Mikrosatellitler kullanılarak DNA tipleme yöntemi ile köpeklerde ebeveyn tayini
Parentage determination in dogs with DNA typing by using microsatellites
- Tez No: 195371
- Danışmanlar: DOÇ.DR. HARUN CERİT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Veteriner Hekimliği, Genetics, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Yetistiricilikte hayvanların ebeveynlerinin bilinmesi ve kayıt altına alınması genetik ilerlemenin saglanması, kalıtsal hastalık ve kusurların önüne geçilmesi açısından büyük önem tasımaktadır. Kayıtlarda yapılabilecek hatalar göz önünde tutularak ebeveyn tayinini hataya yer vermeksizin gerçeklestirebilecek tek yöntem DNA tipleme yöntemidir. Bu çalısmada stanbul ili ve çevresinden toplanan kangal ırkı köpeklere ait kan örneklerinden chelex ve fenol kloroform izoamilalkol yöntemleri ile DNA izolasyonu yapılmıstır. Genomik DNA %1'lik agaroz jel elektroforezi ile UV kaynagı altında görüntülenmesini takiben DNA'ların spektrofotometre ile saflıkları belirlenmistir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) çalısması için fenol kloroform izoamilalkol yöntemi ile elde edilen DNA'ların kullanımı saflıklarından dolayı tercih edilmistir. Mikrosatellit lokusların allel dagılımları %4'lük poliakrilamid jel üzerinde gümüs boyama ile görünürlestirilmistir. Bir adet trinükleotid (PEZ3) ve bes adet tetranükleotid (PEZ5, PEZ6, PEZ8, PEZ12 ve PEZ20) olmak üzere toplam altı adet mikrosatellit markır ile çalısılmıstır. Bu lokusların allel frekansları, gözlenen ve beklenen heterozigotluk degerleri ile Hardy-Weinberg dengesine uyum olasılıkları tespit edilmistir. Ayrıca bu mikrosatellit lokuslar için uyum olasılıgı, babalık indeksi, ayrımlama gücü, dıslama gücü, polimorfik bilgi içerigi, kombine ayrımlama gücü, kombine dıslama gücü degerleri de hesaplanmıstır. Arastırma sonunda PEZ3 lokusu dısında Hardy-Weinberg dengesine uyumsuzluk gözlenmemistir. 6 mikrosatellit lokusu içinde en yüksek heterozigotluk degeri %78,4 ile PEZ8 lokusunda gözlenirken, en düsük deger %56,8 ile PEZ5 lokusunda gözlenmistir. En yüksek dıslama gücü 0,569 ile PEZ8 lokusunda gözlenirken, en düsük deger 0,254 ile PEZ12 lokusunda gözlenmistir. En yüksek ayrımlama gücü 0,953 ile PEZ3 lokusunda gözlenirken, en düsük deger 0,783 ile PEZ5 lokusunda gözlenmistir. En yüksek uyum olasılıgının gözlendigi lokuslar PEZ12 ve PEZ3 olurken, en düsük degerler PEZ20 ve PEZ5 lokuslarında gözlenmistir. En yüksek polimorfizm bilgi içerigi degerine sahip olan lokuslar PEZ12 ve PEZ6 iken en düsük olanlar ise PEZ5 ve PEZ20 olarak saptanmıstır. Bu çalısmada kullanılan lokusların kombine ayrımlama ve dıslama gücü de hesaplanmıstır. Elde edilen verilerin ısıgında PEZ6, PEZ8 ve PEZ12 mikrosatellit lokuslarının ebeveyn tayini için kullanılabilecek en uygun markırlar oldugu tespit edilmistir.
Özet (Çeviri)
Parentage verification and registration are very important to make possible progress in genotypes and to protect from genetic diseases and disorders in animal breeding programs. DNA typing is the only method that enables parentage identification without any mistakes. DNA isolation has been performed with chelex and phenol chlorophorm isoamylalcohol methods from the blood samples of Kangal dogs inhabit in Istanbul city. After genomic DNAs had been visualized under the UV source, purity of DNAs was determined by spectrophotometer. For PCR amplification, DNA which was isolated by phenol chlorophorm isoamylalcohol method, was preferred because of its purity level. Allele patterns of microsatellite loci were visualized by silver staining following polyacrilamide gel electrophoresis. Six microsatellite loci which contain a trinucleotide (PEZ3) and five tetranucleotide (PEZ5, PEZ6, PEZ8, PEZ12 ve PEZ20) microsatellite markers have been used in this study. Allele frequencies, observed and expected heterozygosity levels and Hardy-Weinberg eqilubrium probability, were determined out of those loci. Furthermore matching probability, paternity index, power of discrimination, power of exclusion, polymorphic information content, combined power of discrimination and combined power of exclusion values were calculated. At the end of this study except PEZ3 locus, all loci have been observed in Hardy-Weinberg equilibrium. Among 6 microsatellite loci, the highest heterozygosity was observed as 78,4% in PEZ8 locus, the lowest one was observed as 56,8% in PEZ5 locus. The highest power of exclusion was observed as 0,569 in PEZ8 locus, the lowest one was observed as 0,254 in PEZ12 locus. The highest power of discrimination was observed as 0,953 in PEZ3 locus, the lowest one was observed as 0,783 in PEZ5 locus. The highest matching probability was observed in PEZ12 and PEZ3 loci, the lowest ones were observed in PEZ20 and PEZ5 loci. The highest PIC values were observed in PEZ12 and PEZ6 loci, the lowest ones observed in PEZ5 and PEZ20 loci. In conclusion, PEZ6, PEZ8 and PEZ12 loci were determined as the most suitable microsatellite markers that can be use for parentage analyses of dogs.
Benzer Tezler
- Mikrosatellitler kullanılarak Sakız, İmroz, Kıvırcık ve İvesi koyun ırklarının genetik farklıklarının saptanması.
Determination of Genetic Diversity for Chios, İmrose, Kivircik and Awassi Sheep Breed Using Microsatellites
NECLA FULYA MEYDAN
Doktora
Türkçe
2008
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiBiyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET MENGİ
- Zavot sığır ırkının mikrosatellitler ile genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of zavot cattle breed with microsatellites
BUKET BOĞA KURU
Doktora
Türkçe
2018
Veteriner HekimliğiKafkas ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGUT KIRMIZIBAYRAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF ÖZŞENSOY
- Türkiye'de bulunan evcil ve yaban keçilerinin genetik benzerlik ve farklılıklarının mikrosatellitlerle araştırılması
Investigation of genetic similarities and differences among domestic and wild goats in turkey
İSMAİL SELİM YILDIRIM
- Oldukça kısa rastgele oligonükleotid primerler kullanılarak kısa DNA'nın çoğaltılması ve kimliklendirilmesi
The amplication and identification of short DNA fragments using very short arbitrary oligonucleotide primers
ŞENAY GÖRÜCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. E. ALİ ÇAKMAK
- Ege ve İç Anadolu (Türkiye) bölgelerinde dağılış gösteren Emys ve Mauremys cinslerinin genetik karşılaştırılması
Genetic comparison of genus emys and mauremys distributed in Aegean and Central Anatolia (Turkey)
MUHAMMED SÜLEYMAN İLHAN
Doktora
Türkçe
2018
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİNÇER AYAZ
PROF. DR. UWE FRITZ