Mikrosatellitler kullanılarak Sakız, İmroz, Kıvırcık ve İvesi koyun ırklarının genetik farklıklarının saptanması.
Determination of Genetic Diversity for Chios, İmrose, Kivircik and Awassi Sheep Breed Using Microsatellites
- Tez No: 229615
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET MENGİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Biyokimya, Veterinary Medicine, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Mikrosatellit, genetik farklılık, DNA, genetik uzaklık, koyun ırkları, DNA parmak izi, Microsatellites, genetic diversity, DNA, genetic distance, DNA fingerprinting
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Biyokimyası Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Türkiye'deki Sakız, İmroz, Kıvırcık, İvesi koyun ırklarındaki genetik farklılık araştırılmıştır. Tüm hayvanların genotiplendirilmesi FAO tarafından önerilen 7 mikrosatellit markır kullanılarak yapılmıştır. Kan örnekleri 180 hayvandan toplanmıştır. Genomik DNA izolasyonu, Amonyum asetat ile çöktürme yöntemi (Salting out prosedür) kullanılarak yapılmıştır. 7 DNA loci PCR ile amplifiye edilmiştir. Amplifikasyon ürünleri önce Ethidium Bromide ile boyanarak %2'lik agaroz jel elektroforezinde yürütülmüşlerdir. Daha sonra poliakrilamid jel elektroforezinde yürütülmüşler ve gümüş boyama ile görünür hale getirilmişlerdir. Bütün lokuslar için gözlenen heterozigotluk, ırklar arası genetik uzaklık ve soyağacı tüm ırklarda belirlenmiştir. En yüksek heterozigotluk derecesi Kvırcık ırkında OarFCB128 mikrosatellitinde 1.000 olarak bulunmuştur. En düşük değerler ise İmroz ırkı için OarHH41 ve OarHH35 mikrosatellitinde 0.200 olarak bulunmuştur.Sakız ırkı için de en düşük değer 0.200 olarak, OarHH47 mikrosatellitinde ve İvesi ırkı içinde 0.200 olarak OarHH64 mikrosatellitinde görülmüştür. En yüksek genetik uzaklık değeri Sakız ve İvesi ırkı arasında (0.673) görülürken, en düşük genetik uzaklık değeri Kıvırcık ile Sakız ırkı arasında (0.028) görülmüştür. En yüksek heterozigotluk derecesi 1,000 olarak Kıvırcık ırkında ve OarFCB128 mikrosatellitinde gözlenmiştir. OarHH64 mikrosatellitinde en yüksek heterozigotluk derecesi (0,700) Sakız ırkında gözlenmiştir. En düşük heterozigotluk değeri OarHH35 ve OarHH41 lokuslarında 0,200 olarak görülmüştür. OarAE129 ve OarFCB48 lokusları Sakız ırkında polimorfisim göstermemiştir. OarHH47 lokusu İvesi ırkında polimorfisim göstermemiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, we investigated the genetic diversity of Sakız, Kıvırcık, İmroz, İvesi sheep breeds in Turkey. All animals were genotyped with seven microsatellite markers purposed by FAO (Food and Agricultural Organization United Nations). We collected blood samples from 180 animals. Genomic DNA was isolated from blood samples following salting out procedure. Seven DNA loci were amplified by polymerase chain reaction (PCR). The amplification products were seperated using denaturated polyacrylamide gel electrophoresis and visualized by silver staning. For each breed, heterozygosity values, genetic distance and phylogenetic trees were estimated for all loci. The highest genetic distance value was 0.673 between Chios and Awassi. The lowest value was 0,028 between Kivircik and Chios. In seven microsatellites loci the highest heterozygosity value was 1.000 in OarFCB128 locus for Kivircik and OarHH64 locus had observed high heterozygosity (0,700) for Chios. The lowest value was 0.200 in OarHH41 and OarHH35 locus for İmrose. OarAE129 and OarFCB48 had no polymorphism for Chios, OarHH47 had no polymorphism for Awassi sheep breed.
Benzer Tezler
- Bioinformatic analyses in microsatellite-based genetic diversity of Turkish sheep breeds
Türk koyun ırklarının genetik çeşitliliklerinin mikrosatelit belirteçler kullanılarak biyoenformatik yöntemlerle incelenmesi
HANDE ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Türkiye'nin bazı yerli koyun ırklarında genetik polimorfizmin mikrosatelit yöntemi ile analizi
Analysis of genetic polymorphism by microsatellite method in some local sheep breeds of turkey
F. AZİZE BUDAK YILDIRAN
- Identification of QTL for grain quality traits in durum wheat (Triticum turgidum var. durum L.) mapping population derived from kunduru x Cham1
Kunduru x Cham1 melezinden oluşturulan makarnalık buğday haritalama populasyonunda dane kalitesi ile ilgili kantitatif özellik lokuslarının tanımlanması
AHMAD ALSALEH
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Ataköy Baraj Gölü alabalık (Salmo trutta) populasyon yapılarının mikrosatellit DNA analiz yöntemi ile incelenmesi
Genetic identification of rout (Salmo trutta) population from Ataköy Dam Lake using DNA microsatellite markers
ZEYNEP AYAN KAYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Su ÜrünleriGaziosmanpaşa ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET KARATAŞ
- The relationship between genetic and shape variation in endemic and endangered freshwater fish species Pseudophoxinus
Endemik ve soyu tehlike altında olan içsu balık türlerinden Pseudophoxınus? da şekil ve genetik çeşitlilik ilişkisi
MURAT TELLİ
Doktora
İngilizce
2008
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYKUT KENCE