Geri Dön

Fidan gelişimi algoritması ile protein yapı tahmini

Protein secondary structure estimation with tree frowing up algorithm

  1. Tez No: 232116
  2. Yazar: SEDA ARSLAN TUNCER
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ KARCI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyomühendislik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Fırat Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 61

Özet

NP türü problemleri çözmek amacıyla, özellikle doğadaki sistemlerden esinlenme konusunda yapılan çalışmalara son yıllarda ilgi gittikçe artmıştır. Genetik algoritmalar, karınca koloni algoritmaları, yapay sinir ağları, parçacık sürü optimizasyonu ve yapay bağışıklık sistemleri gibi teknikler yoğun olarak optimizasyon amaçlı kullanılmaktadır.Bu tez çalışmasında, fidanların gelişiminden esinlenerek geliştirilen hesapsal bir yöntem olan Fidan Gelişimi Algoritması kullanılmıştır. Fidan Gelişimi Algoritması hem yerellik ve hem de küresellik özelliğine sahip yeni bir hesapsal yöntemdir.Aminoasitler arasındaki etkileşimler analitik olarak bilinmediğinden, protein yapı tahmini yapmak için yaklaşımsal yöntemler kullanmak uygundur.Bu tezde, proteinlerin peptit bağları arasındaki karbon atomları kullanılarak proteinlerin ikincil yapısının tahmini yapılmaya çalışılmıştır. Veriler Fidan Gelişimi Algoritması kullanılarak eğitime tabi tutulmuştur. Algoritmanın test işlemleri 1a9a, 1a89, 1bbe proteinleri için yapılmıştır ve proteinlerin açı sınıfları tespit edilerek proteinlerin yapıları tahmin edilmiştir.

Özet (Çeviri)

There is interest in the methods were inspired by the natural processing systems at aim of solving NP type problems, recently. Genetic algorithms, ant colony algorithms, artificial neural Networks, particle swarm optimization, and artificial immune systems are used for optimization.In this thesis, tree growing up algorithm which was developed with respect to inspiring by growing up of trees, was used. Tree growing up algorithm consists of local and global search together, and it is a new method.Approximation method was used in this study, since the interactions amongs the amino acids are not known, analytically.In this study, we used amino acid primary structure chains. The angles of centre carbons in amino acids sequence in two dimensions were used by grouping centre carbons three by three. In order to accomplish this study, we used the actual angle values obtained from data bank for training of tree growing up algorithm. The proteins 1a9a, 1a89, 1bbe were used for testing process and angles? classes were determined for estimation of secondary structure of proteins.

Benzer Tezler

  1. Metin çizgelerinde entropi ve optimizasyon tabanlı çıkarımsal metin özetleme

    Entropy and optimization based extractive text summarization in text graphs

    CENGİZ HARK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİnönü Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ KARCI

  2. Sezgisel yöntemlerde altın oran

    Golden ratio on heuristic methods

    MURAT DEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİnönü Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ KARCI

  3. Vanda kiraz çeşidinin fidan gelişimi üzerine farklı anaçlarının etkisinin belirlenmesi

    Determination of effect of different rootstocks on nursery development of vanda sweet cherry cultivar

    CENK ÇELİKBAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatOrdu Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET FİKRET BALTA

  4. Manyetik alanın etkisinin fıstıkçamı (Pinus pinea L.) tohumlarının çimlenmesi ve fidan gelişimi üzerindeki etkisi

    The effect of magnetic field on the seed germination and seedling growth in stone pine (Pinus pinea L.)

    BURCU BALABAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Ormancılık ve Orman MühendisliğiBartın Üniversitesi

    Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EROL KIRDAR

  5. Alıçta (Crataegus spp.) bazı aşı yöntem ve zamanlarının aşı başarısı ve fidan gelişimi üzerine etkileri

    Effects of some grafting methods and times on grafting success and plant development in hawthorn (Crataegus spp.)

    HABİBE KARAMAN YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatMustafa Kemal Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OĞUZHAN ÇALIŞKAN