmiştir (kaynatma yöntemiyle DNA ve PZR ürünü elde edilmesi, farklı uzunluklarda PZR ürünleri ve delesyonların bulunması, farklı yoğunluklarda PZR ürün bantlarının tespit edilmesi). Bu çalışmayla, kullandığımız tekniğin cagA ve vacA genotiplerini belirlemede ve hastalık sonuçlarıyla ilişkilendirilmesinde ne derece faydalı olduğunu bulmayı amaçladık. Metod: 52 hastadan izole edilen H. Pylori (35 duodenum ülseri (DÜ), 7 mide ülseri (MÜ), 10 gastrit hastası) incelemeye tabi tutuldu. CLO ve PZR için her hastanın antrumundan 3 adet biopsi alındı. CagA, vacA s1s2 ve m1m2 bölgelerine özel 3 set primer kullanılarak multipleks PZR yapıldı. Sonuç: Kaynatma yöntemiyle hiçbir PZR ürünü elde edilemediği için QIAamp kiti kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Hastaların %84.6'sı H. pylori pozitif olarak tespit edildi (DÜ hastalarının %85.7'si, GÜ hastalarının %100'ü ve gastrit hastalarının %70'i). CagA geni DÜ hastalarının %86.6, GÜ hastalarının %71.4 ve gastrit hastalarının %57'sinde tespit edildi. VacA allelinin cagA pozitif suşlarda görülme oranı ise şöyleydi: VacA s1m1 DÜ hastalarında %80.7 ve GÜ hastalarında %60 oranında tespit edildi. Gastrit hastalarının %75'i ise s1m2 genotipine sahipti. H. pylori cagA pozitif vacA-s1m1 genotipi ile peptik ülser hastalıkları arasında önemli bir ilişki bulunmaktadır. PZR ürün bantlarının uzunluklarında herhangi bir farklılık görülmemekle beraber bant yoğunlukları birbirinden farklıydı. 2 DÜ ve 1 GÜ hastasının vacA m1 allelinde yaklaşık 420 baz çifti uzunluğunda, delesyona uğramış bölge saptandı. Multipleks PZR yöntemi çeşitli genlerin tek seferde hızlı ve etkili bir şekilde belirlenmesinde kullanılan bir yöntem olmasına rağmen bu yöntemin H. Pylori genotip analizinde optimize edilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Recent application of multiplex PCR for genotyping Helicobacter pylori strains directly from biopsies revealed variable results (detection of amplicons from DNA extracted by boiling biopsies, variable size amplicons and deletions, uniform intensity of amplicon bands). We aimed to look at how applicable the technique is for determining cagA and vacA genotypes and to correlate the results with the severity of the disease. Method: H. pylori isolates from 52 patients (35 duodenal ulcer (DU), 7 gastric ulcer (GU) and 10 gastritis) were included .Three antral biopsies were obtained for CLO and PCR. Primers for cagA, vacA s1s2, and m1m2 alleles were used. Results: No PCR amplicons were obtained from boiling biopsies, thus DNA was extracted by QIAamp kit. H. pylori was positive in 84.6% of the patients (85.7% DU, 100% GU, 70% gastritis). The cagA gene was detected in 86.6% DU, 71.4% GU and 57.0% gastritis patients. The vacA allele distribution among cagA-positive strains was 80.7% vacA s1m1 in DU and 60.0% in GU patients while gastritis patients showed 75.0% s1m2 genotype. There was a significant correlation between H. pylori cagA+ vacA-s1m1 genotype and peptic ulcers. No variability in the amplicon sizes was found and the intensity of the amplicon bands was not uniform. A deleted band of approximately 420bp below the m1 band was detected in strains from 2 DU and 1 GU patient. The multiplex PCR although rapid and an effective tool for detecting several genes in a single step system one has to adjust for optimization of the technique when genotyping H. pylori direct from biopsies.
Benzer Tezler
- Helicobacter pylori izolatlarında klaritromisin direncini ve cagA geni varlığını birlikte belirleyecek bir ?eş-zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu? (real-time PCR) yönteminin geliştirilmesi
Development of a simultaneous detection of the clarithromycin resistance and the cagA gene status by 'real-time polymerase chain reaction' in helicobacter pylori isolates
PEREN HATİCE BAĞLAN
- Helicobacter pylori vacA genotiplerinin DNA dizi analizi ile belirlenmesi ve genetik değişikliklerin patogenez ile ilişkisinin incelenmesi
Determination of helicobacter pylori vacA genotypes by DNA sequence analysis and investigation of the associatiaon of genetic varibility with pathogenesis
MERAL KARAMAN
Doktora
Türkçe
2003
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ABACIOĞLU
- Gastroduodenal patolojilerle Helicobacter Pylori CagL (Sitotoksinle ilişkili Gen L) Polimorfizmi ilişkisi
Relationship between gastroduodenal pathologies and Helicobacter Pylori CagL (Cytotoxin associated Gene L) Polymorphism
DOĞUKAN ÖZBEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Gastroenterolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEKİR S. KOCAZEYBEK
- Homozigot e148q varyantına sahip ailevi akdeniz ateşi vakalarında ve sağlıklı toplumda dna MEFV (Mediterranean fever) gen analizi ve e148q allel sıklığının taranması
The sequence analysis of the MEFV gene in the patients with the homozygote e148q variant and the healthy controls and determination of e148q allele frequency in population
ÇİĞDEM YILDIZ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2013
NefrolojiHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REZAN TOPALOĞLU
- Türkiye Echinops L. (Asteraceae) cinsi Oligolepis seksiyonuna ait taksonların cpDNA sekans analizi ile incelenmesi
cpDNA sequence analysis of taxa in Echinops L. (Asteraceae) genus Oligolepis section in turkey
ESMA ÖZHÜNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SERVET ÖZCAN