Helicobacter pylori vacA genotiplerinin DNA dizi analizi ile belirlenmesi ve genetik değişikliklerin patogenez ile ilişkisinin incelenmesi
Determination of helicobacter pylori vacA genotypes by DNA sequence analysis and investigation of the associatiaon of genetic varibility with pathogenesis
- Tez No: 131801
- Danışmanlar: PROF. DR. HAKAN ABACIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, vacA, cagA, dizi analizi, PZT, klonalite, rekombinasyon, Helicobacter pylori, vac A, cag A, sequence analysis, PCR, clonality, recombination
- Yıl: 2003
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
ÖZET Helicobacter pylori vac A Genotiplerinin DNA Dizi Analizi İle Belirlenmesi Ve Genetik Değişikliklerin Patogenez İle İlişkisinin İncelenmesi Meral Karaman Ülkemizdeki Helicobacter pylori (H. pylori) genotipleri ve bunların patogenez ile ilişkileri konusunda yeterli veri bulunmamaktadır. Bu tez çalışmasında birbirinden bağımsız, klinik olarak peptik ülser hastalığı (PÜH, n=13) ve ülser olmayan dispepsi (ÜOD, n=16) tanısı almış, üreaz testi olumlu toplam 29 mide doku örneğinden soyutulan H. pylori kökenlerinin vacA s ve m genotiplerini belirlemeyi, vacA genotiplerinin cagA ile ve bu virülans faktörlerinin klinik tanı ile birlikteliğini araştırmayı amaçladık. H pylori kökenlerinde cagA gerimin varlığı polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ile, vacA genotipleri ise nükleotid dizi analizi ile araştırıldı. Analizler sonucunda, vacA simi genotipi ve cagA pozitifliği ile PÜH varlığı arasında anlamlı bir birliktelik saptandı. PZT ile elde edilen genotipleme sonuçlan nükleotid dizilerinin filogenetik analizi ile elde edilen sonuçlarla uyumluydu. VacA mi ve m2 genotipindeki kökenler arasında nükleotid ve aminoasit düzeyinde belirgin farklılık olmasına karşın her iki genotipdeki kökenler kendi içlerinde yüksek oranda homologdu. Ayrıca bazı dizilerin tümüyle identik oldukları saptandı. Filogenetik ağaçta aynı kümede yer alan bu dizilerin homoplazi testi ile klonal oldukları belirlendi. İki ayrı klonal grupta yer alan üçer dizinin rekombinan kökenlere ait olabileceğini düşündüren veriler elde edildi. Klonal kökenlerin birbirinden bağımsız hastalardan soyutlanmış olması, aile içi bulaşlar dışmda da klonal H. pylori mfeksiy onlarının olası olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
SUMMARY Determination of Helicobacter pylori vac A genotypes by DNA sequence analysis and investigation of the association of genetic variability with pathogenesis. Meral Karaman There is limited information on the distribution of Helicobacter pylori (H pylori) genotypes in Turkey and their association with the pathogenesis. In this study, we sought to determine the cag A status and the distribution of vacA genotypes of if. pylori isolates from patients with peptic ulcer disease (PUD) and non-ulcer dsypepsia (NUD) by polymerase chain reaction (PCR) and DNA sequencing. PUD was significantly correlated with vacA s lml genotype and cagA positivity. Clustering patterns of the isolates were in accordance with the PCR-based genotyping results. VacA ml and vol strains, when analyzed together, showed significant diversity at nucleotide and amino acid level. However, strains within the same genotype exhibited limited diversity some of which were completely identical. The clonality of these strains was also evident by their low homoplasy ratios. These clonal strains were isolated from patients having no famialial relationships.The data also suggested that some of the sequences within these clonal groupings were recombinant. This study provides evidence that clonal spread of H. pylori infections is also possible in community settings.
Benzer Tezler
- Dna sequence analysis of the caga 3' gene of helicobacter pylori strains in turkey
Türkiye'deki helıcobacter pylorı caga 3' geninin dna dizi analizi
BORA KAZIM BÖLEK
- Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi
Evaluation of the helicobacter pylori, resistance and virulance factors by molecular methods in patients with dyspepsia
EBRU DEMİRAY GÜRBÜZ
Doktora
Türkçe
2013
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YILMAZ
- Gastroduodenal Patolojisi Olan Hastalardan Alınan Mide Biyopsisi Örneklerinde Helicobacter Pylori Prevalansının ve Genotiplerinin Belirlenmesi
Determination of the Prevalence and Genotypes of Helicobacter Pylori in the Gastric Biopsy Specimens from Patients with Gastroduodenal Patologies
TOĞRUL NAĞIYEV
Doktora
Türkçe
2007
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FATİH KÖKSAL
- Bölgemizden izole edilen Helicobacter. pylori suşlarının moleküler epidemiyolojik özelliklerinin tespiti
Detection of molecular epidemiological characteristics of Helicobacter pylori strains isolated from Çukurova region
ERKAN YULA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Üst gastrointestinal sistem (GİS) karsinomalı ve kronik gastritli hasta gastrik biyopsi örneklerinden hazırlanmış parafin blok örneklerinde h.pylori prevalansı ile h. pylori cagPAI ve vacA genotiplerinin histopatolojik tanı ile korelasyonunun belirlenmesi
Determination of h. pylori prevalence and correlation between histopathologic diagnosis and h. pylori cagpai and vaca genotypes in paraffin embedded biopsy samples prepared from patients with upper gastrointestinal (gi) carcinoma and chronic gastritis
ALI BAHADORI
Doktora
İngilizce
2016
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL